基于功能网络的microRNA与疾病关联预测方法研究

发布时间：2021-07-07 19:30

　　本文主要研究疾病与miRNA的关联预测。为了让生物学家提高发现疾病与miRNA更新的关联,我们对miRNA功能相似性计算、相似性的并行计算、人类疾病关联miRNA预测等问题进行了深入的研究,提高了对任意给定疾病的可能miRNA候选的预测准确性。主要包括以下三方面的内容:（I）研究了疾病术语语义相似性、miRNA功能相似性的并行计算方法。目前的疾病术语语义相似性、miRNA功能相似性计算方法耗时较长。我们在研究新的相似性计算方法时,在每次改变计算策略后,需要较长时间等待实验结果。为了加快相似性的计算,本文提出了基于MapReduce的疾病术语相似性、miRNA功能相似性的并行计算方法。对比串行算法,我们将相似性计算时间降低到可接受的范围内,并且单个节点运行该算法也有一定的加速效果。（2）研究了 miRNA功能相似性的计算方法。本文提出了一种基于分组比较的miRNA功能相似性计算方法。通过去除同组内部的疾病术语间的重叠信息,使用比较两组疾病术语的信息含量的方法来计算miRNA间的功能相似性。与现有的方法比,本文的方法计算出的同家族及同分簇的miRNA间功能相似性具有更高相似性的特点,符合生... 

【文章来源】：黑龙江大学黑龙江省

【文章页数】：72 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图２－１疾病Ｃｕｔｉｓ?Ｌａｘａ的有向无环图??Ｆｉｇ．?２－１?Ｔｈｅ?ｄｉｓｅａｓｅ?ＤＡＧ?ｏｆ?Ｃｕｔｉｓ?Ｌａｘａ??，

加准确地度量两个ｍｉＲＮＡ之间的功能相似性，我们应该关联的疾病术语集合中相同疾病术语的作用。为了体现这？点，一个疾病术语和一组疾病术语的相似性，设々是一个疾病术语语，例如，治２，．．．，ｄｋ｝，—个疾病术语说和一组疾病术定义为它们所有组合的最大值：??５?（ｄｔ，?ＤＴ）?＝?ｍａｘ?（＾Ｓ?［ｄｔ，?ｄｔ：））为一组疾病ｒ的疾病术语个数。例如，疾病术语ｚ和疾病术，?Ｂ）?＝?〇＿８，５（Ａ，Ｃ）?＝?０．９。的相似性为?＜Ｓ（Ａ，Ｔ）?＝?ｍａｘ（Ｓ（Ａ，Ｂ），风．９〇??个ｍｉＲＮＡ?Ｍ／?Ｍ２，它们分别关联的疾病术语组为ＤＴ！和／）乃，术语，有《个疾病术语，两个ｍｉＲＮＡ间的功能相似性就语义相似性，形式化定义为??Ｙ．Ｓｉｄ＾ＤＴ＾＋ＹＳｉｄ＾Ｄｌ］）??

由最左侧的两个ｍｉＲＮＡ?Ｗ和５，根据他们关联的两组疾病，通过??式（２－４）两两进行相似性计算，得到第四列的数据。再使用式（２－５）就得到了两个??ｍｉＲＮＡ的功能相似性ＭＩＳ丨Ｍ〇４，?５）的值。??例如ｍｉＲＮＡ?Ｍｉ关联疾病术语组Ｒ?＝?｛Ａ，?Ｂ｝，ｍｉＲＮＡ?Ｍ２关联疾病术语组Ｔ?＝??｛Ｂ，Ｃ｝，Ｓ（Ａ，?Ｂ）?＝?０．８，Ｓ（Ａ，Ｃ）?＝?０．９，代入式（２－５），则?Ｍ１Ｓ１Ｍ（Ｍ／，Ｍ２）为??—?２?＋?２??０．９?＋?１＋１?＋?０．９??—?２?＋?２??＝?０．９５??我们的目标是计算所有疾病术语间的相似性及所有ｍｉＲＮＡ间的相似性，因此??－１４－??


本文编号：3270234