2013～2015年浙江地区甲型H1N1流感流行病学特征及基因组序列分析

发布时间：2018-04-04 10:45

  本文选题：甲型H1N1流感病毒　切入点：序列分析　出处：《浙江大学》2017年硕士论文

【摘要】：研究目的:分析2013～2015年浙江地区甲型H1N1流感疫情和全基因组序列,探讨甲型H1N1流感的流行病学特征和该病毒的分子特征。研究方法:对2013～2015年在浙江地区8家哨点监测医院纳入的符合急性呼吸道感染(acute respiratory infection,ARI)定义的患者进行流行病学资料调查,采集患者呼吸道标本进行流感病毒检测,分析甲型H1N1流感病毒阳性组与阴性组的临床特征和流行病学特征。用RT-PCR的方法扩增15个代表株的各片段基因,并对其测序,应用DNAStar软件拼接出各片段基因全序列。从GISAID或GenBank数据库中下载中国各地区甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因序列,采用MEGA6.0软件对其进行构建系统进化树,与疫苗株进行比对,分析重要氨基酸位点变化情况。利用DNAStar软件对血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的B细胞优势抗原表位进行预测。研究结果:1.2013～2015年浙江地区8家哨点医院共纳入7602例急性呼吸道感染病例,其中经流感核酸检测确诊甲型H1N1流感病例779例(10.2%),浙江地区冬春季节甲型H1N1流感病例较多,每年5～8月甲型H1N1流感病例最少,其他时间呈现散发出现。慢性肺部疾病和孕妇的甲型H1N1流感阳性病例高于流感阴性病例,差异均有统计学意义。2.甲型H1N1流感阳性病例常表现为白细胞总数正常或降低,C反应蛋白增高而天门冬氨酸氨基转移酶、丙氨酸氨基转移酶、乳酸脱氢酶、肌酸激酶、肌酐和降钙素原多数处于正常范围内;X线/CT表现异常(81.7%)或肺部听诊异常(76.0%))。3.2013～2015年浙江地区甲型H1N1流感病毒株与WHO推荐疫苗株A/California/07/2009(H1N1)间的同源性为 96.5%～98.7%,浙江地区甲型 H1N1流感毒株彼此间的同源性为97.4%～100%。4.HA与NA基因上氨基酸位点变化分析:与疫苗株相比,15株代表株的HA蛋白有5个氨基酸位点(83、185、203、321、374)都发生了变异;NA蛋白有6个氨基酸位点(44、200、241、248、351、369)所测毒株都发生了变异。5.关键位点氨基酸分析显示:3株代表株的HA受体结合位点发生了 Q223R突变;有1株在NA蛋白出现了 H275Y、V241I和N369K耐药位点的同时变异;15个代表株和推荐疫苗株的M2蛋白均发生了 S31N耐药位点突变;有1株PB1蛋白上出现了 G87E突变;15株PA蛋白都发生了 V100I的突变;15代表株和疫苗株NS1蛋白均发生P42S、V149A变异。6.潜在糖基化位点分析:与疫苗株相比,有5株HA蛋白糖基化位点增加了162位,有5株NA蛋白糖基化位点增加了 42位、有1株NA蛋白糖基化位点增加了 381位,还有部分毒株原有糖基化位点的缺失。7.抗原表位预测分析:利用DNAStar软件预测出HA蛋白的B细胞优势抗原表位区段为:50-55,139-144,172-176,185-189,221-226,372-377,473-480,504-508。NA蛋白的B细胞优势抗原表位区段为:1-9,60-64,103-109,154-160,215-220,273-280,320-338,423-431。研究结论:1.浙江地区甲型H1N1流感的高发期为每年的冬春季节,每年的5月到8月病例数最少,其他时间为散发呈现。2.甲型H1N1流感病毒的HA蛋白关键位点发生变异(如D222G等),可能与该病毒的跨种传播密切相关。3.各基因的关键氨基酸位点分析显示某些位点出现变异,这些变异可能与导致病毒毒力增加和该病毒流行相关。4.浙江地区甲型H1N1流感病毒株对离子通道抑制剂(金刚烷胺、金刚乙胺)都耐药,但也发现对奥司他韦耐药(NA蛋白中的H275Y变异)的病毒株。
[Abstract]:Objective : To investigate the epidemiological characteristics of influenza A ( H1N1 ) influenza A / H1N1 ) in Zhejiang region from 2013 to 2015 and to investigate the molecular characteristics of influenza A ( H1N1 ) influenza A / California / 07 / 2009 ( H1N1 ) . Conclusion : 1 . The epitope of influenza A ( H1N1 ) in Zhejiang region is : 50 - 55 , 139 - 144 , 172 - 176 , 185 - 189 , 221 - 226 , 372 - 377 , 473 - 480 , and 423 - 431 .

【学位授予单位】：浙江大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：R511.7;R181.3
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本文编号：1709612