广东省鼠形动物携带巴尔通体的调查和全基因组测序分析

发布时间：2020-04-13 06:05

【摘要】：研究目的1.调查了解广东省鼠形动物中巴尔通体的流行分布情况和遗传进化特征,为巴尔通体疾病的防控提供依据;2.利用高通量测序技术对巴尔通体菌株测序,获得巴尔通体全基因组序列信息,初步分析其功能基因,并对巴尔通体毒力基因和致病机制进行初步探讨。研究方法1.本研究依据广东省地理方位,选取省内中东西分布的7个地区进行捕鼠,采集鼠肝脏标本提取总核酸。2.利用聚合酶链反应(PCR)检测巴尔通体核酸,先对样本通过Real-time PCR方法检测巴尔通体非编码RNA(ssrA)基因,对扩增阳性的样本进行分离培养,并进一步用普通PCR扩增枸橼酸合成酶基因(gltA),长度约379bp;和RNA聚合酶亚单位基因(rpoB),长度大小约866bp,将扩增产物送至公司测序。3.对ssrA、gltA、rpoB测序所得序列在NCBI中进行同源性比对,利用Mega 6.0软件测试选取构建拓扑结构的最适模型,通过邻近法(Neighbor-joining Method)和最大似然法(Maximum Likelihood Method)构建系统发育树,分析进化关系。用SPSS19.0对统计数据进行处理,不同组间感染率的比较用χ2检验和Fisher's概率确切法。4.通过Ion Torrent PGM测序平台对两株巴尔通体进行全基因组测序,用RAST平台对基因功能进行注释,获得全基因组精细图,并对功能基因和毒力基因进行对比分析。研究结果1.本研究在广东省惠州,佛市,茂名,云浮,潮州,揭阳、河源7个地区,共采集鼠肝脏组织样本495份,隶属2目3科6属8种。检测鼠形动物巴尔通体总感染率为12.52%。感染鼠种有褐家鼠、黄胸鼠、屋顶鼠、黄毛鼠、板齿鼠和食虫目动物臭，

本文编号：2625683