广西某县老年人群健康状况分析及长寿相关基因筛查

发布时间：2020-05-28 13:35

【摘要】：目的对广西东兰县老年人群的体检结果进行分析,初步了解该人群的健康状况,为促进老年人健康长寿提供建议;为研究该县老年人长寿遗传因素提供背景资料;运用人类全基因组关联分析方法,对该县人群进行全基因组关联分析,初步筛选该地区长寿相关基因。方法1、通过对广西东兰县老年人进行现场流行病学调查,问卷调查收集研究对象的一般资料以及对老人进行健康体检获得体检资料,并分析其健康状况。2、应用Illumina Infinium?Global Screening Array基因芯片对1040名研究对象进行全基因组关联芯片实验,以年龄和各种体检结果为表型,进行全基因组关联分析,并选择其中以年龄为表型的结果进行研究,结合生物信息学方法包括GO功能注释和KEGG通路分析从中筛选出候选长寿SNP及所在基因拟后续进行验证。结果1、最终纳入本次研究分析的有效样本量为4474人,年龄范围60~104岁。按照5岁一个年龄组,分为60~、65~、70~、75~、80~岁五个年龄组,每个年龄组分别为1199(26.8%)人,1213(27.1%)人,981(21.9%)人,664(14.8%)人,417(9.3%)人。其中男性为1790(40%)人,女性为2684(60%)人;汉族为456(10.2%)人,壮族为3816(85.3%)人,瑶族等其他少数民族为202(4.5%)人;未接受教育为2071(46.3%)人,小学文化为1505(33.6%)人,初中文化为735(16.4%)人,高中及以上文化为163(3.6%)人;未婚为661(14.8%)人,已婚或同居为3031(67.7%)人,离异分居或丧偶为782(17.5%)人;农民为4301(91.7%)人,其他职业为371(8.3%)人。2、SBP、DBP平均水平分别为(140.44±22.83)mmHg、(80.83±13.24)m mHg;LDL-C、TG、HDL-C、TC平均水平分别为(3.28±0.92)mmol/L、(1.35±1.06)mmol/L、(1.58±0.37)mmol/L、(5.42±1.09)mmol/L;LDL-C/HDL-C、TC/HDL-C、AI平均水平分别为(2.16±0.69)、(3.55±0.81)、(2.55±0.81),不同年龄组研究对象血脂比值比较没有差异(P0.05);FBG平均水平为(4.98±1.63)mmol/L,其在不同的年龄组之间没有差异(P0.05)。3、血压异常的总检出率为52.1%,不同年龄组研究对象血压异常检出率有差异,有随着年龄上升有升高的趋势(P0.05),男性检出率为56.4%,女性检出率为49.3%。血脂异常检出率为60.5%,有随着年龄增长而有下降的趋势(P0.05),男性检出率为54.9%,女性检出率为64.1%。血糖异常总检出率为6.2%,男性血糖异常检出率为8.3%,女性血糖异常检出率为4.8%,检出率在不同年龄组之间比较均没有差异(P0.05)。TC、TG、HDL-C、LD L-C异常检出率分别为55.5%,18.5%,2.2%,43.3%。其中TC、TG异常检出率在高年龄组低于低年龄组,LDL-C异常检出率在不同年龄组之间比较没有差异(P0.05)。4、差异基因主要参与生物学过程:钙介导的信号传导、离子平衡的调节、第二信使介导的信号、钙调磷酸酶-NFAT信号级联、跨膜转运蛋白活性的调节、溶酶体微自噬等;差异性基因主要的细胞组分:DNA连接酶IV复合物,线粒体内膜肽酶复合物,鸟苷酸环化酶复合物,跨膜转运蛋白复合物,糖蛋白复合物等;差异性基因主要的分子功能:腺苷酸环化酶活性,异亮氨酸-tRNA连接酶活性,神经连接蛋白结合蛋白等。5、差异性基因主要参与心肌细胞中的肾上腺素能信号传导,催产素信号通路,胃酸分泌,扩张型心肌病(DCM),胰腺分泌,黑色素,非同源末端连接,胆碱能突触,破骨细胞分化等通路。6、经过生物信息学分析,NHEJ1、ATG7、CPNE4、IMMP2L、ADCY、KCNQ1、AKAP6等20个基因及其位点可能和长寿相关,可作为长寿候选基因,拟在另外一个长寿人群进行验证;胰腺分泌通路、非同源末端连接通路可能和长寿相关。结论1、与国内其他地方的研究报道相比,广西东兰县老年人血脂水平、空腹血糖水平的总体水平相对较低;TC、TG异常检出率在高年龄组低于低年龄组。2、NHEJ1、ATG7、CPNE4、IMMP2L、ADCY、KCNQ1、AKAP6等20个基因可能和长寿相关;胰腺分泌通路、非同源末端连接通路可能和长寿相关。
【图文】：

实验流程,芯片,质控,样本

图 1 Illumina SNP 芯片实验流程图Figure 1 Flow chart of Illumina SNP chip填充前的质控利用 GenomeStudio 2.0 软件对下机数据进行分析，导出 plink 格式分型数据；去除染色体为 0，X，XY，Y 和 MT 的位点，剩余 679025 个位点；采用 plink 1.90 软件对分型结果进行质控，质控标准：MAF（Minor AlleleFrequency ） >0.01 ，， SNP call rate>0.95 ， sample call rate>0.95 ， HWE（Hardy-Weinberg equilibrium）>0.000001，质控后剩余 373497 个位点，1040个样本（396 名男性，644 名女性）。利用 plink 1.90 软件采用质控后的位点对剩余样本计算两两之间的亲缘关系，去除 112 个重复或者存在亲缘关系的样本（74 名男性，38 名女性），最终剩余 928 例样本。

曼哈顿,关联分析,全基因组,关联信号

全基因组关联分析曼哈顿图
【学位授予单位】：广西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R161.7

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