婴儿肠道菌群多样性及抗生素对其影响的研究

发布时间：2021-05-15 05:43

　　肠道菌群对婴儿早期的营养吸收、新陈代谢、免疫和消化系统等起着重要作用。婴儿阶段是肠道菌群开始逐步定植的关键时期,肠道菌群紊乱可导致炎症性肠炎、过敏性肠炎、坏死性小肠结肠炎等多种疾病。早期肠道菌群的多样性及稳态受多种环境因素的影响,如生产方式、喂养方式、抗生素介入、地域因素及饮食文化等。因此,对婴儿肠道菌群的研究显得尤为重要。目前,传统培养与高通量测序技术相结合的研究方法被广泛应用于分析肠道菌群的多样性研究中。本研究以婴儿肠道菌群为研究对象,利用传统培养方法与基于Pacbio平台的单分子实时测序技术相结合的方式来探究婴儿肠道菌群的多样性,同时初步揭示不同环境因素对婴儿肠道菌群多样性的影响。一方面,提取传统培养方法获得的分离株的DNA,利用16S rDNA通用引物进行PCR扩增,将拼接好的序列提交至NCBI进行BLAST比对以确定菌株分类学地位,初步探究不同环境因素对婴儿肠道菌群多样性的影响;另一方面,使用单分子实时测序技术,对健康和使用阿莫西林或美罗培南抗生素治疗的婴儿粪便样本中菌群的16S rDNA全长序列进行测序,并对测序结果进行生物学信息分析。通过alpha多样性分析、分类组成分析... 

【文章来源】：东北农业大学黑龙江省 211工程院校

【文章页数】：67 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
英文摘要
1 引言
    1.1 肠道菌群与人体健康
    1.2 早期肠道菌群建立重要性及影响因素
        1.2.1 早期肠道菌群建立重要性
        1.2.2 早期肠道菌群建立影响因素
    1.3 肠道菌群分布及多样性的研究方法
        1.3.1 传统培养方法
        1.3.2 分子生物学方法
    1.4 研究目的与意义
    1.5 研究内容
2 材料与方法
    2.1 材料与仪器
        2.1.1 婴儿肠道粪便样本采集
        2.1.2 主要生化试剂
        2.1.3 主要仪器与设备
        2.1.4 常用培养基及溶液配制
    2.2 实验方法
        2.2.1 婴儿肠道粪便样本的采集与保存
        2.2.2 肠道细菌的培养和分离
        2.2.3 DNA提取及PCR扩增
        2.2.4 生物信息学分析
3 结果与分析
    3.1 基于传统培养方法的肠道菌群多样性
        3.1.1 菌株的分离纯化
        3.1.2 基因组DNA提取
        3.1.3 PCR扩增
        3.1.4 16SrDNA序列的鉴定
    3.2 肠道粪便基因组提取及16SrDNA序列全长扩增
    3.3 各分类水平的分类学组成分析
        3.3.1 各分类水平的微生物类群数统计
        3.3.2 分类学组成分析
        3.3.3 样本组间分类学组成的差异分析
        3.3.4 系统发育分析
        3.3.5 Alpha多样性分析
        3.3.6 Beta多样性分析
        3.3.7 PICRUSt菌群功能预测
4 讨论
    4.1 基于传统培养方法的菌群多样性研究
        4.1.1 培养基及培养条件的选择
        4.1.2 基于培养方法的婴儿肠道菌群多样性
        4.1.3 不同环境因素对肠道菌群的影响
    4.2 基于单分子实时测序的菌群多样性研究
        4.2.1 菌群结构与分类学分析
        4.2.2 肠道菌群多样性分析
        4.2.3 PICRUSt功能预测
5 结论
致谢
参考文献
附录
攻读硕士学位期间发表的学术论文


【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3187065