泰州市急性胃肠炎学校聚集性疫情病原学鉴定及分子溯源

发布时间：2021-07-19 13:53

　　目的了解2018年10月至2019年1月间泰州地区急性胃肠炎疫情主要致病原,掌握其传播流行规律。方法采集学校聚集性疫情中患者的咽拭子和肛拭子标本,进行病原学核酸检测,测定阳性疫情株VP1基因序列,构建系统发生树,分析疫情株所属流行亚群,推测该流行亚群做传染病人口学模型和传播路径,以及VP1基因变异性分析。结果共采集疫情样100人份,检出诺如病毒GII型阳性45份,测定其中20份标本VP1基因序列,除1份为GII.3型外,其余均为GII.2亚型,该GII.2型疫情株间同源性平均达99.4%,其与2016-2017年中国、日本流行株属于同一流行亚群,该亚群起源于上海地区,且仍处于流行上升阶段。结论本时间段泰州市急性胃肠炎学校聚集性疫情的主要致病原是GII.2型诺如病毒,其属于一个活跃的流行亚群。 

【文章来源】：现代预防医学. 2020,47(05)北大核心

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【部分图文】：

基于VP1基因同源性的II型诺如病毒贝叶斯系统发生树的中日16-19流行亚群分枝和19株泰州流行株聚集成的一个小分枝(灰色标注),贝叶斯支持度高于60%者被标于各节点上

对“中日16-19”流行亚群进行模型推算。流行起始时间均值为4.53,其95%贝叶斯置信区间为(3.71,5.43),以2019年1月为截止时间,起始时间均值对应2014年6月,其置信区间对应2013年7月至2015年4月。流行规模(Prevalence)即被感染人群规模,而感染发生率(Incidence)等于单位时间内易感人群被感染发生数(即被感染风险)。有效增殖数(Re)等于发病率(birth rate)、感染周期长度(infectious period)和易感人群规模(S)三者之积,该值大于1提示流行处于高发期。结果显示该流行亚群的流行规模以及易感群体被感染风险皆呈上升趋势,而有效增殖数始终大于1(如图2),提示本时间段流行还未结束,发病数还可能持续增加。2.5 病毒传播路径

12起被采集标本的疫情中有11起检出GII.2型诺如病毒,平均检出率未超过50%(45%),其中未检出诺如病毒者多是发病较早的已恢复者。另一方面,本时间段泰州流行诺如病毒具有极高的基因同源性,聚集成进化树一个单独的分枝,这正符合病毒处于流行季节的病原学特征。故综合分析泰州地区胃肠炎学校聚集性疫情的主要致病原仍然是GII.2型诺如病毒。泰州疫情株所属分枝基部较长,末端较短,呈陡阶梯状特征,且分枝有较高支持度。如此分枝特征说明分枝中的毒株同源性很高(平均相似度高达98.7%),而如此高的同源性提示这些毒株为同一流行亚群(即 “中日16-19”流行亚群)。

【参考文献】：
期刊论文
[1]江苏省近期急性胃肠炎暴发中诺如病毒分子特征分析[J]. 付建光,艾静,靳淼,刘成,沙丹,姚萍,吴斌,祁贤,鲍昌俊,朱叶飞,汤奋扬.  中华流行病学杂志. 2013 (08)
[2]小儿急性感染性胃肠炎轮状病毒感染的病原学研究[J]. 赵锦铭,程红,严岚,王秀亭,邓洁,陈燕,宋燕燕,赵同兴,屈建国.  中华实验和临床病毒学杂志. 2001(01)



本文编号：3290821