PM 2.5 染毒HBE细胞前后差异表达的microRNAs及其生物信息学分析

发布时间：2022-01-06 16:56

　　目的:采用microRNA（miRNA）测序和生物信息学方法,分析大气细颗粒物(PM_2.5)染毒人支气管上皮HBE细胞前后差异表达的miRNAs,预测差异miRNAs的生物学功能和信号转导途径。方法:用50μg/mL的PM_2.5混悬液染毒HBE细胞,以未染毒组作为对照组,处理24 h后提取总RNA样品,Small RNA样品预处理试剂盒构建文库,并利用illumina HiSeq^TM 2500/MiSeq测序平台进行高通量测序。以调整后P<0.05的筛选标准得到差异miRNAs,使用miRanda和RNAhybrid两个软件共同预测差异miRNAs的靶基因并进行GO和KEGG功能富集分析,利用STRING数据库和Cytoscape软件对miRNAs和靶基因及靶基因之间的相互作用关系进行可视化分析。结果:高通量测序方法共检测到PM_2.5染毒前后的包含1 137个miRNAs的表达谱,27个为差异表达的miRNAs,其中7个上调,20个下调。GO和KEGG富集分析发现,这些差异miRNAs主要参与... 

【文章来源】：癌变·畸变·突变. 2020,32(05)

【文章页数】：8 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 主要试剂
    1.2 PM2.5采集与处理
    1.3 细胞培养与PM2.5染毒
    1.4 构建c DNA文库及mi RNA测序
    1.5 mi RNA差异表达分析
    1.6 mi RNA功能预测
    1.7 相互作用网络图
2 结果
    2.1 PM2.5暴露导致HBE细胞内mi RNAs表达谱改变
    2.2 mi RNAs功能富集分析
    2.3 相互作用关系分析
        2.3.1 mi RNAs-靶基因相互作用
        2.3.2 靶基因相互作用
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
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[2]miRNA-17-5p、miRNA-103-3p及miRNA-144-3p在急性缺血性脑卒中中的表达及诊断价值研究[J]. 黄怡颖,张健.  国际检验医学杂志. 2020(09)
[3]PM2.5对HBE细胞致癌致突变相关基因表达的影响[J]. 王冰玉,蔡颖,郑凯,谢红卫,徐新云.  癌变·畸变·突变. 2020(01)
[4]PM2.5对支气管上皮细胞DNA损伤作用研究[J]. 王冰玉,郑凯,徐新云,谢红卫,于军晖,龙鼎新.  癌变·畸变·突变. 2019(06)
[5]深圳和太原PM2.5样品致突变作用研究[J]. 郑凯,王冰玉,徐新云,耿红,黄海燕,刘威,龙鼎新.  癌变·畸变·突变. 2019(06)
[6]miR-204-5p对结直肠癌细胞增殖、侵袭、迁移及上皮间质转化的影响[J]. 薛无涯,王舰梅,夏天,叶入裴,肖秀丽,龙汉安.  西南医科大学学报. 2018(02)
[7]大气细颗粒物暴露后小鼠肺组织microRNA差异表达谱芯片分析[J]. 侯天芳,廖纪萍,马元元,张成,王广发.  生态毒理学报. 2018(01)
[8]癌症相关microRNA与靶基因的生物信息学分析[J]. 周学,杜宜兰,金萍,马飞.  遗传. 2015(09)



本文编号：3572830