转化生长因子-β1致肺成纤维细胞转分化过程中差异表达基因的筛选和验证

发布时间：2024-07-06 09:11

　　[背景]肺成纤维细胞向肌成纤维细胞转分化是矽肺由炎症期进入纤维化期的标志性细胞事件,转化生长因子-β1(TGF-β1)是此环节中最重要的细胞因子。近年来,随着高通量测序和芯片技术的发展,越来越多TGF-β1刺激成纤维细胞转分化的数据被人们所关注。[目的]利用生物信息学相关方法探索TGF-β1刺激的人肺成纤维细胞转分化过程中差异共表达基因,筛选与肺成纤维细胞转分化密切相关的转录因子。[方法]从基因表达综合数据库GEO检索并下载TGF-β1与肺成纤维细胞相关的高通量数据集GSE17518、GSE97829和GSE119007,对数据集进行差异分析,筛选三组数据集共同上调和共同下调的差异表达基因;对筛选出的差异基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析;通过HumanTFDB数据库,下载所有人转录因子基因名称和序列,并与上述获得的共表达差异基因进行比对,得到共表达差异转录因子;随后用TGF-β1刺激人胚肺成纤维细胞MRC-5构建转分化模型,对筛选出的差异转录因子进行初步验证。[结果]基于这三个数据集,共得到145个上调差异表达基因,88个下调差异表达基因...

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 相关基因数据集的选择
    1.2 筛选差异表达基因
    1.3 差异表达基因功能注释
    1.4 差异基因中转录因子的筛选
    1.5 细胞转分化模型构建
    1.6 qRT-PCR法检测基因的表达
    1.7 统计学分析
2 结果
    2.1 差异基因的筛选
    2.2 功能注释
    2.3 转分化相关共表达转录因子筛选
    2.4 转录因子mRNA验证
3 讨论



本文编号：4002373