Y-SNP复合检测体系构建及其在族群地域推断与家系调查中的应用

发布时间：2020-05-27 18:06

【摘要】：目的:旨在筛选东亚族群中可能出现且分布频率较高的Y-SNP位点,构建Y-SNP多重复合扩增检测体系。研究Y染色体D单倍群及下游分支在东亚族群的遗传多态性。同时,探究Y-SNP和Y-STR两种遗传标记在家系调查中的应用。方法:在课题组前期研究基础上,通过文献调研和ISOGG网站上Y染色体谱系树,筛选出Y-SNP位点,采用微测序技术构建多重复合扩增检测体系。用该体系对1426份样本进行检测分型,并用DNATyperTM Y26试剂盒检测Y-STR基因座。通过直接计数法计算Y-SNP单倍群的频率,应用Rv.3.3.2绘制热图,根据22个Y-STR基因座的等位基因频率,使用PHYLIP v3.65构建系统进化树,使用Network version v5.022软件构建网络图。另外,本研究采集了不同姓氏两个家族共180份男性样本,用YfilerTM Plus试剂盒检测Y-STR基因座分型,采用微测序技术检测其中36份样本的42个Y-SNP位点,通过直接计数法和网络图进行Y-STR单倍型分析,探讨单倍型在家族内的变异和Y-SNP单倍群的分布。结果:本课题成功构建24重Y染色体核心单倍群SNP检测体系和37重Y染色体O单倍群SNP检测体系,该体系特异性和均衡性较好,可重复,等位基因分型准确。单倍群频率、热图、网络图分析等显示,Y染色体D单倍群频率在本课题所研究的群体中有很大的频率分布差异,D单倍群高频分布于西藏藏族人和日本人,分别为40.96%和35.71%,在西藏周边地区及其他地区呈现低频分布或无分布。此外,在家系调查中,P1家族63份样本中检出18种Y-STR单倍型,网络图中P1家族呈现为单核心星状聚类,抽取的17份样本均属于N-M231单倍群;P2家族117份样本中检出35种单倍型,网络图呈现为双核心星状聚类,抽取的19份样本均属于O1a1a1a1-F78单倍群。结论:构建的Y-SNP复合扩增体系可进行等位基因准确分型。Y染色体D单倍群在东亚族群中具有明显的族群地域分布特征,可为案件侦破提供参考线索。综合使用Y-STR和Y-SNP两种遗传标记,可以扩大谱系调查可认定的范围,防止错排DNA来源人所在的父系家系。
【图文】：

备注：斜体部分为课题组前期研究成果，＊为本论文新增位点逡逑基于ＩＳＯＧＧ网站Ｙ－ＤＮＡ单倍群谱系树各个位点的主干分枝关系，对筛选逡逑的位点构建Ｙ染色体核心单倍群谱系树（图１－Ｍ）和Ｙ染色体０单倍群谱系树逡逑（图１－１－２）

；逡逑②在３１３０ｘ１遗传分析仪上新建“Ｍｏｄｕｌｅ邋Ｍａｎａｇｅ”文件，命名为ＳＮａＰｓｈｏｔ邋＋逡逑期，“Ｔｙｐｅ”邋为邋“ＳＰＥＣＴＲＡＬ”，“Ｔｅｍｐｌａｔｅ”邋为邋“ａｐｅｒｃｔｒａｌ３６－ｐｏｐ７”邋；新建逡逑Ｐｒｏｔｏｃｏｌ邋Ｍａｎｇｅｒ”文件，命名为邋ＳＮａＰｓｈｏｔ邋Ｍｔｒｉｘ邋＋邋日期，，“Ｔｙｐｅ”为“ＳＰＥＣＴＲＡＬ”，逡逑Ｐｏｌｙｍｅｒ”邋为邋“ｐｏｐ７”，“Ａｒｒａｙ邋Ｌｅｎｇｔｈ”邋为邋“３６ｃｍ”，“Ｒｕｎ邋Ｍｏｄｕｌｅ”邋为新建逡逑邋Ｍｏｄｕｌｅ邋Ｍａｎａｇｅ邋文件；逡逑③新建邋“Ｐｌａｔｅ邋Ｍａｎｇｅｒ”邋文件，命名为邋ＳＮａＰｓｈｏｔ邋Ｍｔｒｉｘ邋＋邋日期，“Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ”逡逑邋“Ｓｐｅｃｔｒａｌ邋ｃａｌｉｂｒａｔｉｏｎ”，“ＰｌａｔｅＴｙｐｅ”邋选择邋“９６－ｗｅｌｌ”邋；邋“ＳａｍｐｌｅＮａｍｅ”邋栏逡逑编辑邋１－丨６，“Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ邋Ｐｒｏｔｏｃｏｌ”邋选择刚建好的邋ＳＮａＰｓｈｏｔ邋Ｍｔｒｉｘ邋＋邋日期；逡逑④在“Ｐｌａｔｅ邋Ｖｉｅｗ”中选择连接的９６孔板，“Ｒｕｎ邋Ｖｉｅｗ”中检查上样是否为逡逑－Ｈ２，点击绿色的三角按钮开始电泳；逡逑⑤电泳完成后，仪器自动生成光谱校正（图１－１－３）。逡逑光谱校正完成后，即可对扩增产物进行电泳检测。逡逑＜５Ａ逦？邋＇Ｓｐｉｒｉｔ逡逑
【学位授予单位】：贵州医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：D919

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本文编号：2683930