MALBAC全基因组扩增技术对LCN-DNA STR分型的研究

发布时间：2020-10-21 01:33

　　 研究背景STR作为现今各法庭科学实验室主要使用的重要遗传标记,主要原因是它具有分布广泛以及高度的遗传多态性的优点。现在各类别成熟的商品化试剂盒可以同时复合扩增十几个基因座,然而对于大多数常规的STR分型试剂盒,1 ng是最为理想的初始模板量。在法医学日常实践中有时遇到检材质量不理想的情况,这些检材使用常规试剂盒分型时经常得到不理想甚至阴性的分型结果。不断发展的法医DNA分析技术日新月异,同时检测内容的范围也不断扩大,低拷贝模板生物学检材相关分析技术受到越来越多的关注,LCN-DNA STR分型的应用需求也相应增加。在有限的检材条件下,为了得到理想的STR分型图谱,学者们提出了许多不同的方法。如增加PCR循环次数、改变PCR反应参数、纯化扩增产物以及全基因组扩增技术等,每种方法各有优劣,对分型的结果也有不同程度的改善。在此之中,全基因组扩增技术是对所有的基因组序列进行非选择性扩增,其主要目的是在避免出现序列倾向性的前提下使DNA的总量大幅度提高,并尽可能如实反映模板基因组的全貌,其扩增产物可以为随后的扩增或测序等其他基因分析技术提供足量的模板。MALBAC是全基因组扩增技术中近年新提出的一种,它结合了MDA法与PCR方法的特点,显示出较MDA法更高的均衡性与特异性,以及更低的等位基因丢失率。目前尚未见到MALBAC在法医学领域有关LCN-DNA STR分型方面的研究和报道,在此我们对MALBAC全基因组扩增技术对LCN-DNA STR分型结果的影响进行探索,研究包括产物产量和等位基因分型结果两方面。目的通过比较MALBAC全基因组扩增技术在使用极低模板量扩增后产物的产量和分型结果,探究MALBAC应用在法医LCN-DNA STR分析中的可行性。方法(1)选择湖北武汉5例汉族无关健康个体血样,使用QIAamp~?DNA Blood Mini kit提取基因组DNA。(2)提取的5个样本的基因组DNA用Quantifiler~?Trio DNA Quantification Kit定量。(3)每个定量样本分别释为100 pg/μL、60 pg/μL、40pg/μL、20pg/μL、10pg/μL。(4)对稀释后样本使用MALBAC?单细胞全基因组扩增试剂盒进行全基因组扩增。(5)使用Nanodrop 2000超微量分光光度计对纯化后全基因组扩增后产物进行定量。(6)使用AGCU Expressmarker 22荧光检测试剂盒对全基因组扩增产物进行毛细管电泳检测分型并记录分型数据并进行分析。结果(1)MALBAC全基因组扩增技术提高DNA模板量方面效果显著,且产物终产量在1~6μg。(2)MALBAC全基因组扩增技术较为明显地提高极低模板量的样本的STR分型成功率。结论MALBAC全基因组扩增技术对于LCN-DNA STR分型在产物量和分型结果两方面有显著的提升的同时保持了较好的等位基因覆盖率和灵敏度,为后续在法医学LCN-DNA STR研究中的应用打下了基础。
【学位单位】：华中科技大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2018
【中图分类】：D919
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1 廖斐;MALBAC全基因组扩增技术对LCN-DNA STR分型的研究[D];华中科技大学;2018年

本文编号：2849437