丹参制剂辅助治疗乳腺癌的安全风险预警研究
发布时间：2020-12-08 06:19
目的探讨丹参制剂辅助治疗乳腺癌的安全风险。方法生物信息学技术筛选分析GEO数据库中的基因芯片GSE85871,对丹参制剂的主要化学成分干预人乳腺癌细胞MCF7差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路分析,结合文献挖掘方法梳理丹参制剂的不良反应/事件。结果丹参制剂干预MCF7细胞时,对神经-配体信号通路、甲状腺通路、免疫调节及CHRM2等基因显示调节作用,该通路的异常会引起神经受体功能异常、下丘脑分泌功能异常（甲状腺）、呼吸系统功能异常（哮喘）。结论初步利用生物信息学方法结合文献挖掘,预警丹参制剂辅助治疗乳腺癌的潜在安全风险,提示临床医护人员在应用丹参制剂辅助治疗乳腺癌时,应关注患者的神经系统功能、甲状腺功能、呼吸功能。为进一步中药制剂的安全性研究提供思路。
【文章来源】：北京中医药大学学报. 2020年05期 第414-422页 北大核心
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
核心基因网络图
通过DAVID网站的GO富集分析,注释相关基因及生物进程,上调基因显著富集在细胞外、质膜,主要参与血小板活化、Rho蛋白信号转导、细胞黏附、外在凋亡信号等生物过程(表5)。下调基因显著富集在胞外区域、突触,主要参与细胞视黄酸反应、钙离子浓度、免疫反应、细胞增殖负反馈等生物过程(表6)。表5 上调基因的GO功能注释Table 5 GO function annotation of up-regulated 分类Classification GO编号GO ID 注释Notes 基因数Gene number P 生物学过程 GO:0030168 platelet activation 血小板活化 13 2.50×10-7 BP GO:0030198 extracellular matrix organization 细胞外基质组织 14 1.34×10-5 GO:0035025 positive regulation of Rho protein signal transduction Rho蛋白信号转导的正调控 6 4.56×10-5 GO:0007155 cell adhesion 细胞粘附 20 1.19×10-4 GO:2001240 negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand 外在凋亡信号通路的负调控 6 2.62×10-4 细胞定位CC GO:0005576 extracellular region 细胞外区域 55 5.11×10-9 GO:0005615 extracellular space 细胞外空间 49 6.51×10-9 GO:0005887 integral component of plasma membrane 质膜的组成部分 46 5.57×10-7 GO:0005886 plasma membrane 质膜 96 7.13×10-7 GO:0009986 cell surface 细胞表面 21 1.46×10-4 分子功能MF GO:0005520 insulin-like growth factor binding 胰岛素样生长因子结合 5 1.44×10-4 GO:0005201 extracellular matrix structural constituent 细胞外基质结构成分 6 3.76×10-3 GO:0005178 integrin binding 整联蛋白结合 7 5.80×10-3 GO:0005044 scavenger receptor activity 清道夫受体活性 5 6.37×10-3 GO:0005102 receptor binding 受体结合 13 9.01×10-3
差异基因经STRING和Cytoscape构建蛋白相互作用网络。除去游离基因,可得到由266个节点,618条边构成的网络。利用Cytoscape中的插件Cyto Hubba计算分析该网络,按照degree值排序,得到相互作用程度最高的前10个基因,分别是C3、POMC、ADCY2、CXCL12、CHRM2、MCHR1、GPR17、CXCR5、IGF1、OPRM1。结果见图3。图3 核心基因网络图
本文编号：2904610
【文章来源】：北京中医药大学学报. 2020年05期 第414-422页 北大核心
【文章页数】：9 页
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核心基因网络图
通过DAVID网站的GO富集分析,注释相关基因及生物进程,上调基因显著富集在细胞外、质膜,主要参与血小板活化、Rho蛋白信号转导、细胞黏附、外在凋亡信号等生物过程(表5)。下调基因显著富集在胞外区域、突触,主要参与细胞视黄酸反应、钙离子浓度、免疫反应、细胞增殖负反馈等生物过程(表6)。表5 上调基因的GO功能注释Table 5 GO function annotation of up-regulated 分类Classification GO编号GO ID 注释Notes 基因数Gene number P 生物学过程 GO:0030168 platelet activation 血小板活化 13 2.50×10-7 BP GO:0030198 extracellular matrix organization 细胞外基质组织 14 1.34×10-5 GO:0035025 positive regulation of Rho protein signal transduction Rho蛋白信号转导的正调控 6 4.56×10-5 GO:0007155 cell adhesion 细胞粘附 20 1.19×10-4 GO:2001240 negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand 外在凋亡信号通路的负调控 6 2.62×10-4 细胞定位CC GO:0005576 extracellular region 细胞外区域 55 5.11×10-9 GO:0005615 extracellular space 细胞外空间 49 6.51×10-9 GO:0005887 integral component of plasma membrane 质膜的组成部分 46 5.57×10-7 GO:0005886 plasma membrane 质膜 96 7.13×10-7 GO:0009986 cell surface 细胞表面 21 1.46×10-4 分子功能MF GO:0005520 insulin-like growth factor binding 胰岛素样生长因子结合 5 1.44×10-4 GO:0005201 extracellular matrix structural constituent 细胞外基质结构成分 6 3.76×10-3 GO:0005178 integrin binding 整联蛋白结合 7 5.80×10-3 GO:0005044 scavenger receptor activity 清道夫受体活性 5 6.37×10-3 GO:0005102 receptor binding 受体结合 13 9.01×10-3
差异基因经STRING和Cytoscape构建蛋白相互作用网络。除去游离基因,可得到由266个节点,618条边构成的网络。利用Cytoscape中的插件Cyto Hubba计算分析该网络,按照degree值排序,得到相互作用程度最高的前10个基因,分别是C3、POMC、ADCY2、CXCL12、CHRM2、MCHR1、GPR17、CXCR5、IGF1、OPRM1。结果见图3。图3 核心基因网络图
本文编号：2904610
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