基于网络药理学的清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎多组分协同作用机制研究
发布时间：2021-02-02 18:26
[目的]通过网络药理学的方法分析清肺达原颗粒（Qingfei Dayuan Granules,QFDYKL）治疗新型冠状病毒肺炎（corona virus disease 2019,COVID-19）的潜在机制。[方法]从中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）、Pubchem、Uniprot等数据库中获取QFDYKL的活性成分和作用靶点,再对靶点基因进行基因本体（gene ontology,GO）与京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析,将靶点导入String数据库,运用Cytoscape 3郾7郾0软件构建"成分-靶点"网络,分析并确定QFDYKL中的核心成分。绘制蛋白互作（protein-protein interaction,PPI）网络,并使用分子复合物检测（molecular complex detection,MCODE）确...
【文章来源】：浙江中医药大学学报. 2020,44(09)
【文章页数】：13 页
【部分图文】：
组成；C.生物过程Note:A.Molecularfunction;B.Cellcomposition;C.Biologicalprocess图2药物靶点GO富集分析Fig.2GOｅnrichmentanalysisofdrugtargetｓ852注：A.分子功能；B.细胞
浙江中医药大学学报2020年9月第44卷第9期图3药物靶点的KEGG代谢通路分析Fig.3AnalysisofKEGGmetabolicpathwaysofdrugtargets居晨浩，等：基于网络药理学的清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎多组分协同作用机制研究析提示共36条通路，药物靶点主要集中在丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activatedproteinkinase，MAPK）信号通路、表皮生长因子受体（epidermalgrowthfac鄄torreceptor，EGFR/ErbB）信号通路、肾素血管紧张素系统（reninangiotensinsystems，RAS）信号通路、RAS相关蛋白1（RAS-relatedprotein1，Rap1）信号通路、钙信号通路、cGMP依赖蛋白激酶G（cGMPdependent-proteinkinaseG，cGMP-PKG）信号通路。见图3。药物通过网络中的药物靶点，在酶活性的调控、血管生成和发育、细胞增殖调控和T细胞免疫调控等过程中发挥治疗COVID-19的作用。2.4PPI网络构建与分析结果将药物靶点导入String数据库，将研究物种选择为人类，将minimumrequiredinteractionscore设置为大于0郾9，获得PPI网络。见图4。将PPI网络结果以TSV格式导出，再将所得数据导入Cytoscape软件进行PPI网络拓扑分析，De鄄gree越高，在QFDYKL治疗过程中可能发挥的作用越重要，取Degree排名前20的靶点。见表2。主要靶点为磷酸肌醇-3-激酶催化亚基α肽（phosphoinositide-3-kinasesubunitα，PIK3CA）、淀粉样β蛋白前体（amyloidβprecursorprotein，APP）MAPK1、MAPK3、90kDa热休克蛋白αA1（heat
浙江中医药大学学报2020年9月第44卷第9期表2Degree前20的靶点在PPI网络中的拓扑属性Tab.2Topologicalpropertiesofthetop20targetsinＤegreeinthePPInetwork序号靶点缩写靶点全称Degree中心Degree紧密中心Degree1PIK3CAphosphoinositide-3-kinasesubunitα500.07860.39302APPAmyloidβprecursorprotein490.11040.36933MAPK1mitogen-activatedproteinkinase1490.09790.41824MAPK3mitogen-activatedproteinkinase3450.06610.41455HSP90AA1heatshockprotein90αA1340.08570.39136CXCR4C-X-Cmotifchemokinereceptortype4340.03940.34277EGFRepidermalgrowthfactorreceptor320.05760.39368CHRM2muscarinicacetylcholinereceptorM2310.01120.31869JUNtranscriptionfactorAP-1280.04940.379210AGTR1type-1angiotensinⅡreceptor280.00620.327911MAPK8mitogen-activatedproteinkinase8270.03410.378712RAC1Ras-relatedC3botulinumtoxinsubstrate1270.03390.372213EGFepidermalgrowthfactor260.02620.362114JAK2Januskinase2250.02820.370215F2prothrombin250.03010.341016RB1retinoblastoma-associatedprotein1240.04820.368317CDK1cyclin-dependentkinase1240.03210.331018ADCY5adenylatecyclasetype5240.00560.29121920ESR1TACR1estrogenreceptor1tachykininreceptor123230.07820.00250.39140.3260图4蛋白互作网络Fig.4PPInetwork居晨浩，等：基于网络药理学的清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎多组分协同作用机制研究854
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于网络药理学与分子对接技术的补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的分子机制研究[J]. 郭盛,武文星,谢红,李全,王恒斌,段金廒. 中草药. 2020(09)
[2]银翘解毒软胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的网络药理学研究[J]. 苏真真,张新庄,柯志鹏,曹泽彧,邓奕,曹亮,王振中,肖伟. 中草药. 2020(09)
[3]基于网络药理学探讨柴胡-黄芩治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制[J]. 秦一冰,曲妮妮,郑忻,石晓乐,赵克明. 中华中医药学刊. 2020(06)
[4]论湿疫的源流及对新型冠状病毒肺炎治疗的启示[J]. 杨恺,冯全生,吴文军,郑秀丽,张之文. 中医杂志. 2020(17)
[5]基于网络药理学和分子对接探讨清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制[J]. 周珊珊,李伟男,艾中柱,王林群,巴元明. 中草药. 2020(07)
[6]中医辨病辨证相结合治疗新型冠状病毒肺炎的认识[J]. 周兴华,谢春光,张传涛,陈婧,尹兵翔,马喜桃. 中药药理与临床. 2020(02)
[7]山柰酚通过下调NF-κB信号通路减轻猪源甲型H9N2流感病毒所致小鼠急性肺损伤[J]. 李妍,王春富,张瑞华,王存连,徐彤,徐明举,刘宝剑,王国华,田树飞. 中国病理生理杂志. 2017(02)
[8]网络药理学与中医药现代研究的若干进展[J]. 张彦琼,李梢. 中国药理学与毒理学杂志. 2015(06)
本文编号：3015171
【文章来源】：浙江中医药大学学报. 2020,44(09)
【文章页数】：13 页
【部分图文】：
组成；C.生物过程Note:A.Molecularfunction;B.Cellcomposition;C.Biologicalprocess图2药物靶点GO富集分析Fig.2GOｅnrichmentanalysisofdrugtargetｓ852注：A.分子功能；B.细胞
浙江中医药大学学报2020年9月第44卷第9期图3药物靶点的KEGG代谢通路分析Fig.3AnalysisofKEGGmetabolicpathwaysofdrugtargets居晨浩，等：基于网络药理学的清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎多组分协同作用机制研究析提示共36条通路，药物靶点主要集中在丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activatedproteinkinase，MAPK）信号通路、表皮生长因子受体（epidermalgrowthfac鄄torreceptor，EGFR/ErbB）信号通路、肾素血管紧张素系统（reninangiotensinsystems，RAS）信号通路、RAS相关蛋白1（RAS-relatedprotein1，Rap1）信号通路、钙信号通路、cGMP依赖蛋白激酶G（cGMPdependent-proteinkinaseG，cGMP-PKG）信号通路。见图3。药物通过网络中的药物靶点，在酶活性的调控、血管生成和发育、细胞增殖调控和T细胞免疫调控等过程中发挥治疗COVID-19的作用。2.4PPI网络构建与分析结果将药物靶点导入String数据库，将研究物种选择为人类，将minimumrequiredinteractionscore设置为大于0郾9，获得PPI网络。见图4。将PPI网络结果以TSV格式导出，再将所得数据导入Cytoscape软件进行PPI网络拓扑分析，De鄄gree越高，在QFDYKL治疗过程中可能发挥的作用越重要，取Degree排名前20的靶点。见表2。主要靶点为磷酸肌醇-3-激酶催化亚基α肽（phosphoinositide-3-kinasesubunitα，PIK3CA）、淀粉样β蛋白前体（amyloidβprecursorprotein，APP）MAPK1、MAPK3、90kDa热休克蛋白αA1（heat
浙江中医药大学学报2020年9月第44卷第9期表2Degree前20的靶点在PPI网络中的拓扑属性Tab.2Topologicalpropertiesofthetop20targetsinＤegreeinthePPInetwork序号靶点缩写靶点全称Degree中心Degree紧密中心Degree1PIK3CAphosphoinositide-3-kinasesubunitα500.07860.39302APPAmyloidβprecursorprotein490.11040.36933MAPK1mitogen-activatedproteinkinase1490.09790.41824MAPK3mitogen-activatedproteinkinase3450.06610.41455HSP90AA1heatshockprotein90αA1340.08570.39136CXCR4C-X-Cmotifchemokinereceptortype4340.03940.34277EGFRepidermalgrowthfactorreceptor320.05760.39368CHRM2muscarinicacetylcholinereceptorM2310.01120.31869JUNtranscriptionfactorAP-1280.04940.379210AGTR1type-1angiotensinⅡreceptor280.00620.327911MAPK8mitogen-activatedproteinkinase8270.03410.378712RAC1Ras-relatedC3botulinumtoxinsubstrate1270.03390.372213EGFepidermalgrowthfactor260.02620.362114JAK2Januskinase2250.02820.370215F2prothrombin250.03010.341016RB1retinoblastoma-associatedprotein1240.04820.368317CDK1cyclin-dependentkinase1240.03210.331018ADCY5adenylatecyclasetype5240.00560.29121920ESR1TACR1estrogenreceptor1tachykininreceptor123230.07820.00250.39140.3260图4蛋白互作网络Fig.4PPInetwork居晨浩，等：基于网络药理学的清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎多组分协同作用机制研究854
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于网络药理学与分子对接技术的补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的分子机制研究[J]. 郭盛,武文星,谢红,李全,王恒斌,段金廒. 中草药. 2020(09)
[2]银翘解毒软胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的网络药理学研究[J]. 苏真真,张新庄,柯志鹏,曹泽彧,邓奕,曹亮,王振中,肖伟. 中草药. 2020(09)
[3]基于网络药理学探讨柴胡-黄芩治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制[J]. 秦一冰,曲妮妮,郑忻,石晓乐,赵克明. 中华中医药学刊. 2020(06)
[4]论湿疫的源流及对新型冠状病毒肺炎治疗的启示[J]. 杨恺,冯全生,吴文军,郑秀丽,张之文. 中医杂志. 2020(17)
[5]基于网络药理学和分子对接探讨清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制[J]. 周珊珊,李伟男,艾中柱,王林群,巴元明. 中草药. 2020(07)
[6]中医辨病辨证相结合治疗新型冠状病毒肺炎的认识[J]. 周兴华,谢春光,张传涛,陈婧,尹兵翔,马喜桃. 中药药理与临床. 2020(02)
[7]山柰酚通过下调NF-κB信号通路减轻猪源甲型H9N2流感病毒所致小鼠急性肺损伤[J]. 李妍,王春富,张瑞华,王存连,徐彤,徐明举,刘宝剑,王国华,田树飞. 中国病理生理杂志. 2017(02)
[8]网络药理学与中医药现代研究的若干进展[J]. 张彦琼,李梢. 中国药理学与毒理学杂志. 2015(06)
本文编号：3015171
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