基于RNA-Seq技术分析肺与大肠相关差异表达基因及野罂粟的调控作用研究

发布时间：2021-02-22 06:18

　　目的:近年来研究发现肠道和呼吸道虽有不同的生理结构和功能,但病理条件下特别是哮喘（Asthma）患者经常与炎性肠病（Inflammatory bowel increase,IBD）共存。虽然有些患者并无急性或慢性呼吸系统病史,’却有许多IBD患者出现肺功能受损的情况,并且越来越多的研究发现呼吸道疾病与炎性肠病的发生有着密切关系,该现象与中医肺与大肠相表里理论不谋而合。野罂粟（Papaver nudicaule L.）在北方各少数民族中临床用于镇咳、止泻时间已久。前期研究中发现野罂粟碱镇咳止泻的主要活性成分野罂粟碱在模型大鼠的结肠组织和肺组织中有较高浓度富集,为进一步探讨呼吸道疾病与肠道疾病相互传变的可能作用机制以及野罂粟对两种疾病调控作用与归经的关系,本研究结合现代医学对呼吸系统和肠道系统疾病相互影响的最新研究进展和前期研究结果,进一步采用转录组测序技术（RNA-Sequencing,RNA-Seq）结合生物信息学分析筛选“肺病及肠”模型和“肠病及肺”模型中肺和肠组织中相同差异表达基因和富集通路以及野罂粟对其的调控作用。方法:采用OVA雾化法复制过敏性哮喘模型并与复合免疫法复制溃疡性结... 

【文章来源】：中央民族大学北京市 211工程院校 985工程院校

【文章页数】：103 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
英文缩略词表
前言
第一章 “肺病及肠”及“肠病及肺”两种模型的复制与野罂粟的药效评价
    第一节 实验材料
        1、实验动物
        2、实验药品及试剂
        3、实验仪器
    第二节 实验方法
        1、实验药物野罂粟有效成分（总生物碱）的制备
        2、过敏性哮喘模型建立
        3、溃疡性结肠炎大鼠模型的复制
        4、分组与给药
        5、结肠组织病理学检查
            5.1 样本采集
            5.2 HE染色观察模型形态学变化
                5.2.1 石蜡包埋
                5.2.2 HE染色处理
                5.3.3 扫描切片处理
        6、统计分析
    第三节 实验结果
        1、大鼠体重变化
        2、DAI评分
        3、结肠组织病理检测
    第四节 小结与讨论
第二章 基于RNA-Seq技术分析哮喘模型与溃疡性结肠炎模型大鼠共同差异表达基因
    第一节 实验材料
        1、实验动物
        2、实验试剂
        3、实验仪器
    第二节 实验方法
        1、UC模型复制
        2、过敏性哮喘模型复制
        3、取结肠组织及肺组织
        4、测序实验流程
            4.1 从组织样品中提取RNA
            4.2 富集mRNA
            4.3 mRNA片段化处理
            4.4 cDNA的反转合成
            4.5 连接adaptor
            4.6 Illumina Hiseq4000上机测序
        5、RNA-Seq生物信息学分析
            5.1 测序数据质控
                5.1.1 碱基错误率分布统计
                5.1.2 质量分布
                5.1.3 碱基分布
            5.2 测序数据分析
                5.2.1 比对率分析
                5.2.2 转录组的整体质量评估
                    5.2.2.1 测序饱和度分析
                    5.2.2.2 分析基因覆盖度
                    5.2.2.3 冗余序列分析
            5.3 转录组深层分析
                5.3.1 分析表达量
                5.3.2 分析差异表达
                5.3.3 分析差异基因功能
        6、差异基因验证
        7、统计分析
    第三节 结果
        1、质检结果
        2、测序数据分析
            2.1 质量评估
            2.2 表达量分析
            2.3 样品整体质量评估
                2.3.1 饱和度分析
                2.3.2 基因覆盖度分析
                2.3.3 冗余序列分析
            2.4 差异表达分析
            2.5 共有差异表达基因分析
        3、相关差异基因验证
            3.1 差异表达基因的GO功能分析
            3.2 GO富集分析
            3.3 GO富集DAG分析
            3.4 KEGG富集通路分析
            3.5 KEGG差异基因代谢通路分析
        4、相关共同差异基因验证
    第四节 小结与讨论
第三章 野罂粟对哮喘模型和UC模型大鼠共同差异表达基因的调节作用
    第一节、实验材料
        1、实验动物
        2、实验药品及试剂
        3、实验仪器
    第二节 实验方法
        1、提取准备实验药物野罂粟总生物碱
        2、动物模型建立
        3、分组及给药
        4、取肺及结肠组织
        5、RNA提取
        6、逆转录反应体系与合成cDNA
        7、引物设定
        8、实时定量PCR
        9、统计学分析
    第三节 结果
        1、野罂粟对肠组织中差异表达基因的影响
        2、野罂粟对肺组织中差异表达基因的影响
    第四节 讨论
结论
综述
    参考文献
致谢
攻读学位期间发表的学术论文目录


【参考文献】：
期刊论文
[1]通腑平喘方对脓毒症急性肺损伤大鼠Keap1-Nrf2/ARE信号通路的影响[J]. 杨丽梦,熊旭东.  中国中医急症. 2019(02)
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[3]基于便秘模型小鼠相关差异蛋白表达探讨中医“肺与大肠相表里”理论[J]. 季幸姝,李燕舞,周福生,侯丽颖.  广州中医药大学学报. 2019(02)
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[5]基于NF-κb信号通路的变化探讨“肺与大肠相表里”[J]. 江志超,黄水仙.  广西中医药大学学报. 2018(01)
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[9]运用“土郁夺之”理论指导治疗湿热内蕴型溃疡性结肠炎的系统评价[J]. 朱叶珊,陈建权,刘建平.  中国医药导报. 2017(10)
[10]益生菌在儿童过敏性疾病的应用[J]. 郑跃杰.  中国实用儿科杂志. 2017(02)

博士论文
[1]基于肠道菌群失调并过敏性哮喘大鼠TLRs/NF-κB信号转导通路及肠道菌群16SrDNA的“肺与大肠相表里”免疫机制研究[D]. 付雯.成都中医药大学 2015
[2]基于肺肠微生态和MEK/ERK信号通路探讨肺与大肠病理传变的生物学基础[D]. 郑秀丽.成都中医药大学 2013
[3]“肺合大肠”中的气机升降理论研究[D]. 李磊.山东中医药大学 2011

硕士论文
[1]宣肺利气法针刺对胃肠癌术后胃肠功能恢复的临床观察[D]. 黄展明.广州中医药大学 2016
[2]基于“肺与大肠相表里”理论指导治疗痰热壅盛型肺癌的临床研究[D]. 姬旭科.云南中医学院 2015
[3]中药口服配合灌肠治疗慢性肺心病急性加重期的临床研究[D]. 吕江夏.广州中医药大学 2014
[4]野罂粟涩肠止泻与归大肠经的在体实验研究[D]. 钟伯雄.中央民族大学 2012
[5]野罂粟水煎剂对番泻叶致泻小鼠止泻作用的机理研究[D]. 刘素芳.北京中医药大学 2007



本文编号：3045572