基于计算机辅助药物设计研究白术挥发油的主要成分作用靶点及药效预测

发布时间：2021-07-10 16:12

　　[目的]基于计算机辅助药物设计（CADD）研究白术挥发油中的白术内酯Ⅰ、白术内酯Ⅱ、白术内酯Ⅲ、苍术酮、β-榄香烯、香橙烯和异香橙烯分子潜在作用靶点,并预测这7个分子的药效。[方法]查阅文献建立含有上述7个配体分子结构的分子库,使用Discovery Studio 2016（DS）软件对分子库的分子结构进行优化,运用DS中的反向找靶（Target Fishing）功能模块对含有超过117000个药效团模型的PharmaDB药效团数据库搜索;根据反向找靶的运行结果,筛选出配体与药效团的契合值（Fit value）≥0.9且对应打分最高的靶点蛋白。从PDB数据库下载靶点蛋白,运用DS中的分子对接（Molecular Docking）技术查看筛选出的配体分子与对应靶点蛋白的非键相互作用情况。[结果]反向找靶结果中筛选出6个靶点蛋白分别为酪蛋白激酶2、MDMX蛋白、维生素D3羟化酶、细胞周期蛋白A和细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶2的复合物、CDC样激酶3和酪蛋白激酶2α亚基。根据分子对接的结果并结合生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Informa... 

【文章来源】：化工设计通讯. 2020,46(10)

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

白术挥发油的主要成分分子结构式

(2)筛选出与配体分子的Fit value≥0.8的靶标药效团,利用生物信息分析热图聚类分析软件HemI 1.0做配体分子与对应的各靶标药效团的Fit value值的热图。横坐标为各靶标药效团模型,纵坐标为配体分子;图中右侧的标尺颜色为渐变色,从蓝色至红色逐渐过渡,表示Fit value值从“0.800”逐级递增。Fit value值越大,表示小分子与靶标蛋白契合得越好,说明对应的蛋白是小分子潜在作用的靶点的可能性高。热图结果如图2所示。3.2 分子对接结果和药效预测

(1)2OXX是蛋白激酶—酪蛋白激酶2或II(casein kinase,CK2)。CK2是高度多效性的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,在特定情况下能够促进细胞存活并增强肿瘤表型[10]。CK2调控许多细胞功能,目前它是研究癌症的目标。图3～图4分别为白术内酯Ⅰ和白术内酯Ⅱ与2OXX相互作用图。图4 白术内酯Ⅱ与2OXX相互作用图

【参考文献】：
期刊论文
[1]基于数据挖掘筛选新型冠状病毒肺炎预防方及组方思路探讨[J]. 刘丽,刘大晟,谭为,吴先林.  广州中医药大学学报. 2020(05)
[2]祁术的本草考证[J]. 赖长江生,彭华胜,魏旭雅,陈金龙,年四辉,赵明,解军波,杨滨.  中国实验方剂学杂志. 2020(18)
[3]细胞色素P450 3A7羟化维生素D3的功能研究[J]. 陈思航,尚书凤,王杨科,王琦,路宏朝.  基因组学与应用生物学. 2020(01)
[4]白术的化学成分与药理作用及复方临床应用进展[J]. 顾思浩,孔维崧,张彤,杨骏,李玲,王冰.  中华中医药学刊. 2020(01)
[5]白术中白术内酯Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ的靶标预测及蛋白互作网络研究[J]. 刘志强,刘和波,王博龙.  中国药房. 2018(23)
[6]白术化学成分及药理作用研究进展[J]. 凌宗全.  内蒙古中医药. 2013(35)
[7]研究白术的化学成分及药理作用概况[J]. 阳柳平.  中国医药指南. 2012(21)
[8]白术化学成分和药理作用的研究进展[J]. 杨娥,钟艳梅,冯毅凡.  广东药学院学报. 2012(02)
[9]信号传导途径新热点：双重特异性蛋白激酶家族[J]. 童坦君.  生理科学进展. 1994(03)

博士论文
[1]Cyclin A3-Cdk2-Xylocydine晶体结构的解析及Xylocydine衍生物抗肿瘤作用的研究[D]. 孙超.吉林大学 2013

硕士论文
[1]CYP450维生素D羟化酶基因的克隆表达及酶活检测[D]. 曹喜秀.广西大学 2012



本文编号：3276244