卷丹及主要食用百合EST-SSR鉴别体系的构建
发布时间：2021-07-14 08:46
目的开发卷丹Lilium lancifolium、兰州百合L. davidii var. willmottia、岷江百合L. regale、香水百合L. casa和龙牙百合L. brownie var. viridulum的EST-SSR分子鉴别体系,分析EST-SSR分子标记技术对百合近缘种的开发效率和鉴别能力。方法利用MISA.pl程序对NCBI公布的百合属EST基因序列进行SSR位点的识别,通过Primer3程序模块批量生成EST-SSR引物,经PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳对引物进行初筛,用聚丙烯酰胺凝胶电泳验证初筛引物,标记并分析不同种质的特征泳带,构建鉴别体系。结果共设计了199对SSR引物,经过26对引物的筛选,获得了2对高效鉴别引物,其中引物JZ391构建的分子鉴别体系,可有效鉴别混掺的商品百合,具有一定的实用价值。结论基于研究材料具有极端的遗传特征,本实验鉴定标记开发非常高效,研究结果证实了物种的遗传基础是影响其EST-SSR分子标记开发效率的重要因素,同时,该案例可为其他类似百合遗传基础的中药材进行EST-SSR标记开发,提供参考尺度。
【文章来源】：中草药. 2020,51(16)北大核心CSCD
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
不同百合产品进行分子标记试验的可靠性验证
对NCBI公布的百合属EST序列进行SSR引物设计，获得199对设计引物，利用琼脂糖电泳筛选26对SSR引物。26对SSR引物对参试的对照样本可进行有效的PCR扩增（图2），该结果表明，利用Perl计算机语言批量设计EST-SSR引物的方法有效，可以作为SSR引物设计的方法之一。其次，通过对电泳图谱的进一步分析，26对SSR引物的PCR扩增产物有5种结果：（1）对照间具有“梯度PCR”的特征，对照间带型差异较小（图2-A);(2）对照间具有“梯度PCR”的特征，对照间带型一致（图2-B);(3）参试样本之一没有PCR扩增产物（图2-D);(4）参试样本之一没有表现“梯度PCR”的特征（图2-E);(5）对照间具有“梯度PCR”的特征，对照间带型具有显著差异（图2-C），扩增出5种带型图谱所用SSR引物的比例依次为8∶14∶1∶1∶2，基于本实验以筛选高效鉴定引物为目的，舍弃图2-A、图2-B、图2-D和图2-E带型对应的SSR引物，以扩增出图2-C泳带特征的引物作为初筛鉴定引物。3.3 初筛鉴定引物的验证筛选与百合EST-SSR分子鉴定体系的构建
百合EST-SSR分子鉴定体系构建如下：引物JZ391（正向：TAAGTATGTCCAGCC CGGAG，反向：GTGGGTCCCTTCAGGGTTT);Tm值57.5℃；基准鉴别位点为兰州百合98 bp，卷丹360 bp，岷江百合270、185 bp，龙牙百合505、325 bp（图3）。3.4 百合EST-SSR分子鉴别体系对商品百合的检测结果
【参考文献】：
期刊论文
[1]轮叶党参EST-SSR标记的开发及在党参属中的应用[J]. 刘新星,石有太,罗俊杰,欧巧明,陈子萱,李忠旺. 中草药. 2018(13)
[2]线粒体DNA标记在动物类药材分子鉴定中的应用进展[J]. 陈梦,方昀,程汝滨,黄真,张光霁,陈建真. 中草药. 2018(13)
[3]广西莪术EST-SSR标记开发及其在遗传多样性分析中的应用[J]. 杨妮,郭嗣斌,王建,刘平武,李孝琼,谢巍,苏伟敏,靳雅慧. 药物分析杂志. 2017(12)
[4]分子标记技术在獐牙菜属植物研究中的应用进展[J]. 杨春芳,曾阳,郭凤霞,王文颖,李锦萍,刘力宽. 中草药. 2017(15)
[5]辽宁地区绿豆品种SSR指纹图谱构建及品种鉴定[J]. 赵雅楠,王颖,张东杰. 食品科学. 2018(06)
[6]分子鉴定技术在中药中的应用[J]. 时圣明,潘明佳,王洁,陈常青. 中草药. 2016(17)
[7]黄芪与红芪SSR引物的筛选及鉴定指纹代码的构建[J]. 厚毅清,石有太,张艳萍,刘新星,陈玉粱. 中国中药杂志. 2016(10)
[8]DNA分子标记检测方法及在茶树中的研究进展[J]. 刘振,赵洋,杨培迪,成杨,宁静,杨阳. 茶叶学报. 2015(02)
[9]粉末中药鉴别方法的研究进展与思考实践[J]. 吴娜,杨诗龙,严丹,彭伟,胥敏,张超,李欣逸,刘玉杰,吴纯洁. 中草药. 2015(10)
[10]露地栽培条件下百合的生长规律及种球繁殖技术[J]. 王莹,王良桂,黄成名,李玉帆,袁素霞,刘春,明军. 中国农业科学. 2014(08)
硕士论文
[1]十五种百合在豫北地区引种调查试验[D]. 韩冰.河北工程大学 2018
[2]百合主要病毒的分子检测及脱毒技术研究[D]. 徐榕雪.南京林业大学 2007
[3]兰州百合化学成分的研究[D]. 王琦.西北农林科技大学 2007
本文编号：3283812
【文章来源】：中草药. 2020,51(16)北大核心CSCD
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
不同百合产品进行分子标记试验的可靠性验证
对NCBI公布的百合属EST序列进行SSR引物设计，获得199对设计引物，利用琼脂糖电泳筛选26对SSR引物。26对SSR引物对参试的对照样本可进行有效的PCR扩增（图2），该结果表明，利用Perl计算机语言批量设计EST-SSR引物的方法有效，可以作为SSR引物设计的方法之一。其次，通过对电泳图谱的进一步分析，26对SSR引物的PCR扩增产物有5种结果：（1）对照间具有“梯度PCR”的特征，对照间带型差异较小（图2-A);(2）对照间具有“梯度PCR”的特征，对照间带型一致（图2-B);(3）参试样本之一没有PCR扩增产物（图2-D);(4）参试样本之一没有表现“梯度PCR”的特征（图2-E);(5）对照间具有“梯度PCR”的特征，对照间带型具有显著差异（图2-C），扩增出5种带型图谱所用SSR引物的比例依次为8∶14∶1∶1∶2，基于本实验以筛选高效鉴定引物为目的，舍弃图2-A、图2-B、图2-D和图2-E带型对应的SSR引物，以扩增出图2-C泳带特征的引物作为初筛鉴定引物。3.3 初筛鉴定引物的验证筛选与百合EST-SSR分子鉴定体系的构建
百合EST-SSR分子鉴定体系构建如下：引物JZ391（正向：TAAGTATGTCCAGCC CGGAG，反向：GTGGGTCCCTTCAGGGTTT);Tm值57.5℃；基准鉴别位点为兰州百合98 bp，卷丹360 bp，岷江百合270、185 bp，龙牙百合505、325 bp（图3）。3.4 百合EST-SSR分子鉴别体系对商品百合的检测结果
【参考文献】：
期刊论文
[1]轮叶党参EST-SSR标记的开发及在党参属中的应用[J]. 刘新星,石有太,罗俊杰,欧巧明,陈子萱,李忠旺. 中草药. 2018(13)
[2]线粒体DNA标记在动物类药材分子鉴定中的应用进展[J]. 陈梦,方昀,程汝滨,黄真,张光霁,陈建真. 中草药. 2018(13)
[3]广西莪术EST-SSR标记开发及其在遗传多样性分析中的应用[J]. 杨妮,郭嗣斌,王建,刘平武,李孝琼,谢巍,苏伟敏,靳雅慧. 药物分析杂志. 2017(12)
[4]分子标记技术在獐牙菜属植物研究中的应用进展[J]. 杨春芳,曾阳,郭凤霞,王文颖,李锦萍,刘力宽. 中草药. 2017(15)
[5]辽宁地区绿豆品种SSR指纹图谱构建及品种鉴定[J]. 赵雅楠,王颖,张东杰. 食品科学. 2018(06)
[6]分子鉴定技术在中药中的应用[J]. 时圣明,潘明佳,王洁,陈常青. 中草药. 2016(17)
[7]黄芪与红芪SSR引物的筛选及鉴定指纹代码的构建[J]. 厚毅清,石有太,张艳萍,刘新星,陈玉粱. 中国中药杂志. 2016(10)
[8]DNA分子标记检测方法及在茶树中的研究进展[J]. 刘振,赵洋,杨培迪,成杨,宁静,杨阳. 茶叶学报. 2015(02)
[9]粉末中药鉴别方法的研究进展与思考实践[J]. 吴娜,杨诗龙,严丹,彭伟,胥敏,张超,李欣逸,刘玉杰,吴纯洁. 中草药. 2015(10)
[10]露地栽培条件下百合的生长规律及种球繁殖技术[J]. 王莹,王良桂,黄成名,李玉帆,袁素霞,刘春,明军. 中国农业科学. 2014(08)
硕士论文
[1]十五种百合在豫北地区引种调查试验[D]. 韩冰.河北工程大学 2018
[2]百合主要病毒的分子检测及脱毒技术研究[D]. 徐榕雪.南京林业大学 2007
[3]兰州百合化学成分的研究[D]. 王琦.西北农林科技大学 2007
本文编号：3283812
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