miRNA与甲状腺乳头状癌关联性分析及黄芪多糖的干预作用
发布时间：2021-08-12 06:57
目的:为了揭示miRNA与甲状腺乳头状癌（PaPillary thyroid cancer,PTC）的关系,本课题以PTC组织样本为研究对象,测序筛选差异miRNA,并从分子层面验证黄芪多糖（astragalus Polysaccharide,APS）抗PTC的机制。方法:（1）PTC表达谱的构建与分析选取甘肃省人民医院普通外科经病理确诊的PTC癌组织及配对正常组织样本3对,运用转录组测序技术进行分析,筛选显著差异表达的miRNAs,预测靶基因并进行通路富集分析,在细胞层面对筛选的差异基因进行验证。（2）APS干预TPC-1细胞形态的观察APS干预TPC-1细胞后,在倒置显微镜下观察细胞形态变化情况。（3）APS对TPC-1增殖的影响取生长状态良好的TPC-1细胞,接种于96孔板中,利用CCK8分别对TPC-1对照组、APS100ug/mL、APS200ug/mL、APS400ug/mL作用12h/24h/36h/48h后,绘制各组细胞的抑制率。（4）novel-miR-26、FOXO1水平的检测分别收集不同浓度APS（100、200和400ug/mL）处理的TPC-1细胞和对照组细胞...
【文章来源】：甘肃中医药大学甘肃省
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
文库构建流程
由百迈克公司负责检测，样品保存完好，样品纯度符合检测标准，没有污降解，符合建库要求。如（表 2-图 2）表 2 测序样品总 RNA 的检测结果样品名称 RIN 值 28S/18S OD260/280 OD260/230 样品状态 稀释倍a1 6.90 1.10 1.97 0.87 正常 5.00a2 8.00 1.30 1.96 1.14 正常 3.00b1 7.50 1.50 1.97 1.03 正常 4.00b2 7.70 1.60 1.97 1.23 正常 4.00c1 7.20 1.80 1.96 1.69 正常 5.00c2 6.10 0.90 1.95 0.74 正常 4.001.5%凝胶 TAKARA λ-Hind III digest TAKARA 250bP DNA Ladder
图 3 fastq 文件示例图2.2.2 测序数据产出统计测序数据统计见（表 3），SamPles 是样品信息；BMK-ID：百迈客编号；Raw_reads：测序原始数据；Length<15：小于 15 的 reads；Length>35：大于35 的 reads；Clean_reads：质量值大于或等于 30 的碱基的 Reads 数；Q30(%):质量值大于 30 的比例。通过质量控每个样品的 Clean Data 均大于 15.56 M。表 3 miRNA 测序数据汇总表SamPles BMK-ID Raw_reads Length<15 Length>35 Clean_reads Q30(%)a1 S01 26624219 78601 336268 26209350 99.18a2 S02 20661072 70239 311119 20279714 99.18b1 S03 21634797 115288 412265 21107244 99.00
本文编号：3337828
【文章来源】：甘肃中医药大学甘肃省
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
文库构建流程
由百迈克公司负责检测，样品保存完好，样品纯度符合检测标准，没有污降解，符合建库要求。如（表 2-图 2）表 2 测序样品总 RNA 的检测结果样品名称 RIN 值 28S/18S OD260/280 OD260/230 样品状态 稀释倍a1 6.90 1.10 1.97 0.87 正常 5.00a2 8.00 1.30 1.96 1.14 正常 3.00b1 7.50 1.50 1.97 1.03 正常 4.00b2 7.70 1.60 1.97 1.23 正常 4.00c1 7.20 1.80 1.96 1.69 正常 5.00c2 6.10 0.90 1.95 0.74 正常 4.001.5%凝胶 TAKARA λ-Hind III digest TAKARA 250bP DNA Ladder
图 3 fastq 文件示例图2.2.2 测序数据产出统计测序数据统计见（表 3），SamPles 是样品信息；BMK-ID：百迈客编号；Raw_reads：测序原始数据；Length<15：小于 15 的 reads；Length>35：大于35 的 reads；Clean_reads：质量值大于或等于 30 的碱基的 Reads 数；Q30(%):质量值大于 30 的比例。通过质量控每个样品的 Clean Data 均大于 15.56 M。表 3 miRNA 测序数据汇总表SamPles BMK-ID Raw_reads Length<15 Length>35 Clean_reads Q30(%)a1 S01 26624219 78601 336268 26209350 99.18a2 S02 20661072 70239 311119 20279714 99.18b1 S03 21634797 115288 412265 21107244 99.00
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