转录组分析松茸多糖诱导T细胞增殖的分子机制
发布时间：2021-08-24 23:14
目的转录组分析松茸多糖（TMP-A）诱导T细胞增殖的分子机制。方法分别用TMP-A（10μg/mL）、LPS（10μg/mL）处理T细胞24 h,采用RNA-seq测序技术对T细胞进行测序并进行生物信息学分析。结果空白对照组、TMP-A组和LPS阳性对照组分别得到46 574 489、50 259 600、57 439 600条Clean reads,对应的总大小分别为6.99、7.54、8.62 G。线粒体色素C氧化酶基因家族、钙网蛋白基因等是TMP-A组的超高表达基因,在T细胞增殖过程中细胞运动、蛋白质合成及线粒体代谢增强,且氧化磷酸化所产生的能量是T细胞增殖过程的主要能量来源。TMP-A组相比于空白对照组有485个基因差异表达,其中上调的基因482个,下调的基因3个,主要与离子转运和系统过程,外周和质膜以及分子功能中转运活性有关;且通路涉及神经活性配体-受体相互作用、Ras信号途径、MAPK信号途径等。结论 T细胞在TMP-A作用下的生物代谢发生差异,离子转运、质膜、转运活性相关基因是TMP-A诱导T细胞增殖的关键基因,且Ras-Raf-Erk-MAPK信号通路是TMP-A诱导T...
【文章来源】：中成药. 2020,42(07)北大核心CSCD
【文章页数】：10 页
【部分图文】：
LPS阳性对照组相比于空白对照组基因差异表达分析火山图
图4 TMP-A相比于空白对照组差异基因GO富集分析表9 TMP-A组与空白对照组差异基因KEGG pathway富集分析Tab.9 KEGG pathway enrichment analysis of DEGS of the TMP-A group vs the blank control group 通路描述 KEGG编号 差异基因数/个 上调的差异基因数/个 下调的差异基因数/个 代谢途径(metabolic pathways) hsa01100 22 22 0 神经活性配体-受体相互作用(neuroactive ligand-receptor interaction) hsa04080 9 9 0 Ras信号途径(Ras signaling pathway) hsa04014 8 8 0 造血细胞系(hematopoietic cell lineage) hsa04640 7 7 0 MAPK信号途径(MAPK signaling pathway) hsa04010 7 7 0 细胞因子-细胞因子-受体相互作用(cytokine-cytokine receptor interaction) hsa04060 7 7 0 肥厚性心肌病[hypertrophic cardiomyopathy (HCM)] hsa05410 6 6 0 胰腺分泌(pancreatic secretion) hsa04972 6 6 0 破骨细胞分化(osteoclast differentiation) hsa04380 6 6 0 JAK-STAT信号通路(JAK-STAT signaling pathway) hsa04630 6 6 0 催产素信号通路(oxytocin signaling pathway) hsa04921 6 6 0 癌症的途径(pathways in cancer) hsa05200 6 6 0 PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway) hsa04151 6 6 0
MAPK信号途径是在真核细胞中存在的一种高度保守的信号转导模式,通过激活丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Raf-1(MAPKKK)、磷酸化MEK蛋白激酶(MAPKK)和MAPK(促分裂原活化蛋白激酶)将有丝分裂信号传递到细胞核内,进而调控细胞的生长、分化和增殖等重要生理功能[27]。在Ras-Raf-Erk-MAPK信号途径中,成纤维生长因子家族基因的Fgf2[28]表达上调,提示TMP-A对于维持骨髓微环境,调控细胞的分化具有重要作用;上调磷脂酶基因家族PLA中的Pla2g2e、Pla2g3[29-31],表明TMP-A能够调节T细胞的新陈代谢、增强T细胞参与炎症和防御反应的能力。Elk1为ETS转录因子ELK1基因[32-34],该基因表达上调,表明TMP-A诱导下T细胞产生的炎症相关因子IL-1β和TNF-α增多。Grin2b基因编码的NR2B是NMDA受体(一种神经递质通道)的亚单位之一[35],该基因表达上调,提示在TMP-A作用下,T细胞对刺激做出反应的能力增强。综上所述,TMP-A通过上调成纤维生长因子家族(FGF)激活受体酪氨酸激酶RTK、下游Ras蛋白,进而磷酸化MAPK信号通路,提示它主要通过Ras-Raf-Erk-MAPK信号途径诱导T细胞增殖。
本文编号：3360909
【文章来源】：中成药. 2020,42(07)北大核心CSCD
【文章页数】：10 页
【部分图文】：
LPS阳性对照组相比于空白对照组基因差异表达分析火山图
图4 TMP-A相比于空白对照组差异基因GO富集分析表9 TMP-A组与空白对照组差异基因KEGG pathway富集分析Tab.9 KEGG pathway enrichment analysis of DEGS of the TMP-A group vs the blank control group 通路描述 KEGG编号 差异基因数/个 上调的差异基因数/个 下调的差异基因数/个 代谢途径(metabolic pathways) hsa01100 22 22 0 神经活性配体-受体相互作用(neuroactive ligand-receptor interaction) hsa04080 9 9 0 Ras信号途径(Ras signaling pathway) hsa04014 8 8 0 造血细胞系(hematopoietic cell lineage) hsa04640 7 7 0 MAPK信号途径(MAPK signaling pathway) hsa04010 7 7 0 细胞因子-细胞因子-受体相互作用(cytokine-cytokine receptor interaction) hsa04060 7 7 0 肥厚性心肌病[hypertrophic cardiomyopathy (HCM)] hsa05410 6 6 0 胰腺分泌(pancreatic secretion) hsa04972 6 6 0 破骨细胞分化(osteoclast differentiation) hsa04380 6 6 0 JAK-STAT信号通路(JAK-STAT signaling pathway) hsa04630 6 6 0 催产素信号通路(oxytocin signaling pathway) hsa04921 6 6 0 癌症的途径(pathways in cancer) hsa05200 6 6 0 PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway) hsa04151 6 6 0
MAPK信号途径是在真核细胞中存在的一种高度保守的信号转导模式,通过激活丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Raf-1(MAPKKK)、磷酸化MEK蛋白激酶(MAPKK)和MAPK(促分裂原活化蛋白激酶)将有丝分裂信号传递到细胞核内,进而调控细胞的生长、分化和增殖等重要生理功能[27]。在Ras-Raf-Erk-MAPK信号途径中,成纤维生长因子家族基因的Fgf2[28]表达上调,提示TMP-A对于维持骨髓微环境,调控细胞的分化具有重要作用;上调磷脂酶基因家族PLA中的Pla2g2e、Pla2g3[29-31],表明TMP-A能够调节T细胞的新陈代谢、增强T细胞参与炎症和防御反应的能力。Elk1为ETS转录因子ELK1基因[32-34],该基因表达上调,表明TMP-A诱导下T细胞产生的炎症相关因子IL-1β和TNF-α增多。Grin2b基因编码的NR2B是NMDA受体(一种神经递质通道)的亚单位之一[35],该基因表达上调,提示在TMP-A作用下,T细胞对刺激做出反应的能力增强。综上所述,TMP-A通过上调成纤维生长因子家族(FGF)激活受体酪氨酸激酶RTK、下游Ras蛋白,进而磷酸化MAPK信号通路,提示它主要通过Ras-Raf-Erk-MAPK信号途径诱导T细胞增殖。
本文编号：3360909
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