基于分子对接的山栀苷对帕金森细胞模型的保护作用及其机制研究
发布时间：2021-11-23 14:56
背景和目的:山栀苷是我国传统中药栀子的有效成分之一,常作为相关中药饮片、中成药质量研究的标志物。但在常见的抗炎、抗氧化测试中,效果却不如栀子苷等其他环烯醚萜类化合物。本研究采用分子对接技术,测试山栀苷对未折叠蛋白反应三条通路中节点蛋白的对接情况,进而利用6-OHDA诱导损伤的SH-SY5Y细胞构建帕金森病的体外模型,检测山栀苷的保护作用及相关通路蛋白的表达情况,旨在为山栀苷的活性研究提供依据和思路。方法:（1）利用Autodock软件将山栀苷与内质网应激相关的PERK、Bi P、IRE1蛋白进行虚拟分子对接,并分析对接结果。（2）利用6-OHDA处理SH-SY5Y细胞构建帕金森病的体外模型,采用CCK-8、LDH法检测山栀苷的保护作用,另以衣霉素预处理激活内质网应激,观察山栀苷保护作用的变化情况;采用Hoechst33258荧光染色及Annexin V-FITC/PI观察细胞凋亡情况;DIO-C6（3）染色观察内质网情况;MDC染色观察细胞自噬;Western blot检测PERK-e IF2α-ATF4-CHOP以及自噬相关蛋白LC3、凋亡相关蛋白Bcl-2和Bax的表达情况。结果:...
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
山栀苷分子结构
图 2.2 对接结果的结合能分析2.3.2 最优对接结果的构象信息表 2.2 最优构象的信息比较对接蛋白 PDB 编码 小分子配体 结合能(kcal/mol) 抑制常数(μM)PERK 4g31 山栀苷 -5.06 196.74PERK 4g31 GSK2606414 -10.71 0.01408GRP78 3ldo 山栀苷 -3.43 3070IRE1 3lj1 山栀苷 -2.79 9080最优对接构象信息如表 2.2 所示，山栀苷与 PERK 蛋白结合能为-5.06kcal/mol，抑制常数为 196.74 μM；GSK2606414 与 PERK 蛋白结合能为-10.71kcal/mol，抑制常数为 0.01408 μM。由此可见，虽然山栀苷与 PERK 的结合自由能及抑制常数均大于 PERK 蛋白特异性小分子抑制剂 GSK2606414，但较内
质网应激另外两条通路蛋白 GRP78、IRE1 都要小很多。2.3.3 最优对接的构象图如图 2.3 所示，从对接结果 PyMOL 处理的最优对接构象图来看，山栀苷与PERK 蛋白和 GSK2606414 与 PERK 蛋白的对接位点在同一“对接口袋”中，而山栀苷与 BiP 蛋白、山栀苷与 IRE1 蛋白的对接位点则更靠近蛋白分子表面。第 2 章 山栀苷与内质网应激靶标蛋白的分子对接
【参考文献】：
期刊论文
[1]Salidroside Protects Against 6-Hydroxydopamine-Induced Cytotoxicity by Attenuating ER Stress[J]. Kai Tao,Bao Wang,Dayun Feng,Wei Zhang,Fangfang Lu,Juan Lai,Lu Huang,Tiejian Nie,Qian Yang. Neuroscience Bulletin. 2016(01)
[2]基于分子对接技术的高频降脂药对作用机制研究[J]. 蒋芦荻,贺昱甦,陈茜,陶欧,李贡宇,张燕玲. 中国中药杂志. 2015(12)
本文编号：3514113
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
山栀苷分子结构
图 2.2 对接结果的结合能分析2.3.2 最优对接结果的构象信息表 2.2 最优构象的信息比较对接蛋白 PDB 编码 小分子配体 结合能(kcal/mol) 抑制常数(μM)PERK 4g31 山栀苷 -5.06 196.74PERK 4g31 GSK2606414 -10.71 0.01408GRP78 3ldo 山栀苷 -3.43 3070IRE1 3lj1 山栀苷 -2.79 9080最优对接构象信息如表 2.2 所示，山栀苷与 PERK 蛋白结合能为-5.06kcal/mol，抑制常数为 196.74 μM；GSK2606414 与 PERK 蛋白结合能为-10.71kcal/mol，抑制常数为 0.01408 μM。由此可见，虽然山栀苷与 PERK 的结合自由能及抑制常数均大于 PERK 蛋白特异性小分子抑制剂 GSK2606414，但较内
质网应激另外两条通路蛋白 GRP78、IRE1 都要小很多。2.3.3 最优对接的构象图如图 2.3 所示，从对接结果 PyMOL 处理的最优对接构象图来看，山栀苷与PERK 蛋白和 GSK2606414 与 PERK 蛋白的对接位点在同一“对接口袋”中，而山栀苷与 BiP 蛋白、山栀苷与 IRE1 蛋白的对接位点则更靠近蛋白分子表面。第 2 章 山栀苷与内质网应激靶标蛋白的分子对接
【参考文献】：
期刊论文
[1]Salidroside Protects Against 6-Hydroxydopamine-Induced Cytotoxicity by Attenuating ER Stress[J]. Kai Tao,Bao Wang,Dayun Feng,Wei Zhang,Fangfang Lu,Juan Lai,Lu Huang,Tiejian Nie,Qian Yang. Neuroscience Bulletin. 2016(01)
[2]基于分子对接技术的高频降脂药对作用机制研究[J]. 蒋芦荻,贺昱甦,陈茜,陶欧,李贡宇,张燕玲. 中国中药杂志. 2015(12)
本文编号：3514113
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