基于网络药理学和分子对接技术芩苏胶囊干预新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在药效物质预测分析
发布时间：2021-12-30 23:38
目的运用网络药理学和分子对接技术探究芩苏胶囊防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在药效物质。方法采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索出芩苏胶囊中4味药材（黄芩、紫苏子、苦参和丹参）所含有效成分与作用靶点;通过UniProt、GeneCards和OMIM数据库,筛选出COVID-19相关靶点,得到与芩苏胶囊有效成分作用的共同靶点,采用String数据库构建PPI网络;借助Cytoscape3.7.2构建"中药-化合物-靶点"网络;运用DAVID数据库对相关靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析;通过分子对接技术评价"中药-成分-靶点"网络中核心成分与COVID-19的3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ（ACE2）的结合作用。结果芩苏胶囊"中药-成分-靶点"网络121个化合物和274个相关靶点,包含14个核心化合物和33个核心靶点。GO功能富集分析得到527个条目,主要涉及药物应答、炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等。KEGG路富集共得到111条信号通路,筛选得到20条信号通路,涉及乙型肝炎、甲型流感、肺结核等与病毒感染相关的通路。分子对接表明,芩苏胶囊中14个核...
【文章来源】：上海中医药杂志. 2020,54(10)
【文章页数】：11 页
【部分图文】：
芩苏胶囊与COVID-19靶点韦恩图
运用Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-化合物-靶点”网络(图5),有4个药材节点、121个化合物节点及274种靶点节点,共计399个节点和1 960条边。其中黄色圆形代表黄芩、丹参、苦参和紫苏子的化合物,蓝色长方形代表活性成分所对应的靶点。图4 芩苏胶囊作用的关键靶点
通过TCMSP、TCMID与已有文献报道,检索到芩苏胶囊中5味中药中的化合物共615个。由于芩苏胶囊的给药方式是通过口服,类药性(DL)值表示成分与已知化学药物的相似性,对确定中药成分是否具有活性有重要参考价值。一般认为OB值越大代表药物生物活性成分的DL越好[15-16]。以OB≥30%和DL≥0.18为筛选标准,除重后有效成分共121个,其中紫苏梗已知化合物有29个,但其有效成分均不在筛选标准内,4味药材除重后共预测靶标274个。方中各药材有效成分和预测靶标数量见图1,部分药材有效成分信息见表1。2.2 COVID-19靶点的收集与PPI网络的构建
【参考文献】：
期刊论文
[1]从湿、热、毒、虚四阶段探讨中医药防治新型冠状病毒肺炎的精准施策[J]. 金镇雄,梁倩倩,张岩,王乾,王拥军,唐德志,施杞. 上海中医药杂志. 2020(08)
[2]中西医结合治疗新型冠状病毒肺炎100例疗效及肝损伤情况分析[J]. 夏露,吴欢,刘平,陆云飞,王梅,孙永顺,卢洪洲. 上海中医药杂志. 2020(07)
[3]新型冠状病毒引起的细胞因子风暴及中医药治疗[J]. 董陈颍,杨鸿. 中华中医药学刊. 2020(07)
[4]新型冠状病毒肺炎若干热点问题的中西医结合建议[J]. Respiratory Diseases Committee of Shanghai Association of Chinese Integrative Medicine;. 上海中医药杂志. 2020(04)
[5]连花清瘟治疗新型冠状病毒（2019-nCoV）肺炎网络药理学研究与初证[J]. 王林,杨志华,张浩然,于航星,杨康,付宝慧,杨洪涛. 中药材. 2020(03)
[6]基于网络药理学和分子对接法探寻麻杏薏甘汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）活性化合物的研究[J]. 刘乐平,龙茜,曹学帅,徐昕怡,罗雁威,桂嵘. 中草药. 2020(07)
[7]基于网络药理学和分子对接法探索肺毒清治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分[J]. 刘钱,贺桢翔,杨慧,刘新燕,曾钦,张梅,刘涛. 中草药. 2020(07)
[8]基于网络药理学及分子对接技术研究疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎的潜在靶标及机制[J]. 沈浮,付中应,吴泳蓉,邝高艳,李玲,朱恺民,赵昱东,夏雨,陈苇,郭垠梅,赖庆来. 中医药导报. 2020(05)
[9]小柴胡汤治疗早期新型冠状病毒肺炎（COVID-19）邪热郁肺、枢机不利证功效网络分析与机制预测[J]. 孙凯滨,张新雨,刘静,孙蓉. 中草药. 2020(07)
[10]网络药理学在中药复方研究中的应用[J]. 段贤春,黄石,彭代银,韩岚,汪小莉,汪永忠,潘凌宇. 中国药理学通报. 2020(03)
本文编号：3559187
【文章来源】：上海中医药杂志. 2020,54(10)
【文章页数】：11 页
【部分图文】：
芩苏胶囊与COVID-19靶点韦恩图
运用Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-化合物-靶点”网络(图5),有4个药材节点、121个化合物节点及274种靶点节点,共计399个节点和1 960条边。其中黄色圆形代表黄芩、丹参、苦参和紫苏子的化合物,蓝色长方形代表活性成分所对应的靶点。图4 芩苏胶囊作用的关键靶点
通过TCMSP、TCMID与已有文献报道,检索到芩苏胶囊中5味中药中的化合物共615个。由于芩苏胶囊的给药方式是通过口服,类药性(DL)值表示成分与已知化学药物的相似性,对确定中药成分是否具有活性有重要参考价值。一般认为OB值越大代表药物生物活性成分的DL越好[15-16]。以OB≥30%和DL≥0.18为筛选标准,除重后有效成分共121个,其中紫苏梗已知化合物有29个,但其有效成分均不在筛选标准内,4味药材除重后共预测靶标274个。方中各药材有效成分和预测靶标数量见图1,部分药材有效成分信息见表1。2.2 COVID-19靶点的收集与PPI网络的构建
【参考文献】：
期刊论文
[1]从湿、热、毒、虚四阶段探讨中医药防治新型冠状病毒肺炎的精准施策[J]. 金镇雄,梁倩倩,张岩,王乾,王拥军,唐德志,施杞. 上海中医药杂志. 2020(08)
[2]中西医结合治疗新型冠状病毒肺炎100例疗效及肝损伤情况分析[J]. 夏露,吴欢,刘平,陆云飞,王梅,孙永顺,卢洪洲. 上海中医药杂志. 2020(07)
[3]新型冠状病毒引起的细胞因子风暴及中医药治疗[J]. 董陈颍,杨鸿. 中华中医药学刊. 2020(07)
[4]新型冠状病毒肺炎若干热点问题的中西医结合建议[J]. Respiratory Diseases Committee of Shanghai Association of Chinese Integrative Medicine;. 上海中医药杂志. 2020(04)
[5]连花清瘟治疗新型冠状病毒（2019-nCoV）肺炎网络药理学研究与初证[J]. 王林,杨志华,张浩然,于航星,杨康,付宝慧,杨洪涛. 中药材. 2020(03)
[6]基于网络药理学和分子对接法探寻麻杏薏甘汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）活性化合物的研究[J]. 刘乐平,龙茜,曹学帅,徐昕怡,罗雁威,桂嵘. 中草药. 2020(07)
[7]基于网络药理学和分子对接法探索肺毒清治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分[J]. 刘钱,贺桢翔,杨慧,刘新燕,曾钦,张梅,刘涛. 中草药. 2020(07)
[8]基于网络药理学及分子对接技术研究疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎的潜在靶标及机制[J]. 沈浮,付中应,吴泳蓉,邝高艳,李玲,朱恺民,赵昱东,夏雨,陈苇,郭垠梅,赖庆来. 中医药导报. 2020(05)
[9]小柴胡汤治疗早期新型冠状病毒肺炎（COVID-19）邪热郁肺、枢机不利证功效网络分析与机制预测[J]. 孙凯滨,张新雨,刘静,孙蓉. 中草药. 2020(07)
[10]网络药理学在中药复方研究中的应用[J]. 段贤春,黄石,彭代银,韩岚,汪小莉,汪永忠,潘凌宇. 中国药理学通报. 2020(03)
本文编号：3559187
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