基于反向分子对接理论探讨黄连治疗2型糖尿病效应物质群及其多成分多靶点的分子机制
发布时间：2022-01-11 08:18
目的:研究黄连治疗2型糖尿病的效应物质群,探讨其多成分多靶点的分子机制。方法:依据本课题前期蛋白质组学实验筛选出的血浆差异蛋白,利用生物信息学分析技术与多个数据库及文献筛选,采用反向分子对接技术,探寻黄连治疗2型糖尿病的有效成分群;同时运用分子生物学技术（PCR及Western Blot）从细胞层面对效应成分群进行作用机制研究。结果:（1）选定从前期蛋白质组学实验研究出的黄连治疗2型糖尿病密切相关靶点蛋白65个;（2）确定与黄连中化学成分亲和力较高的14个蛋白质（Pla2g7、G6PD、PSMA6、C4、C2、APOC3、APOC1、PRDX2、PKM2、APOE、GPX3、IGF-1、IGFBP4、IGFBP6）;（3）确定黄连治疗2型糖尿病的有效成分可能有:Berberine、Coptisine、Epiberberine、Palmatine、Jatrorrhizine等5种化学成分。（4）通过分子生物学技术确定黄连5种效应成分对亲和力较高的14个靶标中的10个蛋白（G6PD、PSMA6、PRDX2、PKM2、GPX3、IGF-1、IGFBP4、IGFBP6、APOC1、APOE）具...
【文章来源】：华中科技大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：95 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
黄连5种成分与磷脂酶A2(Pla2g7)的对接模式图
成疏水作用，由于巴马汀的共轭结构，还与G6PDA链的Phe253产生π-π堆积作用；黄连碱与表小檗碱与G6PD无相互作用。图2.黄连 3 种成分与G6PD的对接模式图。A：在3D示意图中，黄连成分以绿色显示，其余颜色表示靶蛋白；B：在平面示意图中，绿色线条表示疏水作用，黑色虚线代表氢键。1.4.3.3 黄连5种成分与PSMA6的对接模式如图3所示，黄连5种成分的羟基是形成氢键的作用位点，这些氢键是稳定效应物质与PSMA6活性位点相互作用的关键因素，效应物质与PSMA6之间另一个稳定结合的作用力为疏水作用。黄连碱与PSMA6 I链活性位点上的残基Ala49、Thr48形成疏水作用;表小檗碱与PSMA6 I链活性位点上的残基Thr21、Ala49、Ala20、Thr48形成疏水作用；药根碱与PSMA6无疏水作用建；巴马汀与PSMA6 I链活性位点上的残基Ala49、Ala20、Thr48形成疏水作用；这些作用力使得效应物质能够与活性位点区域牢固的结合。黄连碱与表小檗碱与PSMA6无相互作用。
华 中 科 技 大 学 硕 士 学 位 论 文33图3. 黄连5种成分与PSMA6的对接模式图。A：在3D示意图中，效应物质以绿色显示，其余颜色表示靶蛋白；B：在平面示意图中，绿色线条表示疏水作用，黑色虚线代表氢键。小檗碱与PSMA6无作用键。1.4.3.4 黄连5种成分与PKM2的对接模式如图4所示，五种效应物质的羟基是形成氢键的作用位点，这些氢键是稳定效应物质与PKM2活性位点相互作用的关键因素，效应物质与PKM2之间另一个稳定结合的作用力为疏水作用。如图所示，小檗碱与PKM2A链活性位点上的残基Leu394形成疏水作用，表小檗碱与PKM2A链活性位点上的残基Phe26、Leu33、Leu353形成疏水作用;巴马汀与PKM2 A链活性位点上的残基Thr48、Ala49、Ala20形成疏水作用；黄连碱与药根碱与PKM2链活性位点上的残基未形成疏水作用；这些作用力使得效应物质能够牢固的结合在活性位点区域。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于反向分子对接技术土贝母皂苷甲抗肿瘤机制研究[J]. 史海龙,党琳,崔亚亚,王玉成,陈哲. 辽宁中医药大学学报. 2016(07)
[2]基于反向对接法的黄连碱抗炎机制分子模拟研究[J]. 徐佑东,张艳,孟宪丽,曾勇,王平. 中药与临床. 2016(02)
[3]基于网络药理学的元胡止痛滴丸治疗原发性痛经的作用机制研究[J]. 韩彦琪,许浚,张喜民,张铁军,任一杰,刘昌孝. 药学学报. 2016(03)
[4]基于反向对接法的大黄酸抗炎作用的分子机制研究[J]. 徐佑东,张艳,孟宪丽,曾勇,王平. 四川生理科学杂志. 2016(01)
[5]丹酚酸B对阿霉素诱导H9c2细胞毒性的保护作用及其作用靶点[J]. 卓贤进,申慧芳,方志潮,丁云岗,王滔,崔国祯. 广东医学. 2015(24)
[6]基于网络药理学的逍遥散抗抑郁活性成分作用靶点研究[J]. 高耀,高丽,高晓霞,周玉枝,秦雪梅,田俊生. 药学学报. 2015(12)
[7]黄连抗氧化作用与糖尿病的研究进展[J]. 张倩,梁晓春. 中国中药杂志. 2015(12)
[8]反向分子对接法预测丹参醇A的潜在靶点[J]. 陈少军,陈宏降,郭章华. 中药药理与临床. 2014(05)
[9]基于网络药理学的清肺消炎丸抗炎机制的初步研究[J]. 程彬峰,侯媛媛,姜民,赵振营,董林毅,白钢. 药学学报. 2013(05)
[10]反向分子对接-药物靶点发现和确认的新途径[J]. 范胜军,李学军. 生理科学进展. 2012(05)
本文编号：3582449
【文章来源】：华中科技大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：95 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
黄连5种成分与磷脂酶A2(Pla2g7)的对接模式图
成疏水作用，由于巴马汀的共轭结构，还与G6PDA链的Phe253产生π-π堆积作用；黄连碱与表小檗碱与G6PD无相互作用。图2.黄连 3 种成分与G6PD的对接模式图。A：在3D示意图中，黄连成分以绿色显示，其余颜色表示靶蛋白；B：在平面示意图中，绿色线条表示疏水作用，黑色虚线代表氢键。1.4.3.3 黄连5种成分与PSMA6的对接模式如图3所示，黄连5种成分的羟基是形成氢键的作用位点，这些氢键是稳定效应物质与PSMA6活性位点相互作用的关键因素，效应物质与PSMA6之间另一个稳定结合的作用力为疏水作用。黄连碱与PSMA6 I链活性位点上的残基Ala49、Thr48形成疏水作用;表小檗碱与PSMA6 I链活性位点上的残基Thr21、Ala49、Ala20、Thr48形成疏水作用；药根碱与PSMA6无疏水作用建；巴马汀与PSMA6 I链活性位点上的残基Ala49、Ala20、Thr48形成疏水作用；这些作用力使得效应物质能够与活性位点区域牢固的结合。黄连碱与表小檗碱与PSMA6无相互作用。
华 中 科 技 大 学 硕 士 学 位 论 文33图3. 黄连5种成分与PSMA6的对接模式图。A：在3D示意图中，效应物质以绿色显示，其余颜色表示靶蛋白；B：在平面示意图中，绿色线条表示疏水作用，黑色虚线代表氢键。小檗碱与PSMA6无作用键。1.4.3.4 黄连5种成分与PKM2的对接模式如图4所示，五种效应物质的羟基是形成氢键的作用位点，这些氢键是稳定效应物质与PKM2活性位点相互作用的关键因素，效应物质与PKM2之间另一个稳定结合的作用力为疏水作用。如图所示，小檗碱与PKM2A链活性位点上的残基Leu394形成疏水作用，表小檗碱与PKM2A链活性位点上的残基Phe26、Leu33、Leu353形成疏水作用;巴马汀与PKM2 A链活性位点上的残基Thr48、Ala49、Ala20形成疏水作用；黄连碱与药根碱与PKM2链活性位点上的残基未形成疏水作用；这些作用力使得效应物质能够牢固的结合在活性位点区域。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于反向分子对接技术土贝母皂苷甲抗肿瘤机制研究[J]. 史海龙,党琳,崔亚亚,王玉成,陈哲. 辽宁中医药大学学报. 2016(07)
[2]基于反向对接法的黄连碱抗炎机制分子模拟研究[J]. 徐佑东,张艳,孟宪丽,曾勇,王平. 中药与临床. 2016(02)
[3]基于网络药理学的元胡止痛滴丸治疗原发性痛经的作用机制研究[J]. 韩彦琪,许浚,张喜民,张铁军,任一杰,刘昌孝. 药学学报. 2016(03)
[4]基于反向对接法的大黄酸抗炎作用的分子机制研究[J]. 徐佑东,张艳,孟宪丽,曾勇,王平. 四川生理科学杂志. 2016(01)
[5]丹酚酸B对阿霉素诱导H9c2细胞毒性的保护作用及其作用靶点[J]. 卓贤进,申慧芳,方志潮,丁云岗,王滔,崔国祯. 广东医学. 2015(24)
[6]基于网络药理学的逍遥散抗抑郁活性成分作用靶点研究[J]. 高耀,高丽,高晓霞,周玉枝,秦雪梅,田俊生. 药学学报. 2015(12)
[7]黄连抗氧化作用与糖尿病的研究进展[J]. 张倩,梁晓春. 中国中药杂志. 2015(12)
[8]反向分子对接法预测丹参醇A的潜在靶点[J]. 陈少军,陈宏降,郭章华. 中药药理与临床. 2014(05)
[9]基于网络药理学的清肺消炎丸抗炎机制的初步研究[J]. 程彬峰,侯媛媛,姜民,赵振营,董林毅,白钢. 药学学报. 2013(05)
[10]反向分子对接-药物靶点发现和确认的新途径[J]. 范胜军,李学军. 生理科学进展. 2012(05)
本文编号：3582449
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