基于SSR标记与成分含量相结合的牡丹皮质量评价研究
发布时间：2022-01-13 03:00
目的本研究的目的是利用转录组测序数据开发牡丹皮SSR分子标记,并对不同群体牡丹进行遗传多样性分析,以区分不同来源的牡丹皮;建立牡丹皮中6种有效成分定量分析方法,以评价其化学质量。方法与结果1.牡丹皮转录组测序数据分析利用Illumina Hiseq高通量测序技术对重庆牡丹皮样本进行转录组测序,共获得84965条Unigene序列。利用MISA软件对Unigene序列进行分析,鉴定SSR类型,并对SSR位点特征进行分析。从16542条长度大于1000 bp的Unigene序列中鉴定出6235个SSR位点,其中单碱基重复SSR数量最丰富,占总SSR的67.31%;其次是二碱基和三碱基重复SSR,分别占20.03%和11.73%;四碱基、五碱基和六碱基重复SSR数量很少,总共占0.93%。2.牡丹皮SSR分子标记开发基于转录组测序数据开发牡丹皮SSR分子标记。从6235个SSR位点中按照一定标准筛选引物,筛选后的引物随机抽取132对,以重庆产地的牡丹皮为材料进行试验,检测到83对可有效扩增的SSR引物,扩增效率为62.88%,其中10对引物（P1P10）为多态性引物。1...
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：98 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Unigene长度分布图
西南大学硕士学位论文取下凝胶，用一级水漂洗 2 次，每次 5 分钟；胶转移到显影液（4℃预冷）中，放置在低速摇床上轻轻摇胶用一级水迅速漂洗 1 次，室温干燥后统计 DNA 条带数目结果物设计从牡丹皮转录组数据库得到的6235个SSR位点中筛选并合于后续试验研究。引物具体信息见附录。基因组 DNA 提取与检测良的 CTAB 法成功提取牡丹皮基因组 DNA，获得白色、半脂糖凝胶电泳检测结果如图 2-1 所示，DNA 条带较清晰，求。
图 2-2 SSR 引物筛选Figure 2-2 Selections of SSR primers注：M: BM 2000 DNA Marker; 1-10: 样本编号Note: M: BM 2000 DNA Marker;1-10: The No.of samples物筛选4 份牡丹皮样本，对初步筛选得到的 83 对可扩增引物进行再次筛选聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染检测引物多态性，共筛选到 10 对R 引物。图 2-3 为部分引物扩增的电泳图谱；表 2-3 为 10 对多态。
【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组数据分析与功能基因挖掘[J]. 李欣,李小俊,陈晓丽,赵毅强,王栋. 畜牧兽医学报. 2019(03)
[2]中药质量控制常用技术及其应用[J]. 刘爽,孙慧峰. 化学工程师. 2019(02)
[3]植物SSR标记开发及应用研究进展[J]. 刘会,彭春钰,武忠亮,苗贵东. 科学技术创新. 2018(36)
[4]丹参线粒体和叶绿体微卫星标记开发及多样性分析[J]. 沙秀芬,彭芳,陶珊,吴宇,刘继明,张超,李群. 西北植物学报. 2018(12)
[5]药用植物冬凌草高通量转录组测序与分析[J]. 陈延清,胡志刚,刘大会,黄必胜,刘迪. 中国现代中药. 2018(12)
[6]改进的CTAB法提取32种中药破壁饮片DNA及物种鉴定[J]. 王艳,成金乐. 中国中医药现代远程教育. 2018(22)
[7]高通量RNA-seq技术开发梵净山重楼SSR标记[J]. 王海明,阮成江,梁玖华,韩平,闫蕊,董旭,刘祾悦,帅小春,刘贺贺. 分子植物育种. 2019(18)
[8]不同花色紫斑牡丹的CDDP体系优化及其遗传多样性分析[J]. 陈燕,李婉茹,唐红. 西北植物学报. 2018(10)
[9]药用植物苦参EST-SSR标记的开发及DNA指纹图谱的构建[J]. 段永红,雷海英,张旭,吴玉香,孙毅. 中国农业大学学报. 2018(09)
[10]轮叶党参EST-SSR标记的开发及在党参属中的应用[J]. 刘新星,石有太,罗俊杰,欧巧明,陈子萱,李忠旺. 中草药. 2018(13)
博士论文
[1]荆芥、柴胡种质鉴定技术研究[D]. 赵立子.北京协和医学院 2015
[2]药用植物金银花及药用真菌蝙蝠蛾拟青霉的转录组学研究[D]. 宋利璞.中国科学院北京基因组研究所 2014
[3]杨山牡丹遗传多样性与江南牡丹品种资源研究[D]. 王佳.北京林业大学 2009
[4]半夏遗传多样性分子标记及质量评价研究[D]. 张君毅.南京农业大学 2007
[5]重庆垫江牡丹皮质量分析与控制研究[D]. 范俊安.重庆医科大学 2006
硕士论文
[1]牡丹皮质量评价及基于高通量测序有效成分活性筛选初步研究[D]. 王志强.安徽医科大学 2018
[2]人参种质资源鉴定的SSR核心引物筛选及其应用研究[D]. 侯志芳.中国农业科学院 2017
[3]96个不同种源牡丹品种亲缘关系的研究[D]. 杨坤梅.西南林业大学 2015
[4]丹参遗传连锁图谱构建及QTL分析[D]. 宗成堃.山东农业大学 2015
[5]基于DNA分子标记的金银花掺伪鉴定方法研究[D]. 徐石勇.天津大学 2015
[6]白及属植物AFLP遗传多样性分析及鉴定研究[D]. 吴劲松.南京师范大学 2014
[7]山豆根转录组高通量测序及生物信息学分析[D]. 邹恒伟.昆明理工大学 2014
[8]观赏芍药部分新种质SSR遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建[D]. 季丽静.北京林业大学 2013
[9]牡丹SSR分子标记的开发及其在亲缘关系分析中的应用[D]. 于海萍.北京林业大学 2013
[10]牡丹皮药材的质量评价标准研究[D]. 章睿.安徽中医药大学 2013
本文编号：3585934
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：98 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Unigene长度分布图
西南大学硕士学位论文取下凝胶，用一级水漂洗 2 次，每次 5 分钟；胶转移到显影液（4℃预冷）中，放置在低速摇床上轻轻摇胶用一级水迅速漂洗 1 次，室温干燥后统计 DNA 条带数目结果物设计从牡丹皮转录组数据库得到的6235个SSR位点中筛选并合于后续试验研究。引物具体信息见附录。基因组 DNA 提取与检测良的 CTAB 法成功提取牡丹皮基因组 DNA，获得白色、半脂糖凝胶电泳检测结果如图 2-1 所示，DNA 条带较清晰，求。
图 2-2 SSR 引物筛选Figure 2-2 Selections of SSR primers注：M: BM 2000 DNA Marker; 1-10: 样本编号Note: M: BM 2000 DNA Marker;1-10: The No.of samples物筛选4 份牡丹皮样本，对初步筛选得到的 83 对可扩增引物进行再次筛选聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染检测引物多态性，共筛选到 10 对R 引物。图 2-3 为部分引物扩增的电泳图谱；表 2-3 为 10 对多态。
【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组数据分析与功能基因挖掘[J]. 李欣,李小俊,陈晓丽,赵毅强,王栋. 畜牧兽医学报. 2019(03)
[2]中药质量控制常用技术及其应用[J]. 刘爽,孙慧峰. 化学工程师. 2019(02)
[3]植物SSR标记开发及应用研究进展[J]. 刘会,彭春钰,武忠亮,苗贵东. 科学技术创新. 2018(36)
[4]丹参线粒体和叶绿体微卫星标记开发及多样性分析[J]. 沙秀芬,彭芳,陶珊,吴宇,刘继明,张超,李群. 西北植物学报. 2018(12)
[5]药用植物冬凌草高通量转录组测序与分析[J]. 陈延清,胡志刚,刘大会,黄必胜,刘迪. 中国现代中药. 2018(12)
[6]改进的CTAB法提取32种中药破壁饮片DNA及物种鉴定[J]. 王艳,成金乐. 中国中医药现代远程教育. 2018(22)
[7]高通量RNA-seq技术开发梵净山重楼SSR标记[J]. 王海明,阮成江,梁玖华,韩平,闫蕊,董旭,刘祾悦,帅小春,刘贺贺. 分子植物育种. 2019(18)
[8]不同花色紫斑牡丹的CDDP体系优化及其遗传多样性分析[J]. 陈燕,李婉茹,唐红. 西北植物学报. 2018(10)
[9]药用植物苦参EST-SSR标记的开发及DNA指纹图谱的构建[J]. 段永红,雷海英,张旭,吴玉香,孙毅. 中国农业大学学报. 2018(09)
[10]轮叶党参EST-SSR标记的开发及在党参属中的应用[J]. 刘新星,石有太,罗俊杰,欧巧明,陈子萱,李忠旺. 中草药. 2018(13)
博士论文
[1]荆芥、柴胡种质鉴定技术研究[D]. 赵立子.北京协和医学院 2015
[2]药用植物金银花及药用真菌蝙蝠蛾拟青霉的转录组学研究[D]. 宋利璞.中国科学院北京基因组研究所 2014
[3]杨山牡丹遗传多样性与江南牡丹品种资源研究[D]. 王佳.北京林业大学 2009
[4]半夏遗传多样性分子标记及质量评价研究[D]. 张君毅.南京农业大学 2007
[5]重庆垫江牡丹皮质量分析与控制研究[D]. 范俊安.重庆医科大学 2006
硕士论文
[1]牡丹皮质量评价及基于高通量测序有效成分活性筛选初步研究[D]. 王志强.安徽医科大学 2018
[2]人参种质资源鉴定的SSR核心引物筛选及其应用研究[D]. 侯志芳.中国农业科学院 2017
[3]96个不同种源牡丹品种亲缘关系的研究[D]. 杨坤梅.西南林业大学 2015
[4]丹参遗传连锁图谱构建及QTL分析[D]. 宗成堃.山东农业大学 2015
[5]基于DNA分子标记的金银花掺伪鉴定方法研究[D]. 徐石勇.天津大学 2015
[6]白及属植物AFLP遗传多样性分析及鉴定研究[D]. 吴劲松.南京师范大学 2014
[7]山豆根转录组高通量测序及生物信息学分析[D]. 邹恒伟.昆明理工大学 2014
[8]观赏芍药部分新种质SSR遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建[D]. 季丽静.北京林业大学 2013
[9]牡丹SSR分子标记的开发及其在亲缘关系分析中的应用[D]. 于海萍.北京林业大学 2013
[10]牡丹皮药材的质量评价标准研究[D]. 章睿.安徽中医药大学 2013
本文编号：3585934
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