基于GEO数据库的DPN相关靶点挖掘及与芍药苷分子对接研究

发布时间：2022-12-11 12:01

　　目的基于GEO数据库挖掘与糖尿病周围神经病变（diabetic peripheral neuropathy,DPN）发生发展相关的潜在基因与靶点,并通过分子对接探讨芍药苷的干预作用。方法从GEO数据库中收集DPN和糖尿病人群研究的全基因组微阵列共计12例。在GEO2R平台内对两组的数据做差异基因分析,将筛选出的差异基因导入STRING在线数据库,获得差异基因所编码的蛋白质之间的相互作用并分析筛选核心靶点。采用Auto Dock VINA对芍药苷与上述筛选的核心靶点进行对接打分,并采用Western blot法检测芍药苷对m CCL2/CCR2激活的MAPK表达的影响进行验证。结果通过GEO数据库筛选出DPN组相对于糖尿病组表达差异基因共计有132个,其中CCR2、TNF和BDNF处于蛋白相互作用网络核心位置,芍药苷与相应靶点对接分数分别为-8.0,-5.2和-5.0,具有较强亲和力,芍药苷能够抑制m CCL2/CCR2激活的MAPK表达。结论芍药苷抗DPN机制可能与通过调节神经生长因子（BDNF）、调控趋化因子受体（CCR2）和促炎因子（TNF）以促进神经修复和减轻炎性疼痛有关。 

【文章页数】：5 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 研究对象
    1.2 方法
        1.2.1 差异基因选取
        1.2.2蛋白相互作用网络构建
        1.2.3 基于AutoDock VINA的分子对接
        1.2.4 体外验证试验
2 结果
    2.1 差异基因筛选结果
    2.2 蛋白相互作用网络
    2.3 AutoDock VINA分子对接结果
    2.4 体外验证试验结果
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]芍药苷药理作用研究新进展[J]. 张育贵,张淑娟,边甜甜,司昕蕾,牛江涛,辛二旦,王文顺,李越峰.  中草药. 2019(15)
[2]基于GEO数据库对颅内动脉瘤形成与破裂相关基因的挖掘与分析[J]. 白晶波,张婷,涂悦,刘洋.  海南医学院学报. 2019(17)
[3]芍药苷通过抑制脊髓Akt-NF-kB信号通路及小胶质细胞激活缓解炎症性疼痛[J]. 洪嘉琪,史家欣,敖欢,章鉴东,翁依佳,朱佳.  中国生物化学与分子生物学报. 2018(03)
[4]P38MAPK在炎性痛大鼠背根神经节中的表达及CCR2对其调控的影响[J]. 陈春生,万效梅,时飞,刘玉秋,刘孝洁.  中国疼痛医学杂志. 2015(10)
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[6]趋化因子介导的神经炎症反应和神经病理性疼痛[J]. 高永静,张志军,曹德利.  中国细胞生物学学报. 2014(03)
[7]芍药苷作用于神经系统的研究进展[J]. 胡增峣,徐岚,闫蓉,黄晏,刘港,周文霞,张永祥.  中国中药杂志. 2013(03)
[8]TNF-α在坐骨神经冷冻致神经病理性疼痛模型大鼠脊髓的表达[J]. 南兴东,冯艺,张利萍.  中国疼痛医学杂志. 2012(01)

博士论文
[1]BDNF对外周神经损伤后神经修复及继发神经病理性疼痛的影响[D]. 陈晔凌.华中科技大学 2013

硕士论文
[1]马钱苷、芍药苷对高糖培养大鼠雪旺细胞增殖及其NGF、IGF-1表达的影响[D]. 刘一敬.泸州医学院 2014



本文编号：3718745