GWAS筛选的肝细胞癌预后相关SNP位点的功能研究

发布时间：2020-06-23 05:22

【摘要】：背景:肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)在我国是常见且高死亡率的恶性肿瘤,最主要发病原因是乙型肝炎病毒(hepatitisBvirus,HBV)的感染,探讨HBV致癌机制以及研究HBV相关HCC的特点对于诊断以及治疗十分必要。全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)通过高通量检查SNP,发现了许多HBV及HCC易感性相关的SNP,有助于在遗传学上认识该疾病。而在后GWAS时代,数据的深度挖掘包括SNP的功能研究成为了主要方向。我们的前期研究发现了 6 个 SNP(rs1419881,rs7453920,rs3997872,rs7768538,rs2275959)的基因型与患者的总生存具有相关性。本课题旨在通过结合临床病理特征及生物信息学方法筛选功能基因,从而对这些预后相关SNP进行功能分析。材料和方法:1.回顾性分析前期研究纳入的330例患者的临床病理资料。分析位于人类白细胞抗原(human leukocyteantigen,HLA)区域SNP的分型与免疫炎症相关指标(中性粒细胞淋巴细胞比值)之间关系,探讨SNP、免疫应答、全身炎症反应、肝癌生存的关系。2.回顾性分析344例接受根治性肝切除的HCC患者的临床病理资料。分析其术后无瘤状态中性粒细胞淋巴细胞比值即基线水平与生存及复发的关系,初步探讨遗传因素对免疫应答反应的影响。3.根据生物信息学方法,检索预后相关SNP附近基因,基于文献检索初步筛选潜在功能基因。4.免疫组织化学方法监测筛选所得基因在肝癌组织及癌旁组织中的表达,并分析表达水平与SNP分型、肝癌预后的相关性。5.在肝癌细胞系中验证SNP潜在功能基因的相关功能。结果:1.位于 HLA 基因区域的 rs7453920GA,rs3997872TA,rs7768538AC的基因型与中性粒细胞淋巴细胞比值(neutrophil/lymphocyte ratio,NLR)水平相关,而NLR是预测总生存期的独立因素。rs7453920、rs3997872、rs7768538的次要等位基因的缺失促进了全身炎症反应,并且对HBV相关HCC患者的OS有不利影响。2.术后无瘤状态下基线NLR水平仍与HCC患者的预后密切相关,且与肝癌的早期复发、晚期复发均具有相关性,提示患者的免疫应答反应与全身性炎症的平衡可能受遗传因素的影响。3.根据生物信息学方法,11个基因(ZNF703、EGFL8、RNF5、PBX2、BRF2、BTNL2、SLC39A7、MDC1、TUBB、VARS2、AIF1)可能在肝癌中具有潜在功能,既往研究发现这些基因均在恶性肿瘤发生发展中起重要作用。4.免疫组织化学分析发现MDC1的表达与HCC的预后相关,且与SNP分型密切相关,可能是rs1419881的潜在功能基因。5.在Huh7肝癌细胞中,MDC1表达在siRNA干扰后,细胞增殖活性明显降低,提示MDC1可促进肝癌细胞的增殖。结论:后GWAS时代,尚无SNP功能研究的最佳方法,我们的研究发现多个HLA基因区域的SNP的分型可能与全身炎症反应相关,这种相关性可通过NLR水平反映。而rs1419881可能通过影响MDC1基因表达进而影响肝癌预后,具体机制不明,更多深入的研究开展具有重要意义。
【学位授予单位】：北京协和医学院
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R735.7
【图文】：

北京协和医学院中国医学科学院博士学位论文中，在１９９９年１月至２０１２年１２月期间，医院的ＨＣＣ初治患者入组。纳入标准为：根据ＨＣＣ的患者；乙肝表面抗原阳性；具有完整量的病灶大小。排除标准为：合并有其他恶访信息不全致失访。依据上述标准，３０名患者患者被纳入本研宄。逡逑

２．３．３邋ＮＬＲ的最佳界值逡逑绘制受试者工作特征（ＲＯＣ）曲线分析区分ｒｓ７４５３９２０的不良基因型，确定此逡逑时的最佳ＮＬＲ界值。根据约登指数（灵敏度７５．３％；特异度６０．０％；图２－３Ａ），邋ＮＬＲ逡逑曲线下面积（ＡＵＣ）为０．７０８邋（ＰＣ０．００１），则最佳截止值为１．４３。绘制ＲＯＣ曲线逡逑分析预测中位生存时间提示此时的ＡＵＣ为０．７５３邋（Ｐ＜０．００１邋），根据约登指数（灵敏逡逑度，６１．２％；特异性８０．６％；图２－３Ｂ）确定的ＮＬＲ值为２．１９。逡逑Ａ邋ＧＧ邋ｇｅｎｏｔｙｐｅ邋ｏｆ邋ｒｓ７４５３９２０逦Ｂ逦Ｍｅｄｉａｎ邋ｓｕｒｖｉｖａｌ逡逑１．０－ｊ逦１．０－１逦．７逡逑０．８－逦／逦０．８－逦／逡逑：ｆ邋０－６－逦／逦Ｉ邋０－６－邋／邋／逡逑ｌ0．４－逦／逦／ａＵＣ＝０．７０８逦Ｉ邋０．４－邋／逦／ＡＵＣ＝０．７５３逡逑ｗ邋ｆ邋，，邋ｐ＜ｏ．ｏｏｉ逦ｗ邋Ｊ邋ｙ邋ｐ＜ｏ．ｏｏｉ逡逑０．２－邋Ｊ邋／逦０．２－邋（邋／逡逑＾｛／逡逑0？0＇！逦ｉ逦ｉ逦ｉ逦ｉ逦ｉ逦ｏ．ｏ＿ｆｃ逦ｉ逦ｉ逦ｉ逦ｉ逦ｉ逡逑＾逦＾逦＾逦＾逦＾逦＾逦ｆ逦Ａ逦Ｊ逦＃逦Ａ逦ｐ逡逑１邋－邋Ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ逦１邋－邋Ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ逡逑图２－３邋ＮＬＲ预测ｒｓ７４５３９２０的ＧＧ基因型及中位生存的受试者工作特征曲线逡逑２０逡逑

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本文编号：2726857