PNPLA3、TM6SF2基因多态性与吸烟、饮酒及交互作用对乙肝病毒相关性肝癌关联性的研究

发布时间：2020-09-09 10:22

　　目的:目前医学认为,癌症的发生和发展是一个复杂的过程,是遗传因素和环境因素及其相互作用产生的结果。含pa t a t in样磷脂酶域3(pa t a t in-l ike phospholipase domain containing 3,PNPLA3)基因的作用是编码一个在肝细胞膜表达的跨膜蛋白,该蛋白具有调节脂质代谢、炎症介质等作用,研究发现该基因与肝脏炎症、肝纤维化进展有关,其位点rs738409与肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)发生的相关性越来越受到重视。6号跨膜超家族2号(transmembrane 6 superfamily member 2,TM6SF2)基因主要编码跨膜蛋白,负责肝脏脂质代谢。一项研究表明其位点rs58542926影响非酒精性脂肪肝患者的肝纤维化程度,与肝硬化的发生有关。目前对TM6SF2基因与HCC关系的相关研究很少。因此本研究的遗传因素选择以上2个基因的rs738409、rs58542926位点。吸烟与饮酒是很多疾病的危险因素,对肝脏疾病的危害更是不容忽视,本研究选择吸烟、饮酒作为环境因素。分析遗传因素、环境因素与乙肝病毒相关性肝癌(hepatitis B virus hepato-cellular carcinoma,HBV-HCC)的关联,以及与乙肝病毒慢性感染不同结局的关系,并探讨两个基因之间及与吸烟、饮酒的交互作用与HBV-HCC的关联性。方法:1候选基因的选取。利用NCBI搜索关键词:single nucleotide polymorphism(单核苷酸多态性,SNP)hepatocellular carcinoma,从得到的文献中,对2014年后的相关英文文献进行查阅,得到相关候选基因PNPLA3、TM6SF2。在Hapmap(http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.en)项目数据库以及Pubmed SNP数据库检索PNPLA3、TM6SF2基因的位点信息,人种选择CHB(中国汉族人群Han Chinese in Beijing,China)。将从Hap Map数据库中下载的PNPLA3基因SNP信息导入Haploview 4.2软件,利用Haploview4.2软件对位点进行筛选,选择MAF(Minor Allele Frequency,最小等位基因频率)10%,r2(连锁不平衡系数)0.8,D’(连锁不平衡程度随距离而改变的程度)=1的位点,并在Pubmed SNP数据库检索TM6SF2基因的位点信息,结合文献资料,最终选定PNPLA3rs738409位点与TM6SF2rs58542926位点。2样本收集选择石家庄市四所三甲医院,共纳入2161人,其中慢性乙肝患者(Chronic hepatitis B,CHB)691人,肝硬化患者(Liver cirrhosis,LC)680人,乙肝病毒相关性肝癌患者(hepatitis B virus hepatocellular carcinoma,HBV-HCC)420人,健康体检者370人,同时获得研究对象的基线资料及临床检查结果。3基因分型从外周血中提取DNA,运用美国SEQUENOM公司Mass Array时间飞行质谱技术进行基因分型,检测候选基因PNPLA3、TM6SF2的两个SNP位点(rs738409、rs58542926)的多态性。PNPLA3rs738409的基因多态性为CC、CG、GG,TM6SF2rs58542926的基因多态性为CC、CT、TT。4统计学处理应用Epidata3.1软件建立数据库,在线SNP stats寻找基因多态性的最优赋值方法,SPSS20.0与SAS9.1进行数据的统计分析;采用拟合优度的χ~2检验进行哈代-温伯格(Hardy-Weinberg,H-W)平衡检验;采用多分类非条件logistic回归分析对疾病的相关基因多态性及吸烟与饮酒进行筛选,采用二分类logistic回归分析、叉生分析探讨基因-基因、基因-环境交互作用。二分类logistic回归入α=0.05,出α=0.10,H-W平衡检验α=0.10,其余α=0.05。结果:1一般情况健康组男性205人,女性165人;CHB组男性466人,女性225人;LC组男性470人,女性210人;HBV-HCC组男性326人,女性94人。进行χ~2检验,χ~2=45.223,P0.001,四组性别构成差异有统计学意义。CHB组和LC组在性别构成上差异无统计学意义(P=0.504),其它任何两组在性别构成上差异均有统计学意义。健康组、CHB、LC、HBV-HCC组男性构成比呈线性上升趋势(χ~2=42.910,P0.001)。健康组年龄中位数为47岁,四分位间距22岁;CHB组分别为39岁和20岁。LC组为52岁和14岁;HBV-HCC组为57岁和12岁。K-W H检验,χ~2=491.55,P0.001,四组人群平均年龄差异有统计学意义。四组间进行两两比较,LC组和HBV-HCC组平均年龄差异没有统计学意义,其余任两组之间平均年龄差异均有统计学意义;2 H-W平衡检验健康者组rs738409、rs58542926位点的基因型频率分布均符合H-W平衡定律,χ~2值分别为1.402、1.546,P值均大于0.10。CHB组rs738409位点的基因型频率分布不符合H-W平衡定律,χ~2=11.980,P0.005。除此以外,其他组两位点均符合H-W平衡检验;3在线模型筛选分析LC+CHB组与HBV-HCC组,rs58542926选择共显性模型,赋值为CC=1,CT=2,TT=3。rs738409按有无突变进行赋值,CC=0,CG/GG=1;4无序多分类logistic回归分析4.1以健康组作为对照:CHB组:年龄每增加1岁,OR=0.951,95%CI(0.941,0.961),P0.001;男性与女性相比,OR=1.679,95%CI(1.241,2.273),P0.001。LC组:年龄每增加1岁,OR=1.034,95%CI(1.022,1.045),P0.001;男性与女性相比,OR=2.278,95%CI(1.684,3.082),P0.001。HBV-HCC组:年龄每增加1岁,OR=1.076,95%CI(1.062,1.091),P0.001;男性与女性相比,OR=3.002,95%CI(2.080,4.331),P0.001;rs58542926每突变一个位点,OR=1.659,95%CI(1.026,2.684),P=0.039。4.2以CHB组作为对照:LC组:年龄每增加1岁,OR=1.087,95%CI(1.076,1.098),P0.001;男性与女性相比,OR=1.356,95%CI(1.029,1.789),P0.001;rs738409CG/GG与CC相比,OR=0.751,95%CI(0.589,0.956),P=0.020。HBV-HCC组:年龄每增加1岁,OR=1.132,95%CI(1.117,1.147),P0.001;男性与女性相比,OR=1.787,95%CI(1.257,2.542),P=0.001;饮酒与不饮酒相比,OR=1.680,95%CI(1.121,2.519),P=0.012。4.3以LC组作为对照:HBV-HCC组:年龄每增加1岁,OR=1.041,95%CI(1.029,1.054),P0.001;饮酒与不饮酒相比,OR=1.539,95%CI(1.071,2.213),P=0.020;吸烟与不吸烟相比,OR=1.453,95%CI(1.005,2.099),P=0.047。5交互作用分析健康者组和HBV-HCC组比较,未发现基因-基因、基因-环境、环境间的相加交互作用。LC+CHB组和HBV-HCC组比较:rs738409与rs58542926存在交互作用,为负交互相加模型,P=0.017。结论:1 CHB、LC、HBV-HCC三组,男性构成比逐渐增大,平均年龄也逐渐增大。2 rs58542926的T突变是HBV-HCC的危险因素,rs738409的G突变是LC的保护因素。CHB为对照,饮酒可能是HBV-HCC的危险因素。以LC为对照,吸烟、饮酒可能是HBV-HCC的危险因素。3乙肝病毒慢性感染后,rs738409与rs58542926都突变时,可能是HBV-HCC的危险因素。
【学位单位】：河北医科大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2016
【中图分类】：R512.62;R735.7
【部分图文】：

位点,交互作用,相型,模型

+LC组与HBV-HCC组比较，rs738409与rs58542926两位点相型交互作用38409 and rs58542926 additive model interaction between CHgroup and HBV-HCC group

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