食管鳞癌特异的超级增强子相关癌基因研究

发布时间：2020-12-26 11:16

　　实验背景:在全部恶性肿瘤中,食管癌的发病率排名第8位,其死亡率排名第6位。在我国,食管鳞癌占食管癌发病总数的90%以上。尽管目前食管鳞癌的分子机制研究已取得了很大进步,食管鳞癌的总体预后仍然很差。超级增强子可以驱动控制细胞身份的基因的表达,在干细胞发育和肿瘤等疾病发生过程中起到重要作用。许多肿瘤细胞的关键致癌基因是由超级增强子驱动的。超级增强子在关键致癌基因的鉴定、疾病关联变异位点的发现等领域显示了巨大的应用潜力。实验目的:借助食管鳞癌超级增强子图谱,寻找和食管鳞癌发病、预后相关的超级增强子相关癌基因。实验方法:获取食管鳞癌细胞系TE7和KYSE510的超级增强子谱,利用本实验室已发表的食管鳞癌mRNA表达数据,分析食管鳞癌特异超级增强子相关基因在肿瘤组织与癌旁组织中的表达情况,筛选出在肿瘤组织与癌旁组织中差异表达的食管鳞癌特异超级增强子相关基因。通过多因素Cox回归分析筛选可预测预后的超级增强子相关基因。实验结果:本实验筛选出食管鳞癌特异超级增强子相关蛋白编码基因共162个。162个基因在肿瘤组织和癌旁组织中的平均表达水平均显著高于非超级增强子相关基因（p<0.001）。在食管... 

【文章来源】：北京协和医学院北京市 211工程院校 985工程院校

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【学位级别】：博士

【部分图文】：

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级增强子的标准认为超级增强子应该满足以下条件：①位于基因组上的ＤＮＡ酶Ｉ??的超敏感位点；②具有和增强子一样的表观标记，即Ｈ３Ｋ４ｍｅｌ、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３和??Ｈ３Ｋ２７ａｃ等；③与转录中介复合物中的蛋白具有高密度的结合［１１］。??具体的鉴定方法为利用染色质免疫共沉淀测序技术（Ｃｈｒｏｍａｔｉｎ??ｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ?ｆｏｌｌｏｗｅｄ?ｂｙ?ｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ＣｈＩＰ－ｓｅｑ）石角定活ｆ生增弓虽??子位点。之后对所得增强子进行缝合。在基因组范围内，如这些单个增强子实体间??距在１２．５ｋｂ范围内，则合并为单个实体，及缝合增强子（Ｓｔｉｔｃｈｅｄ?ｅｎｈａｎｃｅｒ）。最后对??将所有增强子和缝合增强子按照ＣｈＩＰ－ｓｅｑ测得的标记分子信号强度进行排序，绘制??成曲线图。该曲线上斜率为１的切线的切点位置的标记分子信号值为分界线，高??于该值为超级增强子，其余的则称为普通增强子（丁＞＾）＾１６１１１１〇１＾１〇［１２］。２０１３年１＾１＾２??等人进一步分析了增强子的其他分子标记是否能够应用于超级增强子的鉴定，结果??显示Ｈ３Ｋ２７ａｃ为鉴定超级增强子的最佳选择，并在８６种人类细胞中建立了超级增??强子图谱［１３］［１３］。??

图４食管鱗癌超级增强子相关基因显著富集ＧＯ柱状图（生物过程）??Ｇ０：０００５６３４￣ｎｕｃｌｅｕｓ?￡?＿??ＧＯ：（）（）（）５７３７－ｃｖｉｏｐｌａｓｍ??Ｃｊ〇：００７００６２－ｃｘｉｒａｃｃｌｌｕｌａｒ?ｃｘｏｓｏｎｉｃ?＿?ｌｏｇ?ｉｕ（?Ｐ?．ｖ’ａ?ｌｕｅ）??國８??ＧＯ：０（龍Ｈ?６??００：０００５６１５－ｅｘｔｒａｃｃｌｌｕｌａｒ?ｓｐａｃｅ?＾??００：０００５９２５＇?ｆｏｃａｌ?ａｄｈｅｓｉｏｎ?２??Ｇ０：０００５９１３￣ｃｅｌｌ－ｃｅｌｌ?ａｄｈｅｒｅｎｓ?ｊｕｎｃｔｉｏｎ??Ｇ０：０００５７９４？Ｇｏｌｇｉ?ａｐｐａｒａｍｓ??Ｇ０：００４３２３１￣ｉｎｔｒａｃｅｉｌｕｌａｒ?ｍｅｍｂｒａｎｅ－ｂｏｕｎｄｅｄ?ｏｒｇａｎｅｌｌｅ?Ｂ｜Ｂ??Ｇ０：０００９９８６￣ｃｅｉｌ?ｓｕｒｆａｃｅ?－ｆｌＨＨ??．


本文编号：2939591