EHF作为肾透明细胞癌诊断和预后标志物的筛选及验证
发布时间：2021-07-16 20:47
目的:探索肾透明细胞癌（Clear cell renal cell carcinoma,ccRCC）发生发展的关键基因、分子标志物及潜在的治疗药物。方法:从GEO（Gene Expression Omnibus）数据库下载基因芯片数据集GSE68417,利用在线分析工具GEO2R基因差异表达分析,并从TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库下载ccRCC的mRNA表达数据及临床数据,利用R软件edgeR包分析获得差异表达基因;通过Veen运算取得2个数据集差异基因的交集,利用注释数据库、可视化数据库、集成发现数据库对差异基因进行GO/KEGG（Gene Ontology/Kyoto Encyclopedia of genes and Genomes）富集分析,进而来探索差异基因的相关分子通路,再利用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件MCODE插件分析获得蛋白互作网络及关键基因;分析关键基因与生存的相关性后,使用Oncomine数据库及The Human Atlas数据库进行了预后相关的关键基因在mRNA及蛋白层面的表达差异验证;最后使用CMa...
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
鉴别差异表达基因注：A为GSE68417数据集差异表达基因火山图，B为TCGA肾透明细胞癌数据集差异表达基因火山图，C为GSE68417和TCGA差异基因的交集
兰州大学硕士研究生学位论文EHF作为肾透明细胞癌诊断和预后标志物的筛选及验证6图2GO分析和十大重要途径。a.BP分类的10条最重要的途径免疫反应：免疫应答、免疫反应调节、细胞表面受体信号通路、中性粒细胞趋化性、细胞黏附、趋化性、药物代谢过程、细胞对肿瘤坏死因子的反应、细胞增殖的正调控、细胞因子分泌的负调控。b.MF类别10个最有价值的注释：细胞因子活性、G蛋白偶联受体活性、趋化性子活性、序列特异性DNA结合、蛋白质异二聚活性、转录激活剂活性、RNA聚合酶II转录因子活性、化学引诱物的活动、半胱氨酸型内肽酶抑制剂的活性、趋化因子受体的活动。c.CC类别的10大重要条目：高密度脂蛋白颗粒、核小体、膜的组成成分、胶原三聚体、细胞表面、蛋白质细胞外基质、质膜、质膜的组成成分、细胞外间隙、细胞外区。表1KEGG的10大重要途径TermGenesCountP-ValueCytokine-cytokinereceptorinteractionCSF3,CCL3,IL21R,FASLG,IFNW1,CD70,CXCR3,CCL5,CXCL11,CCL4,TNFRSF4,IL10,CCL27,CXCL10,IL12RB2,CCL23,IFNA6,IFNE,IFNG,TNFRSF18,CSF3R,IFNA8,IFNK,CD27,EPO,IL4,IL3,IL2RB,TNFRSF13B,TNFRSF17,EDA2R,CCL4L2,CCL18,INHBB,TNFRSF9,CCR8,AMH,CCR6,TNFSF13B,CCR5,INHBE,CXCL13,BMPR1B,BMP7,EDA,XCL1,XCL2472.73E-06**
兰州大学硕士研究生学位论文EHF作为肾透明细胞癌诊断和预后标志物的筛选及验证8件对网络进行分析得17个子网络，其中14个子网络中存在“seedgene”，故得到14个关键基因。以TCGA数据库来源数据基因表达为判定标准，其中7个上调基因，7个下调基因。结果见图3。图3蛋白互作网络分析及关键基因的筛选（A）DEGs的PPI网络，其中橙色节点表示上调，蓝色节点表示下调基因。（B）MCODE插件分析得到14个seedgene，称为关键基因，图中加粗的基因与预后相关。3.4关键基因与预后的关系对14个关键基因进行K-M生存分析，其中八个基因与预后显著相关（图4）。分别是EHF、ATP6V1C2、GPD1L、DAO、FCER1G、C1QA、FCGR2B和SLC30A2。可用作ccRCC的预后标志物。图4关键基因与预后的关系
【参考文献】：
期刊论文
[1]Epigenomics of clear cell renal cell carcinoma: mechanisms and potential use in molecular pathology[J]. Tianying Xing,Huiying He. Chinese Journal of Cancer Research. 2016(01)
本文编号：3287735
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
鉴别差异表达基因注：A为GSE68417数据集差异表达基因火山图，B为TCGA肾透明细胞癌数据集差异表达基因火山图，C为GSE68417和TCGA差异基因的交集
兰州大学硕士研究生学位论文EHF作为肾透明细胞癌诊断和预后标志物的筛选及验证6图2GO分析和十大重要途径。a.BP分类的10条最重要的途径免疫反应：免疫应答、免疫反应调节、细胞表面受体信号通路、中性粒细胞趋化性、细胞黏附、趋化性、药物代谢过程、细胞对肿瘤坏死因子的反应、细胞增殖的正调控、细胞因子分泌的负调控。b.MF类别10个最有价值的注释：细胞因子活性、G蛋白偶联受体活性、趋化性子活性、序列特异性DNA结合、蛋白质异二聚活性、转录激活剂活性、RNA聚合酶II转录因子活性、化学引诱物的活动、半胱氨酸型内肽酶抑制剂的活性、趋化因子受体的活动。c.CC类别的10大重要条目：高密度脂蛋白颗粒、核小体、膜的组成成分、胶原三聚体、细胞表面、蛋白质细胞外基质、质膜、质膜的组成成分、细胞外间隙、细胞外区。表1KEGG的10大重要途径TermGenesCountP-ValueCytokine-cytokinereceptorinteractionCSF3,CCL3,IL21R,FASLG,IFNW1,CD70,CXCR3,CCL5,CXCL11,CCL4,TNFRSF4,IL10,CCL27,CXCL10,IL12RB2,CCL23,IFNA6,IFNE,IFNG,TNFRSF18,CSF3R,IFNA8,IFNK,CD27,EPO,IL4,IL3,IL2RB,TNFRSF13B,TNFRSF17,EDA2R,CCL4L2,CCL18,INHBB,TNFRSF9,CCR8,AMH,CCR6,TNFSF13B,CCR5,INHBE,CXCL13,BMPR1B,BMP7,EDA,XCL1,XCL2472.73E-06**
兰州大学硕士研究生学位论文EHF作为肾透明细胞癌诊断和预后标志物的筛选及验证8件对网络进行分析得17个子网络，其中14个子网络中存在“seedgene”，故得到14个关键基因。以TCGA数据库来源数据基因表达为判定标准，其中7个上调基因，7个下调基因。结果见图3。图3蛋白互作网络分析及关键基因的筛选（A）DEGs的PPI网络，其中橙色节点表示上调，蓝色节点表示下调基因。（B）MCODE插件分析得到14个seedgene，称为关键基因，图中加粗的基因与预后相关。3.4关键基因与预后的关系对14个关键基因进行K-M生存分析，其中八个基因与预后显著相关（图4）。分别是EHF、ATP6V1C2、GPD1L、DAO、FCER1G、C1QA、FCGR2B和SLC30A2。可用作ccRCC的预后标志物。图4关键基因与预后的关系
【参考文献】：
期刊论文
[1]Epigenomics of clear cell renal cell carcinoma: mechanisms and potential use in molecular pathology[J]. Tianying Xing,Huiying He. Chinese Journal of Cancer Research. 2016(01)
本文编号：3287735
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