环状RNA circ-CCT3在肝细胞癌中的作用及其机制的研究
发布时间：2021-08-26 10:55
背景原发性肝细胞癌（HCC）是最常见的恶性肿瘤之一。目前,肝癌的分子机制尚不清楚。环状RNA（或circ RNA）是一种单链RNA,与众所周知的线性RNA不同,它形成共价闭合的连续环,即在环状RNA中,通常存在于RNA分子中的3’和5’末端连在一起,此功能赋予环状RNA多种特性。最近,环状RNA（circ RNA）的失调已被证明在癌症发生和发展中具有重要的调节作用。然而,大多数circ RNA在肝细胞癌中的作用仍然未知。目的通过环状RNA表达谱芯片分析肝癌和癌旁组织中的差异环状RNA,并寻找在肝细胞癌发生和发展中有意义的circ RNA,探讨其在HCC发生和发展过程中的具体机制,为HCC的诊断和治疗提供新的思路。方法在本研究中,首先,通过circ RNA Microarray分析了6对肝癌与癌旁组织样本。选取在肝癌组织中表达较高的环状RNA进行验证,并在24对肝癌与癌旁组织样品中通过q PCR进行验证上调的circ RNA。通过RNase R消化法、q PCR鉴定上调的circ RNA为环状RNA。采用Kaplan-Meier统计学方法分析circ RNA与HCC生存预后的关系。其次,...
【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：155 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
RNA提取实验流程图
浙江大学博士学位论文第一部分实验结果223实验结果3.1肝癌及癌旁组织的环状RNA表达谱分析为了筛选到在肝癌中有意义的环状RNA,我们选取了6对肝癌及癌旁组织用于环状RNA的表达谱分析，通过差异分析我们发现315个表达上调的环状RNA和113个表达下降的环状RNA（图1-1）。图1-16对肝癌及癌旁组织中环状RNA的表达谱差异分析3.2circ-CCT3（hsa_circ_0004680）在肝癌组织中高表达根据目前对环状RNA的研究，大部分的研究还是针对肿瘤组织中的低表达的环状RNA。为了探索高表达的环状RNA在肝癌中的作用和机制，我们分析了在肝癌组织中的环状RNA情况，发现环状RNA来源于exonic、intronic和intragenic，其中大部分的环状RNA主要是来源于外显子剪切环化而成（图1-2）。在肝癌中高表达组环状RNA中，我们挑选了在肝癌组织中表达量较高的两种环状RNA，分别是hsa_circ_0004680和hsa_circ_0014717，在芯片结果中，它们在肝癌组织中表达丰度较高，因此，我们选取这两个环状RNA作为研究目标。我们通过qPCR实验，对24对肝细胞癌组织和癌旁组织进行分析发现，hsa_circ_0004680在肝癌组织中是高表达，具有统计学差异(图1-3b)。与癌旁组织相比，
浙江大学博士学位论文第一部分实验结果23hsa_circ_0014717在肝癌组织中并没有升高(图1-3a)，因此，我们选择hsa_circ_0004680作为我们后续研究的目标环状RNA分子，并将其命名为circ-CCT3。为了进一步验证circ-CCT3在肝癌组织中的表达情况，我们设计了针对circ-CCT3的FISH探针，结果发现，circ-CCT3在肝癌组织中的表达确实高于癌旁组织（图1-3c）。图1-2测序结果显示，在肝癌组织中高表达的环状RNA来源于外显子、内含子和基因内。图1-3a环状RNAhsa_circ_0014717在肝癌及癌旁组织中的表达没有差异，p=0.2972。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Pro?ling and Validation of the Circular RNA Repertoire in Adult Murine Hearts[J]. Tobias Jakobi,Lisa F.Czaja-Hasse,Richard Reinhardt,Christoph Dieterich. Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2016(04)
[2]Assessment of the correlation between serum prolidase and alpha-fetoprotein levels in patients with hepatocellular carcinoma[J]. Sevil Uygun Ilikhan,Muammer Bilici,Hatice Sahin,Ayse Semra Demir Akca,Murat Can,Ibrahim Ilker Oz,Berrak Guven,M Cagatay Buyukuysal,Yucel Ustundag. World Journal of Gastroenterology. 2015(22)
本文编号：3364111
【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：155 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
RNA提取实验流程图
浙江大学博士学位论文第一部分实验结果223实验结果3.1肝癌及癌旁组织的环状RNA表达谱分析为了筛选到在肝癌中有意义的环状RNA,我们选取了6对肝癌及癌旁组织用于环状RNA的表达谱分析，通过差异分析我们发现315个表达上调的环状RNA和113个表达下降的环状RNA（图1-1）。图1-16对肝癌及癌旁组织中环状RNA的表达谱差异分析3.2circ-CCT3（hsa_circ_0004680）在肝癌组织中高表达根据目前对环状RNA的研究，大部分的研究还是针对肿瘤组织中的低表达的环状RNA。为了探索高表达的环状RNA在肝癌中的作用和机制，我们分析了在肝癌组织中的环状RNA情况，发现环状RNA来源于exonic、intronic和intragenic，其中大部分的环状RNA主要是来源于外显子剪切环化而成（图1-2）。在肝癌中高表达组环状RNA中，我们挑选了在肝癌组织中表达量较高的两种环状RNA，分别是hsa_circ_0004680和hsa_circ_0014717，在芯片结果中，它们在肝癌组织中表达丰度较高，因此，我们选取这两个环状RNA作为研究目标。我们通过qPCR实验，对24对肝细胞癌组织和癌旁组织进行分析发现，hsa_circ_0004680在肝癌组织中是高表达，具有统计学差异(图1-3b)。与癌旁组织相比，
浙江大学博士学位论文第一部分实验结果23hsa_circ_0014717在肝癌组织中并没有升高(图1-3a)，因此，我们选择hsa_circ_0004680作为我们后续研究的目标环状RNA分子，并将其命名为circ-CCT3。为了进一步验证circ-CCT3在肝癌组织中的表达情况，我们设计了针对circ-CCT3的FISH探针，结果发现，circ-CCT3在肝癌组织中的表达确实高于癌旁组织（图1-3c）。图1-2测序结果显示，在肝癌组织中高表达的环状RNA来源于外显子、内含子和基因内。图1-3a环状RNAhsa_circ_0014717在肝癌及癌旁组织中的表达没有差异，p=0.2972。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Pro?ling and Validation of the Circular RNA Repertoire in Adult Murine Hearts[J]. Tobias Jakobi,Lisa F.Czaja-Hasse,Richard Reinhardt,Christoph Dieterich. Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2016(04)
[2]Assessment of the correlation between serum prolidase and alpha-fetoprotein levels in patients with hepatocellular carcinoma[J]. Sevil Uygun Ilikhan,Muammer Bilici,Hatice Sahin,Ayse Semra Demir Akca,Murat Can,Ibrahim Ilker Oz,Berrak Guven,M Cagatay Buyukuysal,Yucel Ustundag. World Journal of Gastroenterology. 2015(22)
本文编号：3364111
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