肺腺癌预后相关甲基化位点的筛选及其功能研究
发布时间：2021-12-17 12:52
目的（1）利用TCGA数据库（The Cancer Genome Atlas,肿瘤基因组图谱数据库）,筛选肺腺癌预后相关的甲基化位点。（2）验证TCGA数据库筛选出的甲基化位点对中国肺腺癌病人预后的影响,评估其对肺腺癌病人预后的预测价值。（3）研究前期筛选出的甲基化位点对肺腺癌模式细胞生长状态以及目的基因表达水平的影响,探索这些甲基化位点影响肺腺癌发生发展的生物学机制。方法（1）基于TCGA数据库筛选肺腺癌预后相关甲基化位点:选取TCGA数据库中肺腺癌病人的临床数据、全基因组甲基化数据和转录组测序数据。首先对癌和癌旁组织中全基因组甲基化位点的甲基化水平进行差异性分析,筛选出癌和癌旁组织中甲基化水平差异显著的甲基化位点,进而采用LASSO COX（Least absolute shrinkage and selection operator COX）回归分析从中筛选出与肺腺癌预后相关的甲基化位点组合（即甲基化signature）,通过甲基化signature结合临床数据构建肺腺癌病人预后预测模型。运用Harrell’s C统计量对该模型的预测效果进行评估。同时,采用相关分析研究甲基化位点...
【文章来源】：华中科技大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：140 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
6例肺腺癌病人癌和癌旁组织中1291个差异甲基化位点热图情况
中 科 技 大 学 博 士 学 位 论调控功能，negative regulation of apoptotic process 等细胞相关功能A-binding region，homeodomain，homeobox 等生物学过程。
图 1-4 1291 个差异甲基化位点所在基因的部分 GO 富集性分析结果表 1-2 1291 个差异甲基化位点所在基因的部分 GO 富集性分析基因功能 N PEATURE DNA-binding region:Homeobox 11 2ORDS Homeobox 12 3 IPR001356:Homeodomain 12 6 IPR009057:Homeodomain-like 13 6SM00389:HOX 12 2 IPR017970:Homeobox, conserved site 10 1ORDS Developmental protein 15 4ORDS DNA-binding。18 4MF_DIRECT GO:0043565~sequence-specific DNA binding 10 1BP_DIRECTGO:0045944~positive regulation of transcription。from RNA polymerase IIpromoter13 1BP_DIRECT GO:0035115~embryonic forelimb morphogenesis 4 1
【参考文献】：
期刊论文
[1]细胞周期相关基因CDKN2A、TP53、RB1和BRCA2在恶性肿瘤中的研究进展[J]. 贺小威,徐玲. 现代肿瘤医学. 2018(01)
[2]基于TCGA数据乳腺癌组织UBE2T表达临床意义分析[J]. 罗何三,吴盛喜,许鸿鹞,黄河澄,林连兴. 中华肿瘤防治杂志. 2017(13)
[3]肺腺癌吸烟相关甲基化模式识别分类模型及特征基因的识别研究[J]. 王世祥,张飞,王玲,宋凯. 中国生物医学工程学报. 2016(03)
[4]DNA低甲基化及其与肿瘤关系的研究进展[J]. 魏绍峰,张爱华. 癌变·畸变·突变. 2016(03)
[5]血清肿瘤标志物联合检测诊断肺癌的临床应用研究[J]. 夏宁,张宇,郝可可,侯志波. 南京医科大学学报(自然科学版). 2015(12)
[6]肺腺癌EGFR与KRAS基因突变状态分析[J]. 张卉,杨新杰,秦娜,李曦,杨惠夷,农靖颖,吕嘉林,吴羽华,张权,张新勇,王敬慧,周立娟,张树才. 中国肺癌杂志. 2015(11)
[7]EGFR-TKI治疗EGFR敏感突变的晚期肺鳞癌的疗效分析[J]. 刘咏梅,赵倩,唐源,张衍,李艳莹,王永生,卢铀. 肿瘤防治研究. 2015(09)
[8]miR-21基因单核苷酸多态性与宫颈癌遗传易感的关联研究[J]. 林碧华,陈婧,方炳雄,余海波,张鑫,周克元. 中华临床医师杂志(电子版). 2015(10)
[9]微小RNA在肺腺癌发生与发展中的研究进展[J]. 方喜生,刘国龙,刘霞. 中华诊断学电子杂志. 2014(03)
[10]中国2010年恶性肿瘤发病与死亡[J]. 陈万青,张思维,曾红梅,郑荣寿,邹小农,赵平,吴良有,李光琳,赫捷. 中国肿瘤. 2014(01)
本文编号：3540161
【文章来源】：华中科技大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：140 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
6例肺腺癌病人癌和癌旁组织中1291个差异甲基化位点热图情况
中 科 技 大 学 博 士 学 位 论调控功能，negative regulation of apoptotic process 等细胞相关功能A-binding region，homeodomain，homeobox 等生物学过程。
图 1-4 1291 个差异甲基化位点所在基因的部分 GO 富集性分析结果表 1-2 1291 个差异甲基化位点所在基因的部分 GO 富集性分析基因功能 N PEATURE DNA-binding region:Homeobox 11 2ORDS Homeobox 12 3 IPR001356:Homeodomain 12 6 IPR009057:Homeodomain-like 13 6SM00389:HOX 12 2 IPR017970:Homeobox, conserved site 10 1ORDS Developmental protein 15 4ORDS DNA-binding。18 4MF_DIRECT GO:0043565~sequence-specific DNA binding 10 1BP_DIRECTGO:0045944~positive regulation of transcription。from RNA polymerase IIpromoter13 1BP_DIRECT GO:0035115~embryonic forelimb morphogenesis 4 1
【参考文献】：
期刊论文
[1]细胞周期相关基因CDKN2A、TP53、RB1和BRCA2在恶性肿瘤中的研究进展[J]. 贺小威,徐玲. 现代肿瘤医学. 2018(01)
[2]基于TCGA数据乳腺癌组织UBE2T表达临床意义分析[J]. 罗何三,吴盛喜,许鸿鹞,黄河澄,林连兴. 中华肿瘤防治杂志. 2017(13)
[3]肺腺癌吸烟相关甲基化模式识别分类模型及特征基因的识别研究[J]. 王世祥,张飞,王玲,宋凯. 中国生物医学工程学报. 2016(03)
[4]DNA低甲基化及其与肿瘤关系的研究进展[J]. 魏绍峰,张爱华. 癌变·畸变·突变. 2016(03)
[5]血清肿瘤标志物联合检测诊断肺癌的临床应用研究[J]. 夏宁,张宇,郝可可,侯志波. 南京医科大学学报(自然科学版). 2015(12)
[6]肺腺癌EGFR与KRAS基因突变状态分析[J]. 张卉,杨新杰,秦娜,李曦,杨惠夷,农靖颖,吕嘉林,吴羽华,张权,张新勇,王敬慧,周立娟,张树才. 中国肺癌杂志. 2015(11)
[7]EGFR-TKI治疗EGFR敏感突变的晚期肺鳞癌的疗效分析[J]. 刘咏梅,赵倩,唐源,张衍,李艳莹,王永生,卢铀. 肿瘤防治研究. 2015(09)
[8]miR-21基因单核苷酸多态性与宫颈癌遗传易感的关联研究[J]. 林碧华,陈婧,方炳雄,余海波,张鑫,周克元. 中华临床医师杂志(电子版). 2015(10)
[9]微小RNA在肺腺癌发生与发展中的研究进展[J]. 方喜生,刘国龙,刘霞. 中华诊断学电子杂志. 2014(03)
[10]中国2010年恶性肿瘤发病与死亡[J]. 陈万青,张思维,曾红梅,郑荣寿,邹小农,赵平,吴良有,李光琳,赫捷. 中国肿瘤. 2014(01)
本文编号：3540161
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