肾透明细胞癌的生物信息学分析及ceRNA调控网络的构建

发布时间：2021-12-27 19:56

　　目的:利用生物信息学方法在TCGA数据库中筛选与肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)具有密切关联的基因及信号通路,分析其生物学功能。构建ccRCC中基于差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA的ceRNA调控网络,探讨调控网络中关键基因表达情况及与患者临床预后之间的关系,分析可能的分子机制,为ccRCC靶向治疗的选择提供理论依据。材料与方法:从TCGA数据库下载ccRCC的转录组数据及其临床随访信息,并将原始数据转换为lncRNA、miRNA、mRNA的基因表达谱矩阵。利用内置“R”的软件包分别提取三种RNA的差异基因,绘制差异基因的火山图。使用STRING 11.0软件构建ccRCC差异mRNA的蛋白质互作网络,筛选出与其它节点关系度最高的前25个基因,分析其生物学功能。对筛选得到的差异mRNA进行GO分析及KEGG通路富集分析,探索其生物学功能、细胞定位及所参与的生物学过程。利用LncBase Predicted v.2数据库下载lncRNA与miRNA相互作用的关系对,在miRWalk网站对差异miRNA的靶基因进行预测,...

【文章来源】： 兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：74 页

【文章目录】：
中文摘要
ABSTRACT
中英文缩略词参照表
第一部分 绪论
    1.1 生物信息学数据库
        1.1.1 肿瘤生物信息学数据库
        1.1.2 TCGA数据库
        1.1.3 GEO数据库
    1.2 CERNA调控网络
        1.2.1 lncRNA
        1.2.2 miRNA
第二部分 基于TCGA数据库筛选肾透明细胞癌关键基因及其功能预测
    2.1 前言
        2.1.1 肾细胞癌研究现状
        2.1.2 基因本体分析及KEGG分析
        2.1.3 蛋白质相互作用网络
    2.2 实验数据和方法
        2.2.1 数据来源
        2.2.2 数据处理
        2.2.3 差异表达基因的筛选
        2.2.4 差异mRNA的 PPI网络构建
        2.2.5 差异mRNA的基因本体分析
        2.2.6 差异mRNA的 KEGG通路富集分析
    2.3 研究结果
        2.3.1 ccRCC三种RNA的提取结果
        2.3.2 ccRCC差异基因的筛选
        2.3.3 基于差异mRNA的 PPI网络分析
        2.3.4 ccRCC差异mRNA的 GO分析结果
        2.3.5 ccRCC差异mRNA的 KEGG分析结果
    2.4 讨论
        2.4.1 ccRCC的关键基因
        2.4.2 ccRCC的主要信号通路
    2.5 结论
第三部分 基于TCGA数据肾透明细胞癌ceRNA网络的构建
    3.1 研究背景
    3.2 数据来源及研究方法
        3.2.1 ccRCC差异RNA的筛选
        3.2.2 ceRNA网络差异RNA的生存预后分析
        3.2.3 ceRNA网络中差异mRNA的表达水平验证
        3.2.4 差异mRNA与 ccRCC患者临床病理特征分析
        3.2.5 差异mRNA在 ccRCC患者组织中的表达水平验证
    3.3 研究结果
        3.3.1 三种差异RNA的比对结果
        3.3.2 肾透明细胞癌ceRNA网络的可视化
        3.3.3 ceRNA网络中差异RNA的生存分析
        3.3.4 ceRNA网络差异mRNA表达水平验证
        3.3.5 差异mRNA与 ccRCC患者临床病理相关性分析
        3.3.6 差异mRNA在 ccRCC患者肾组织中的表达水平验证
    3.4 讨论
        3.4.1 参与肾透明细胞癌ce RNA网络的lncRNA
        3.4.2 参与肾透明细胞癌ce RNA网络的miRNA
        3.4.3 参与肾透明细胞癌ce RNA网络的mRNA
        3.4.4 差异mRNA表达水平相关性分析
    3.5 结论
        3.5.1 主要结论
        3.5.2 研究不足及展望
参考文献
综述
    参考文献
附录
在学期间的研究成果
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]肿瘤数据库系统在肺癌研究中的应用 [J]. 叶万林,卢婉婷,蔡琳,何斐.  中国预防医学杂志. 2019(04)
[2]医疗大数据应用需求分析与平台建设构想 [J]. 汪鹏,吴昊,罗阳,王毅琳,王飞.  中国医院管理. 2015(06)



本文编号：3552631