甲状腺乳头状癌转录组和蛋白组学分析及HLA表位预测
发布时间：2022-01-23 08:57
目的:联合转录组测序（RNA-seq）和质谱分析（MS）分析基因和蛋白的差异表达情况,通过HLA I等位基因检测结合RNA-seq的基因变异、融合基因结果预测并筛选潜在的肿瘤新抗原或抗原表位,为了解甲状腺癌的生物学行为和免疫因素在甲状腺癌发生、进展与诊治中的作用提供实验基础。方法:选取收集病理确诊为PTC的10例患者的癌组织及相应甲状腺组织进行RNA提取、文库构建、后在Ilumina Hiseq平台上进行转录组测序,测序结果通过生物信息学分析出基因变异、融合基因、基因表达量及差异表达情况。对17例PTC患者的癌组织与甲状腺组织进行全蛋白提取、酶解消化、加入重标肽段,后进行数据非依赖采集（DIA）法质谱分析,分析蛋白的表达情况。结合RNA-seq和MS结果,对40例PTC患者的癌组织及相应甲状腺组织进行ANXA1、FN1、PROS1、RAB27A、ETHE1以及COX7A2免疫组化染色和统计分析。通过PCR-SSP检测法、HLAprofiler和OPtiType分析RNA-seq数据得出HLA I等位基因分型,结合RNA-seq所得基因变异、融合基因结果,主要通过pVACtools软件以...
【文章来源】：天津医科大学天津市 211工程院校
【文章页数】：113 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
所有生殖系变异SNP和体细胞突变SNV进行SIFT和PolyPhen功能预测情况
22图 1.2 基因表达水平统计图。该图中，横轴为样品名称，纵轴为 log10FPKM，每个区域的箱线图对应五个统计量（自上而下分别为最大值，上四分位数，中值，下四分位数和最小值），两端实心点表示异常值。由图可知，各样品基因表达水平集中区间、分布趋势差别不大。1.2.7 差异表达基因检测结果以 DEseq2 方法将各样品基因表达水平进行各分组之间的基因差异表达（DEG）分析。差异表达基因定义为 log2FoldChange≥1 或者≤-1，且 Padj≤0.05。Fold Change（FC）为一个基因表达量除以另一基因表达量所得 的值，log2FoldChange≥1 表示前者较后者基因表达上调，≤-1 表示前者较后者基因表达下调。Padj 为经某种统计方法校正过的 P 值，比后者更为严谨、可靠。所有样品
23图 1.3 所有样品癌组织比癌旁组织的差异基因表达情况的火山图，横轴代表 log2差异倍数值，纵轴代表-log10 转换后的显著性值。以|log2FoldChange|≥1， Padj≤0.0表达标准，红色代表相对于甲状腺组织，癌组织上调的 DEG，蓝色代表下调的 DE代表非 DEG。共对 22572 个基因进行了差异表达分析，图中可见癌组织比癌旁组基因有 1464 个，低表达者有 2276 个，表达无明显异常者占 18832 个。Padj≤0.05 的标准下，当差异表达标准为|log2FoldChange|≥2 时，癌组调表达基因 659 个，下调表达者 873 个，总差异表达基因为 1532 个；当达标准为|log2FoldChange|≥4 时，癌组织中上调表达基因 136 个，下调表个，总差异表达基因为 203 个；当差异表达标准为|log2FoldChange|≥6 时织中上调表达基因 32 个，下调表达者 2 个，总差异表达基因为 34 个；当达标准为|log2FoldChange|≥7 时，癌组织中上调表达基因 9 个，下调表达者总差异表达基因为 10 个。表 1.9 列出基因表达上调最显著的 10 个基因（5 个未知基因未列出）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Differential expression of Rab27A/B correlates with clinical outcome in hepatocellular carcinoma[J]. Wei-Wei Dong,Wen-Hua Xiao,Department of Oncology,the First Affiliated Hospital,the General Hospital of Chinese People’s Liberation Army,Beijing 100048,China Quan Mou,Jian Chen,Department of surgery,252 Hospital of Chinese People’s Liberation Army,Baoding 071000,Hebei Province,China Jian-Tao Cui,Wen-Mei Li,Laboratory of Molecular Oncology,Peking University Cancer Hospital/Institute,Beijing 100142,China. World Journal of Gastroenterology. 2012(15)
本文编号：3604019
【文章来源】：天津医科大学天津市 211工程院校
【文章页数】：113 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
所有生殖系变异SNP和体细胞突变SNV进行SIFT和PolyPhen功能预测情况
22图 1.2 基因表达水平统计图。该图中，横轴为样品名称，纵轴为 log10FPKM，每个区域的箱线图对应五个统计量（自上而下分别为最大值，上四分位数，中值，下四分位数和最小值），两端实心点表示异常值。由图可知，各样品基因表达水平集中区间、分布趋势差别不大。1.2.7 差异表达基因检测结果以 DEseq2 方法将各样品基因表达水平进行各分组之间的基因差异表达（DEG）分析。差异表达基因定义为 log2FoldChange≥1 或者≤-1，且 Padj≤0.05。Fold Change（FC）为一个基因表达量除以另一基因表达量所得 的值，log2FoldChange≥1 表示前者较后者基因表达上调，≤-1 表示前者较后者基因表达下调。Padj 为经某种统计方法校正过的 P 值，比后者更为严谨、可靠。所有样品
23图 1.3 所有样品癌组织比癌旁组织的差异基因表达情况的火山图，横轴代表 log2差异倍数值，纵轴代表-log10 转换后的显著性值。以|log2FoldChange|≥1， Padj≤0.0表达标准，红色代表相对于甲状腺组织，癌组织上调的 DEG，蓝色代表下调的 DE代表非 DEG。共对 22572 个基因进行了差异表达分析，图中可见癌组织比癌旁组基因有 1464 个，低表达者有 2276 个，表达无明显异常者占 18832 个。Padj≤0.05 的标准下，当差异表达标准为|log2FoldChange|≥2 时，癌组调表达基因 659 个，下调表达者 873 个，总差异表达基因为 1532 个；当达标准为|log2FoldChange|≥4 时，癌组织中上调表达基因 136 个，下调表个，总差异表达基因为 203 个；当差异表达标准为|log2FoldChange|≥6 时织中上调表达基因 32 个，下调表达者 2 个，总差异表达基因为 34 个；当达标准为|log2FoldChange|≥7 时，癌组织中上调表达基因 9 个，下调表达者总差异表达基因为 10 个。表 1.9 列出基因表达上调最显著的 10 个基因（5 个未知基因未列出）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Differential expression of Rab27A/B correlates with clinical outcome in hepatocellular carcinoma[J]. Wei-Wei Dong,Wen-Hua Xiao,Department of Oncology,the First Affiliated Hospital,the General Hospital of Chinese People’s Liberation Army,Beijing 100048,China Quan Mou,Jian Chen,Department of surgery,252 Hospital of Chinese People’s Liberation Army,Baoding 071000,Hebei Province,China Jian-Tao Cui,Wen-Mei Li,Laboratory of Molecular Oncology,Peking University Cancer Hospital/Institute,Beijing 100142,China. World Journal of Gastroenterology. 2012(15)
本文编号：3604019
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