ASPM、H2AFZ在肝癌组织中的表达及其与肝癌肝移植预后的关系

发布时间：2022-01-25 12:04

　　第一部分肝癌相关基因的生物信息学分析目的:利用生物信息学的技术来分析肝细胞肝癌的转录基因组芯片数据集以寻找出与肝癌发生发展有紧密相关性的关键基因,进而探究出肝癌发生发展的分子机制,以期寻找到可以预测肝癌患者生存的生物标记物,为肝癌的诊断和治疗提供新的方向。方法:通过在GEO数据库中下载的公开发表过的肝癌基因芯片数据集（GSE4520-3921、GSE14520-571、GSE39791、GSE57957、GSE76427）来进行肝癌发生发展的相关数据挖掘分析,应用GE02R程序筛选差异表达的基因,通过DAVID软件来进一步对筛选出的差异表达的基因进行GO功能分析和KEGG信号通路富集分析,最后利用STRING软件对差异基因所编码的蛋白质进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,找到PPI网络中处在关键位置的关键基因,并联合应用TCGA数据库来检验以上关键基因对肝癌患者生存期的影响。结果:通过生信分析我们总共筛选出151个差异表达的基因,这其中有22个差异基因上调表达,有129个差异基因下调表达。GO功能富集分析的结果显示上调差异基因及下调差异基因均在细胞外外泌体功能中富集。KEGG信号通路富... 

【文章来源】：青岛大学山东省

【文章页数】：46 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

差异基因

材料与方法4个、342个、309个、400个。通过Venn软件分别作Venn图取交集，最后我们发现在5个数据集中共同存在的差异基因为151个，其中在5个数据集中均上调表达的差异基因为22个，均下调表达的差异基因为129个（见图1）。上调差异表达基因下调差异表达基因图1差异基因Venn图2.2差异基因的GO功能富集分析及KEGG信号通路富集分析我们选取至少在3个基因芯片数据集中共有的差异表达基因，通过DAVID软件对这些差异表达基因进行GO功能富集分析及KEGG信号通路富集分析。GO功能富集分析结果显示上调表达的差异基因主要富集在细胞外外泌体、细胞液等功能方面，而下调表达的差异基因主要富集在细胞外外泌体、胞外体等方面（见图2）。而KEGG信号通路富集分析结果显示上调表达的差异基因主要富集在细胞周期、PI3K-AKT信号通路、ECM受体相互作用等通路，下调表达的差异基因主要分布在代谢通路等方面（见图3）。图2GO功能分析

材料与方法4个、342个、309个、400个。通过Venn软件分别作Venn图取交集，最后我们发现在5个数据集中共同存在的差异基因为151个，其中在5个数据集中均上调表达的差异基因为22个，均下调表达的差异基因为129个（见图1）。上调差异表达基因下调差异表达基因图1差异基因Venn图2.2差异基因的GO功能富集分析及KEGG信号通路富集分析我们选取至少在3个基因芯片数据集中共有的差异表达基因，通过DAVID软件对这些差异表达基因进行GO功能富集分析及KEGG信号通路富集分析。GO功能富集分析结果显示上调表达的差异基因主要富集在细胞外外泌体、细胞液等功能方面，而下调表达的差异基因主要富集在细胞外外泌体、胞外体等方面（见图2）。而KEGG信号通路富集分析结果显示上调表达的差异基因主要富集在细胞周期、PI3K-AKT信号通路、ECM受体相互作用等通路，下调表达的差异基因主要分布在代谢通路等方面（见图3）。图2GO功能分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]癌症早期筛查与过度诊断[J]. 刘昊,牛明玥,杨晨曦.  医学与哲学. 2020(01)
[2]中国肝癌肝移植现状及展望[J]. 王征,周俭.  实用器官移植电子杂志. 2019(01)
[3]肝癌肝移植术后复发转移的防治与评估[J]. 刘子荣,张雅敏.  中华肝胆外科杂志. 2018 (06)
[4]细胞外基质蛋白SRPX2促进HUVECs血管生成能力[J]. 樊江浩,刘揆亮,周跃,吴静.  基础医学与临床. 2015(10)
[5]人大肠癌癌旁不同部位组织细胞外基质分子和细胞极性分子表达差异比较[J]. 刘红,文彬,陈丹,刘金元,胡丰良.  世界华人消化杂志. 2015(01)
[6]免疫组织化学反应结果的判断标准[J]. 许良中,杨文涛.  中国癌症杂志. 1996(04)



本文编号：3608504