基于泛癌分析的microRNA-mRNA调控机制的研究

发布时间：2022-02-05 02:28

　　Micro RNA（mi RNA）是一类长度约为22个核苷酸的小分子非编码RNA。研究表明,mi RNA与细胞生长、分化、增殖和凋亡等过程密切相关。并且,mi RNA能够在转录后水平上调控基因表达,在肿瘤的发生发展中发挥着重要作用。目前,癌症mi RNA-m RNA调控机制的研究主要通过生物学实验以及生物信息学方法预测。但是,相关研究主要以单个癌症为主,基于泛癌分析的mi RNA-m RNA调控机制研究尚不多见。本课题以乳腺癌、肾透明细胞癌、肺腺癌等十种常见癌症为切入点,从mi RNA生物标志物及其靶基因的调控关系角度,探究不同癌症中mi RNAm RNA作用模式与癌症发病机制的关系。方法上,通过癌症mi RNA/m RNA表达谱数据收集、mi RNA标志物的生物信息学识别、靶基因预测、信号通路富集分析等,重点研究不同癌症中的mi RNA生物标志物及mi RNA-m RNA调控模式。首先,筛选每种癌症中差异表达的mi RNA/m RNA,并利用课题组已有的预测模型Mi RNA-BD,分别预测十种癌症的mi RNA生物标志物。通过模型得到的癌症相关mi RNA-m RNA调控网络,寻找m... 

【文章来源】：苏州大学江苏省211工程院校

【文章页数】：79 页

【学位级别】：硕士

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候选miRNA生物标志物文献报道比例

图 3.2 未报道的 miRNA 生物标志物的 ROC 曲线。其中，每一个小图表示，候选 miRNA 生物标志物在不同癌症中的 ROC 曲线，并以不同的颜色区分（红色、绿色、黑色）不同数据集的情况。蓝色线表示 AUC 值为 0.5。本节通过文献验证、ROC 曲线两方面验证了候选 miRNA 生物标志物的可靠性。我们发现，由 miRNA/mRNA 两类数据共同预测的 miRNA 生物标志物共 75 个，其中61 个 miRNA 生物标志物被已有研究报道，在相关癌症中可作为潜在的 miRNA 生物标志物。在这 75 个癌症候选 miRNA 生物标志物中，文献未报道的 miRNA 生物标志物的 AUC > 0.7 的比例为 85.7%，文献已报道的 miRNA 生物标志物的 AUC > 0.7 的比例为85.2%。这两方面表明，在利用miRNA/mRNA数据同时预测候选癌症的miRNA生物标志物时，模型具有更高的可信度。

【参考文献】：
期刊论文
[1]肿瘤基因组图谱泛癌分析计划[J]. 张坤,王红.  中国肺癌杂志. 2015(04)
[2]MicroRNA-mRNA functional pairs for cisplatin resistance in ovarian cancer cells[J]. Mei Liu,Xin Zhang,Chen-Fei Hu,Qing Xu,Hong-Xia Zhu,Ning-Zhi Xu.  Chinese Journal of Cancer. 2014(06)

硕士论文
[1]MicroRNA生物标志物识别的模型构建[D]. 林宇鑫.苏州大学 2016



本文编号：3614395