CCL18介导的非小细胞肺癌细胞磷酸化谱的蛋白质组学分析
发布时间：2022-02-13 19:19
肿瘤微环境调节肿瘤的生长、侵袭和转移。肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在多种肿瘤中广泛存在,是肿瘤微环境的重要组成部分。TAM对肿瘤组织的浸润与多种恶性肿瘤患者的不良预后存在关联。TAM来源于血液单核细胞,它们被细胞因子和趋化因子诱导分化。趋化因子CCL18由M2型TAM分泌。在乳腺癌中,CCL18能与其受体PITPNM3作用和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子（CM-CSF）共同招募TAM,形成正反馈,促进肿瘤转移。CCL18在多种恶性肿瘤中异常表达,可作为其早期筛查指标和预后标志物。但是CCL18介导非小细胞肺癌进展的机制仍然缺乏深入研究。本研究以非小细胞肺癌细胞系A549为载体,从表观遗传修饰的角度,通过稳定同位素标记氨基酸细胞培养（SILAC）技术,联合液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）,结合生物信息学方法,分析CCL18介导的磷酸化蛋白质组。我们鉴定出了3904个蛋白质及其11628个磷酸化位点,对其中2408个蛋白质中的7582个磷酸化位点进行定量分析,当定量比大于2或小于0.5的蛋白质被认为是有显著变化的。与对照组相比,在定量的蛋白质中,412种蛋白质中的603个磷酸化位点被上调,...
【文章来源】：安徽医科大学安徽省
【文章页数】：60 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
LC-MS/MS检测所得磷酸化肽段与位点整体信息
安徽医科大学硕士学位论文19图2：差异表达磷酸化位点的特定基序分析。对于肽段的每个位置，采用双尾Fisher精确（概率）检验来测定氨基酸发生频率的富集。Fig2:Motifanalysisofallthephosphorylatedsites.Foreachpositionofpeptide,atwo-tailedFisher’sexacttestwasemployedtotesttheenrichmentoffrequenciesaminoacidoccur.3.4磷酸化蛋白质的GO分析GO分析包括三个领域，亚细胞定位分析、生物过程分析与分子功能分析。亚细胞定位，也称为细胞组分，表示细胞内某个较大物体的一部分，可以是解剖结构，如粗面内质网或细胞核，或者是基因产物，如核糖体，蛋白酶体或蛋白质二聚体。使用WoLFPSORT在线数据库对筛选出来的定量的差异磷酸化蛋白进行亚细胞定位预测，GO数据库对筛选出来的磷酸化蛋白质进行亚细胞定位富集分析。分析结果显示，CCL18处理后上调的磷酸化蛋白质，有64%定位于细胞核，17%定位于细胞质，7%定位于质膜，剩下的定位于线粒体、内质网等（图3-1-A）。CCL18处理后下调的磷酸化蛋白质，50%定位于细胞核，21%定位于细胞质，15%定位于质膜，其余定位于细胞外基质、线粒体等（图3-1-B）。我们发现不论是上调还是下调的
安徽医科大学硕士学位论文20磷酸化蛋白质，其主要定位皆于细胞核，位于细胞核的差异表达蛋白可能与细胞内蛋白质的生成相关。定位于细胞质，质膜，细胞质基质的差异表达蛋白质可能是非小细胞肺癌分泌的一些分泌蛋白，参与肿瘤微环境的形成。图3-1：上调(A)或下调(B)磷酸化蛋白的亚细胞定位。Fig3-1:Thesubcellularlocationofup-regulated(A)anddown-regulated(B)proteins.生物过程是由一个或多个分子功能的有序组装完成的一系列事件。与分子功能的主要区别在于生物过程必须有多个不同的步骤构成。使用GO数据库对筛选出来的3904个差异磷酸化蛋白质进行蛋白质生物功能注释。生物过程分析显示（图3-2），CCL18介导的上调的蛋白质磷酸化修饰主要参与细胞过程、单有机物过程、生物调节、代谢过程、应激反应、多细胞生物过程、发育过程等。这些生物过程与蛋白质复合物合成、细胞骨架组织、细胞成分生成、rRNA代谢过程、rRNA加工、细胞因子介导的信号通路、葡萄糖转运、己糖转运、DNA代谢过程、单糖转运、细胞成分的负调控、核糖体生成等密切相关。CCL18介导的下调的蛋白质磷酸化修饰主要参与细胞过程、单有机物过程、生物调节、代谢过程等过程，这些生物过程与转运、细胞内转运、单有机物转运、细胞质转运、蛋白质转运等密切相关。分子功能描述的是在分子水平上发生的活性，例如催化或结合活性。GO分析中的分子功能代表的是活动，而不是执行动作的实体（分子或复合物），并且未指定动作发生的地点或时间或背景。对A549细胞中筛选到的定量的差异磷酸化的
【参考文献】：
期刊论文
[1]The incidences and mortalities of major cancers in China, 2010[J]. Wan-Qing Chen,Rong-Shou Zheng,Si-Wei Zhang,Hong-Mei Zeng,Xiao-Nong Zou. Chinese Journal of Cancer. 2014(08)
本文编号：3623771
【文章来源】：安徽医科大学安徽省
【文章页数】：60 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
LC-MS/MS检测所得磷酸化肽段与位点整体信息
安徽医科大学硕士学位论文19图2：差异表达磷酸化位点的特定基序分析。对于肽段的每个位置，采用双尾Fisher精确（概率）检验来测定氨基酸发生频率的富集。Fig2:Motifanalysisofallthephosphorylatedsites.Foreachpositionofpeptide,atwo-tailedFisher’sexacttestwasemployedtotesttheenrichmentoffrequenciesaminoacidoccur.3.4磷酸化蛋白质的GO分析GO分析包括三个领域，亚细胞定位分析、生物过程分析与分子功能分析。亚细胞定位，也称为细胞组分，表示细胞内某个较大物体的一部分，可以是解剖结构，如粗面内质网或细胞核，或者是基因产物，如核糖体，蛋白酶体或蛋白质二聚体。使用WoLFPSORT在线数据库对筛选出来的定量的差异磷酸化蛋白进行亚细胞定位预测，GO数据库对筛选出来的磷酸化蛋白质进行亚细胞定位富集分析。分析结果显示，CCL18处理后上调的磷酸化蛋白质，有64%定位于细胞核，17%定位于细胞质，7%定位于质膜，剩下的定位于线粒体、内质网等（图3-1-A）。CCL18处理后下调的磷酸化蛋白质，50%定位于细胞核，21%定位于细胞质，15%定位于质膜，其余定位于细胞外基质、线粒体等（图3-1-B）。我们发现不论是上调还是下调的
安徽医科大学硕士学位论文20磷酸化蛋白质，其主要定位皆于细胞核，位于细胞核的差异表达蛋白可能与细胞内蛋白质的生成相关。定位于细胞质，质膜，细胞质基质的差异表达蛋白质可能是非小细胞肺癌分泌的一些分泌蛋白，参与肿瘤微环境的形成。图3-1：上调(A)或下调(B)磷酸化蛋白的亚细胞定位。Fig3-1:Thesubcellularlocationofup-regulated(A)anddown-regulated(B)proteins.生物过程是由一个或多个分子功能的有序组装完成的一系列事件。与分子功能的主要区别在于生物过程必须有多个不同的步骤构成。使用GO数据库对筛选出来的3904个差异磷酸化蛋白质进行蛋白质生物功能注释。生物过程分析显示（图3-2），CCL18介导的上调的蛋白质磷酸化修饰主要参与细胞过程、单有机物过程、生物调节、代谢过程、应激反应、多细胞生物过程、发育过程等。这些生物过程与蛋白质复合物合成、细胞骨架组织、细胞成分生成、rRNA代谢过程、rRNA加工、细胞因子介导的信号通路、葡萄糖转运、己糖转运、DNA代谢过程、单糖转运、细胞成分的负调控、核糖体生成等密切相关。CCL18介导的下调的蛋白质磷酸化修饰主要参与细胞过程、单有机物过程、生物调节、代谢过程等过程，这些生物过程与转运、细胞内转运、单有机物转运、细胞质转运、蛋白质转运等密切相关。分子功能描述的是在分子水平上发生的活性，例如催化或结合活性。GO分析中的分子功能代表的是活动，而不是执行动作的实体（分子或复合物），并且未指定动作发生的地点或时间或背景。对A549细胞中筛选到的定量的差异磷酸化的
【参考文献】：
期刊论文
[1]The incidences and mortalities of major cancers in China, 2010[J]. Wan-Qing Chen,Rong-Shou Zheng,Si-Wei Zhang,Hong-Mei Zeng,Xiao-Nong Zou. Chinese Journal of Cancer. 2014(08)
本文编号：3623771
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