抑制BHK21细胞STYK1/NOK基因的转录组分析

发布时间：2023-04-02 09:59

　　目的转录组分析抑制丝氨酸-苏氨酸-酪氨酸激酶1(STYK1/NOK)后仓鼠肾正常细胞BHK21的基因表达,并分析其可能作用的信号通路。方法 BHK21细胞分为空载体组(转染6μg空载体pBs/U6)、低转染浓度组(2μg si-STYK1/NOK质粒+4μg空载体p Bs/U6)和高转染浓度组(6μg si-STYK1/NOK质粒)。转染48 h后,Western blot检测STYK1/NOK蛋白表达,基于检测结果,选取空载体组和高转染浓度组提取总RNA进行转录组测序。将测序所得的序列进行过滤比对,获得差异表达基因后,应用R软件进行生物功能(GO)分析和KEGG信号通路分析。应用STRING蛋白质互作数据库中的互作关系进行差异基因蛋白互作网络的分析。采用qRT-PCR验证关键差异表达基因亚甲基四氢叶酸脱氢酶2(Mthfd2)、转录激活因子5(Atf5),ⅡA分泌型磷脂酶A2(Pla2g2a)、6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-双磷酸酶3(Pfkfb3)的表达。CCK-8法检测空载体组和高转染浓度组细胞增殖情况。结果 Western blot结果表明高转染浓度组明显抑制STYK1/...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1细胞及试剂
    1.2方法
        1.2.1细胞瞬时转染及鉴定
        1.2.2转录组测序
        1.2.3测序结果分析
        1.2.4实时定量基因扩增荧光（q RT-PCR）验证差异表达基因
        1.2.5CCK-8法检测细胞增殖
        1.3统计学方法
2 结果
    2.1 si-RNA可抑制BHK21细胞STYK1/NOK蛋白表达
    2.2 差异表达基因分析
    2.3 差异表达基因GO功能和KEGG通路分析
    2.4 蛋白互作网络分析
    2.5 q RT-PCR验证差异表达基因
    2.6 2组细胞增殖情况分析
3 讨论



本文编号：3779023