利用CRISPR/Cas9文库和RNA-Seq技术筛选口腔鳞状细胞癌顺铂耐药相关基因

发布时间：2023-06-17 22:35

　　研究目的根据CRISPR-Cas9文库筛选方法,利用人类Gec KOv2(A)文库在CAL27细胞上进行全基因组顺铂耐药基因筛选。同时,用体外药物浓度递增法筛选培养出一株对顺铂耐药的CAL27/Cisplatin细胞,检测分析CAL27/Cisplatin和CAL27细胞在正常培养状态下和顺铂处理后各组细胞中mRNA表达谱差异。将CRISPR/Cas9文库高通量筛选数据与转录组测序数据进行联合生物信息学分析,最终筛选出在CAL27细胞顺铂耐药机制中起重要作用的关键基因,并初步验证其相关功能和机制,为后续进一步研究人口腔鳞状细胞癌(Oral Squamous Cell Carcinoma,OSCC)顺铂耐药机制及开发顺铂耐药逆转药物提供重要依据。研究方法1、将携带嘌呤霉素抗性的人类Gec KOv2(A)文库病毒感染CAL27细胞,嘌呤霉素抗性选择感染阳性细胞获得稳转细胞。再分别给予溶剂DMSO和药物顺铂进行阳性筛选,提取存活细胞的g DNA。PCR扩增包含g RNA的目的片段,高通量测序各组g RNA丰度变化,生物信息学分析确定具有显著差异的CAL27细胞顺铂耐药相关基因。2、体外药物浓...

【文章页数】：93 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
中、英文缩略词表
前言
第一部分 全基因组CRISPR/Cas9 筛选OSCC顺铂耐药相关基因
    引言
    材料与方法
        一、实验材料
        二、实验方法
    实验结果
        一、CAL27细胞为顺铂敏感细胞
        二、2μMDDP为适宜顺铂阳性筛选浓度
        三、6对PCR扩增反应引物符合实验要求
        四、6组样本PCR扩增产物定量混合比例确定
        五、6组样本PCR扩增反应产物质检符合建库测序要求
        六、gRNA测序数据分布与序列组成
        七、测序数据质控合格
        八、测序数据定量分析结果
        九、测序数据差异分析结果
    讨论
    结论
第二部分 顺铂耐药CAL27/Cisplatin细胞株的筛选培养及转录组测序分析
    引言
    材料与方法
        一、实验材料
        二、实验方法
    实验结果
        一、顺铂耐药CAL27/cisplatin细胞株筛选培养成功
        二、细胞样本提取的RNA质控合格
        三、测序数据质控合格
        四、测序数据定量分析结果
        五、测序数据差异分析结果
        六、CRISPR/Cas9 文库高通量筛选数据与RNA-Seq筛选数据联合分析结果
    讨论
    结论
第三部分 IRF7在CAL27 细胞顺铂耐药中的作用及相关功能初步研究
    引言
    材料与方法
        一、实验材料
        二、实验方法
    实验结果
        一、sh-IRF7-2敲减效率最高
        二、敲减IRF7 表达降低顺铂对CAL27 细胞抑制率
        三、敲减IRF7 表达降低顺铂处理后CAL27 细胞凋亡率
        四、敲减IRF7 表达能降低CAL27 裸鼠移植瘤对顺铂敏感性
    讨论
    结论
全文结论
参考文献
综述 顺铂化疗耐药分子机制研究进展
    参考文献
在校期间发表论文和参加科研工作情况
致谢



本文编号：3834273