探索乳腺癌细胞系中曲妥珠单抗耐药相关的生物标志物

发布时间：2017-06-21 18:18

  本文关键词：探索乳腺癌细胞系中曲妥珠单抗耐药相关的生物标志物，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：乳腺癌在全球女性人群的发病率和死亡率和其他恶性肿瘤相比均居首位,二十世纪80年代以来乳腺癌的死亡率逐年稳步下降得益于早期诊断和治疗手段的进步。其中,针对EGFR家族蛋白HER2的曲妥珠单抗(Trastuzumab),有着里程碑式的意义。然而随着曲妥珠单抗应用的普及,对曲妥珠单抗耐药的处理也越发棘手。人们希望可以找到一些生物学标记物来预测曲妥珠单抗治疗是否会成功。目前研究的一系列曲妥珠单抗耐药相关的生物标志物大多都从曲妥珠单抗的作用机理角度出发,但经过临床验证的并不多。本实验研究希望通过公共数据库中的临床资料,结合自己构建的曲妥珠单抗耐药模型,探索更有效地筛查曲妥珠单抗耐药相关生物学标记物的可能性。本实验通过对耐药细胞株的高通量转录组测序,结合TCGA表达谱数据库的共表达聚类分析,得到一系列潜在的有功能差异表达基因,并从中成功地发现KLK10可作为曲妥珠单抗耐药相关的生物标志物,并进一步验证了KLK10可能逆转曲妥珠单抗耐药的潜在靶点。因此,本研究结果为寻找有效的曲妥珠单抗耐药预测标记物和治疗靶点提供了新的思路和线索。
【关键词】：曲妥珠单抗耐药 生物标志物 转录组测序 共表达分析 KLK10
【学位授予单位】：浙江大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R737.9
【目录】：

• 致谢4-5
• 摘要5-6
• Abstract6-8
• 缩写、术语表8-12
• 1. 引言12-15
• 1.1. 实验背景与实验目的12-14
• 1.2. 实验设计14-15
• 1.2.1. 构建曲妥珠单抗耐药细胞模型14
• 1.2.2. 表达谱分析14
• 1.2.3. 共表达分析14-15
• 2. 实验材料与方法15-29
• 2.1. 构建曲妥珠单抗耐药细胞模型15-19
• 2.1.1. 曲妥珠单抗耐药细胞模型构建15-16
• 2.1.2. 曲妥珠单抗耐药细胞模型的评估16-19
• 2.1.2.1. 光学显微镜观察16
• 2.1.2.2. 细胞增殖活性测定16-17
• 2.1.2.3. 细胞凋亡率测定17-18
• 2.1.2.4. 细胞周期测定18-19
• 2.2. 表达谱分析19-24
• 2.2.1. 全转录组基因测序19-20
• 2.2.2. 表达谱数据与已知基因组的比对20-21
• 2.2.3. 基因注释和差异表达分析21-24
• 2.2.3.1. 获取经过注释的差异表达数据21
• 2.2.3.2. 测序和差异表达分析准确性验证21-23
• 2.2.3.3. 代表性功能基因分析23-24
• 2.3. 共表达分析24-29
• 2.3.1. TCGA数据库的共表达分析24-25
• 2.3.1.1. 下载和整理TCGA数据24
• 2.3.1.2. 选取数据集进行共表达聚类24-25
• 2.3.2. 共表达分析结合耐药细胞表达谱分析25
• 2.3.3. 探索个别基因作为生物标志物和治疗靶点的可能性25-29
• 2.3.3.1. 差异表达验证25-26
• 2.3.3.2. siRNA干扰表达下细胞增殖活性测定26
• 2.3.3.3. siRNA干扰表达下细胞周期改变测定26-27
• 2.3.3.4. 通过细胞周期相关标记分子测定siRNA干扰表达下曲妥珠单抗抑制率改变27-28
• 2.3.3.5. TCGA生存分析28-29
• 3. 实验结果与讨论29-46
• 3.1. 构建曲妥珠单抗耐药细胞模型29-33
• 3.1.1. 曲妥珠单抗耐药细胞模型构建29
• 3.1.2. 曲妥珠单抗耐药细胞模型的评估29-32
• 3.1.2.1. 光学显微镜观察29-30
• 3.1.2.2. 细胞增殖活性测定30-31
• 3.1.2.3. 细胞凋亡率测定31-32
• 3.1.2.4. 细胞周期测定32
• 3.1.3. 讨论32-33
• 3.2. 表达谱分析33-38
• 3.2.1. 全转录组基因测序33
• 3.2.2. 表达谱数据分析33-38
• 3.2.2.1. 表达谱数据与已知基因组的比对33-34
• 3.2.2.2. 基因注释和差异表达分析34-36
• 3.2.2.3. 代表性功能基因分析36-38
• 3.2.3. 讨论38
• 3.3. 共表达分析38-46
• 3.3.1. TCGA数据库的共表达分析38-39
• 3.3.1.1. 下载和整理TCGA数据38-39
• 3.3.1.2. 选取数据集进行共表达聚类39
• 3.3.2. 共表达分析结合耐药细胞表达谱分析39-40
• 3.3.3. 探索个别基因作为生物标志物和治疗靶点的可能性40-44
• 3.3.3.1. 差异表达验证40-41
• 3.3.3.2. siRNA干扰表达下细胞增殖活性测定41-42
• 3.3.3.3. siRNA干扰表达下细胞周期改变测定42-43
• 3.3.3.4. 通过细胞周期相关标记分子测定siRNA干扰表达下曲妥珠单抗抑制率改变43-44
• 3.3.3.5. TCGA生存分析44
• 3.3.4. 讨论44-46
• 结论46-47
• 参考文献47-53
• 综述53-61
• 参考文献57-61
• 作者简介61

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 ;Expression and functional characterization of platelet-derived growth factor receptor-like gene[J];World Journal of Gastroenterology;2010年12期

  本文关键词：探索乳腺癌细胞系中曲妥珠单抗耐药相关的生物标志物，由笔耕文化传播整理发布。

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本文编号：469555