长链非编码RNA在丙型肝炎病毒相关性异型增生及肝细胞性肝癌中的表达谱研究

发布时间：2017-07-30 10:14

  本文关键词：长链非编码RNA在丙型肝炎病毒相关性异型增生及肝细胞性肝癌中的表达谱研究

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【摘要】：研究背景肝细胞性肝癌(肝癌)是世界范围内发病率较高的癌症之一,同时也是第二大癌症相关的死亡因素。肝癌发病过程中的主要危险因素包括乙型肝炎病毒或丙型肝炎病毒导致的慢性肝脏损伤以及长期暴露于致癌因素,比如黄曲霉素B1等。近年来,研究发现长链非编码RNA (lncRNAs)在基因表达中扮演重要调节作用,并且在癌症的发生进展中起着重大作用。大量研究已经证实了lncRNAs在乙型肝炎病毒相关肝癌中的重要作用。但是,在丙型肝炎病毒相关肝癌中对lncRNAs的功能作用仍然知之甚少。在这里,通过基因芯片获得的基因表达数据,我们比较了75例来自多个不同阶段的丙型肝炎病毒相关肝癌的样本,对其进行了lncRNAs表达谱研究。材料与方法本研究中所使用的基因芯片数据主要来源于HG-U133A Plus 2.0版本,芯片数据显示了75例样本的基因表达,包括10例正常肝脏样本,13例肝硬化样本,17例异型增生结节样本以及35例肝细胞性肝癌组织样本。65对冻存的肝细胞性肝癌组织及配对的癌旁组织随机抽取于在北京协和医院做过肝脏切除手术的病人。这部分患者当中有50人感染乙肝,15人感染丙肝。我们用这些样本来对候选lncRNAs进行实时定量RCR (real-time PCR)分析,ncFANs数据库用来再分析芯片数据中编码RNA以及非编码RNA的水平。长链非编码RNA的相对表达水平通过CT值来进行比较,对于其对应的靶基因通过DAVID进行功能富集。来自于75例样本的基因表达信息通过ncFANs数据库来建立蛋白编码基因与非编码基因相互作用的调控网络。结果我们发现在癌前病变及肝癌样本中有7条长链非编码RNA的表达水平有很大差异。在这些差异表达的长链非编码RNA中,LINC01419在早期阶段HCC的表达水平要高于异型增生组织,同时,与早期阶段HCC相比,lncRNA AK021443水平在进展期HCC中更高,lncRNA AF070632的水平在进展期HCC中是低表达的。在进行定量PCR的验证后发现,与匹配的癌旁组织相比,HBV及HCV相关的HCC组织中LINC01419的水平显著增高。另外,功能预测的结果提示LINC01419和AK021443属于调控细胞周期的基因,而AF070632与辅因子结合、氧化还原以及羧酸分解代谢等过程相关。结论这些结果第一次通过大规模的研究给我们提供了在HCV相关肝癌中与肝癌发生、发展密切相关的长链非编码RNA,同时可能提供一种新型的生物标记物,以及作为HCV相关HCC的治疗靶点。
【关键词】：长链非编码RNA 丙型肝炎病毒相关肝癌 肝癌发生 生物标志物
【学位授予单位】：北京协和医学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R735.7
【目录】：

• 中文摘要4-6
• 英文摘要6-9
• 第一章 前言9-11
• 第二章 材料与方法11-19
• 2.1 芯片数据信息以及计算过程11
• 2.2 再利用芯片数据来分析蛋白编码基因和lncRNA的表达11-12
• 2.3 研究对象12
• 2.4 实验材料12-14
• 2.5 实验方法14-17
• 2.6 蛋白编码基因的功能富集分析17
• 2.7 lncRNA的功能分析17-19
• 第三章 结果19-25
• 3.1 HCV诱导的异型增生结节及肝细胞性肝癌的转录组分析19-21
• 3.2 HCC中异常表达的lncRNA21-23
• 3.3 lncRNA功能的预测23-25
• 第四章 讨论25-27
• 第五章 结论27-28
• 参考文献28-33
• 论文综述33-53
• 参考文献42-53
• 附录A 缩略词表53-54
• 附录B 基于模块分析的LINC01419和AK021443功能富集结果54-64
• 附录C 以AF070632为中心的子网络功能富集结果64-66
• 附录D 个人简历及硕士期间发表的论文66-68
• 致谢68-71
• 说明71-73

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本文编号：593706