广州市环境污水中诺如病毒的分子流行病学研究

发布时间：2021-10-15 05:00

　　目的通过结合高通量测序技术和生物信息学分析,阐明广州市2013-2018年环境污水中诺如病毒（Norovirus,NoV）GI、GII组中各基因型别的分布情况及其动态变化特征。此外,将其与广东省NoV疫情流行病学数据及序列进化特征相结合,探索环境污水的NoV监测在疫情预警和防控中的作用。方法选取广州市猎德污水处理厂作为采样点,采用定时采样法,在2013年1月至2018年8月每月中旬采集4份污水样本。对样本进行病毒浓缩富集后,提取病毒核酸。首先应用实时荧光PCR法检测环境污水中GI、GII组NoV总体分布情况;然后将每月4份病毒核酸按1:1:1:1比例混合成1份,利用相应引物对其应用巢式PCR法进行扩增;经鉴定、纯化后,采用高通量测序平台进行测序。利用DNASTAR软件进行同源性分析,计算序列间核苷酸和氨基酸同源性。然后以GenBank下载的GII.4型、GII.17型和GII.2型主要流行变异株作为参考序列,与污水中序列共同构建系统进化树。结果1.诺如病毒GI、GII组总体检出情况2013年1月-2018年8月共采集污水样本272份,NoV GII组（90.07%）检出率高于GI组（6... 

【文章来源】：广东药科大学广东省

【文章页数】：68 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

研究技术路线图

013-2018年环境污水中NoVGI基因型年份分布情况

013-2018年环境污水中NoVGII基因型年份分布情况


本文编号：3437466