假黄单胞菌株J1的筛选及木质纤维素降解基因的生物信息学分析

发布时间：2017-11-25 03:00

  本文关键词：假黄单胞菌株J1的筛选及木质纤维素降解基因的生物信息学分析

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【摘要】：[目的]本研究旨在发掘木质纤维素降解菌种资源,并寻找木质纤维素降解关键酶基因和代谢通路。[方法]以纤维素为唯一碳源,从土壤、腐叶混合物中分离出27株具有纤维素降解能力的细菌。通过测定纤维素酶活力,将降解效果最优菌株进行全基因组测序。通过与同属细菌的全基因组序列的比对构建贝叶斯树。[结果]菌株J1内切纤维素酶、滤纸酶和β-葡萄糖苷酶活力峰值分别为0.39、0.18和0.11 IU·m L~(-1),并将菌株J1鉴定为假黄单胞菌(Pseudoxanthomonas sp.)。Clusters of Orthologous Groups(COG)和Carbohydrate-Active Enzyme Database(CAZy)等基因数据库注释结果表明:菌株J1具有木质纤维素降解酶基因。代谢通路预测表明:该菌株具有利用纤维素生成乙醇的代谢通路。[结论]本研究分离筛选到的假黄单胞菌株J1可以作为生物乙醇发酵的候选菌株,同时测序获得的全基因组数据将为假黄单胞菌属降解木质纤维素的途径提供依据。
【作者单位】： 南京农业大学生物信息学中心/生命科学学院;
【分类号】：Q93
【正文快照】： 木质纤维素由纤维素、木质素和半纤维素等组成,木质纤维素的降解是碳循环必不可少的过程之一。木质纤维素的最主要成分是纤维素,约占木质纤维素干质量的45%,半纤维素占木质纤维素干质量的25%~30%,其余成分主要为木质素[1]。纤维素和半纤维素通过降解生成葡萄糖、半乳糖和木聚

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本文编号：1224503