小鼠烧伤早期免疫细胞基因表达谱分析及靶基因的筛选

发布时间：2018-01-26 07:35

  本文关键词： 烧伤 免疫系统过程 差异表达基因 蛋白互作网络　出处：《南方医科大学学报》2017年06期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：目的利用生物信息学方法对小鼠烧伤早期免疫细胞差异基因表达谱进行分析并检测,筛选相关差异基因,以期找到潜在的诊断及治疗靶标。方法从GEO数据库中下载GSE7404数据集,通过配对样本t检验、倍比法及GO功能富集分析筛选差异表达基因,应用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络筛选相关基因靶标,运用实时荧光定量PCR及Western blotting进行试验验证。结果在烧伤后第1天,有1825个基因被选出,其中上调基因658个,下调基因1167个。运用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络分析,发现Stat1、Cdk1、Cd19、Lck及Jun基因在烧伤后免疫系统功能变化过程中可能起到重要作用。实时荧光定量PCR及Western blotting检测显示Stat1、Cdk1和Jun基因表达情况与分析结果相一致。结论通过对小鼠烧伤后早期全血游离白细胞基因芯片分析我们发现Stat1、Cdk1和Jun基因在烧伤早期免疫细胞功能变化的过程中发挥重要的作用,可能是烧伤早期诊断及治疗的潜在的生物学靶标。
[Abstract]:Objective to analyze and detect the differential gene expression profiles of mouse immune cells in the early stage of burn by bioinformatics, and to screen the related differentially expressed genes. Methods GSE7404 data sets were downloaded from GEO database, and differentially expressed genes were screened by paired t-test, doubling analysis and go function enrichment analysis. STRING database and Cytoscape software were used to construct protein interaction network to screen related gene targets. Real-time fluorescence quantitative PCR and Western blotting were used to verify the results. Results on the first day after burn, 1825 genes were selected, of which 658 genes were up-regulated. STRING database and Cytoscape software were used to construct protein interaction network analysis. Lck and Jun genes may play an important role in the changes of immune system function after burn. Real-time fluorescence quantitative PCR and Western blotting detection show Stat1. The expression of Cdk1 and Jun genes was consistent with the results of the analysis. Conclusion Stat1 was found by gene microarray analysis of the whole blood free leukocytes in the early stage of burn in mice. Cdk1 and Jun genes play an important role in the changes of immune cell function in the early stage of burn and may be potential biological targets for early diagnosis and treatment of burn.
【作者单位】： 南方医科大学南方医院烧伤科;
【基金】：广东省科技计划项目(2014A020212189) 南方医科大学南方医院院长基金(2014B013) 广州市科技计划项目(201607010242)
【分类号】：R644
【正文快照】： 严重烧伤患者伤后容易发生多种难以控制的并发症,尤其是全身炎症反应综合征(SIRS)和多器官功能衰竭(MODS)甚至是死亡[1-2]。而导致诸多并发症发生的各种原因中,免疫功能紊乱是其中的重要因素之一[2-3]。目前对于烧伤免疫方面的研究多是对免疫细胞、免疫因子的作用机制或感染、

【参考文献】

相关期刊论文 前9条

1 金辉;高艳彬;卢志阳;邹琼;史鹏伟;杨磊;;差异基因表达谱分析小鼠烧伤早期免疫细胞刺激反应的相关基因靶标[J];南方医科大学学报;2015年12期

2 高艳彬;卢志阳;金辉;史鹏伟;王桂芳;温皇鼎;杨磊;;小鼠烧伤后时序芯片数据分析及免疫标志物的初步筛选[J];暨南大学学报(自然科学与医学版);2015年03期

3 张明君;舒申友;周镜桂;毛小炎;;探究增生性瘢痕成纤维细胞中CDK4、CDK2、CDK1基因与细胞周期的相关性[J];中国医学创新;2015年09期

4 林绮文;吴长有;;IFN-α磷酸化STAT1和STAT4诱导人NK细胞产生IFN-γ并增强其杀伤活性[J];免疫学杂志;2011年09期

5 陈建勇;王聪;王娟;曹礼荣;;MAPK信号通路研究进展[J];中国医药科学;2011年08期

6 彭代智;;我国烧伤免疫的研究[J];中华烧伤杂志;2008年05期

7 胡振富,罗力生;病理性瘢痕中原癌基因c-myc和c-fos的表达[J];实用美容整形外科杂志;2001年04期

8 刘毅,薛晓东,贾赤宇,陈璧;恒温恒压电烫仪建立小鼠烫伤模型的实验研究[J];兰州医学院学报;2001年01期

9 冯雪,段银钟,林珠,王凌;大鼠实验性牙齿移动诱导中枢立即早期基因c-fos和c-jun的表达与调节[J];中华口腔医学杂志;2000年04期

【共引文献】

相关期刊论文 前10条

1 杨李强;孙爱华;徐旖旎;张彦燕;潘迪;陈妍;陶玲;沈祥春;;氧化苦参碱通过调控MAPK信息通路改善醛固酮诱导的心肌细胞损伤[J];中国实验方剂学杂志;2017年15期

2 王子贺;邓晓东;张阳;费小雯;;莱茵衣藻MAPK4基因RNAi载体的构建及鉴定[J];安徽农业科学;2017年19期

3 邹琼;高艳彬;金辉;卢志阳;史鹏伟;杨磊;;小鼠烧伤早期免疫细胞基因表达谱分析及靶基因的筛选[J];南方医科大学学报;2017年06期

4 黄梦玲;王雄;吴金虎;;中药治疗烧烫伤的作用机制研究进展[J];医学综述;2017年11期

5 邓惠坚;张卫;卢群市;;藁本内酯对动脉粥样硬化患者血管平滑肌细胞迁移的影响及其作用机制的研究进展[J];实用心脑肺血管病杂志;2017年04期

6 张鸿程;陈彪;谢庆平;谈伟健;赵绍云;;鞘内注射ERK1/2抑制剂对骨癌痛大鼠的镇痛作用研究[J];医学研究杂志;2017年05期

7 艾尼·沙塔尔;吐尔逊太·木哈买提;苏毅;张卫群;李炳军;;三阴性乳腺癌中MAPK及SNAIL蛋白的表达及临床意义[J];肿瘤学杂志;2017年05期

8 徐剑华;李鹏;;Ras-MAPK信号通路对蛋鸡卵泡颗粒细胞STMN2蛋白表达的影响[J];黑龙江八一农垦大学学报;2017年02期

9 陈尚雅;崔冠群;贾强;薄存香;杜忠君;邵华;;染矽尘大鼠差异性表达基因生物信息学分析[J];中国职业医学;2017年02期

10 姜珊;韩岩;;细胞外信号调节激酶5对内皮细胞血管形成能力影响的研究进展[J];中国美容整形外科杂志;2017年04期

【二级参考文献】

相关期刊论文 前10条

1 高艳彬;卢志阳;金辉;史鹏伟;王桂芳;温皇鼎;杨磊;;小鼠烧伤后时序芯片数据分析及免疫标志物的初步筛选[J];暨南大学学报(自然科学与医学版);2015年03期

2 金文虎;王达利;聂开瑜;唐红梅;魏在荣;;增生性瘢痕成纤维细胞中CyclinD1,CDK2,CDK4作用及与细胞周期的相关性[J];中国组织工程研究;2012年24期

3 常晓彤;辇晓峰;王振辉;;Toll样受体信号转导途径研究进展[J];生理科学进展;2011年05期

4 陈仁琼;周之海;;P16和CDK4在乳房外Paget病中的表达及相关性分析[J];天津医科大学学报;2010年02期

5 范艳莹;吴长有;;CFSE标记结合流式细胞术在研究NK细胞分裂与杀伤功能中的应用[J];免疫学杂志;2010年01期

6 杨松林;万伟东;郑江红;张世新;高云;邓辰亮;;转染Sp1基因对人增生性瘢痕成纤维细胞胶原表达的影响[J];中华整形外科杂志;2009年01期

7 彭代智;;我国烧伤免疫的研究[J];中华烧伤杂志;2008年05期

8 李世荣;;病理性瘢痕研究的几个重要问题[J];中华整形外科杂志;2008年05期

9 范艳莹;吴长有;;人NK细胞亚群与生物学功能关系的研究进展[J];中国免疫学杂志;2008年02期

10 舒伟;马清钧;叶昕;;CyclinE-CDK2相关蛋白与细胞周期调控[J];生物技术通讯;2008年01期

【相似文献】

相关期刊论文 前10条

1 王先福;;NDRG-1基因的研究进展[J];河南医学研究;2010年01期

2 董琳;胡洁;王全凯;李军延;王健;谢广云;孙金秀;许建宁;;甲基丙烯酸环氧丙酯致人支气管上皮细胞恶性转化过程中相关基因表达变化的研究[J];癌变·畸变·突变;2010年04期

3 马兵,吴军,易绍萱,罗高兴,贺伟峰,王珍祥,陈烯伟;表达谱基因芯片筛选烧伤后增生性瘢痕相关基因的研究[J];中华创伤杂志;2001年06期

4 马敬全;耿晓星;;分化相关基因NDRG1在恶性肿瘤中的研究进展[J];现代肿瘤医学;2009年12期

5 王金津;钱夕元;李雪;杨辉华;梁琼麟;王义明;罗国安;;双龙方有效成分诱导干细胞分化过程中差异表达基因的筛选和聚类分析[J];世界科学技术-中医药现代化;2007年03期

6 刘梅,王林芳,丁斐,王东,顾晓松;中药神经再生素作用于背根神经节细胞过程中基因的表达变化[J];解剖学报;2003年03期

7 张玉芳;陈颖;陈雪;李奕;林巍巍;王晓冬;陆璐;;Soat1基因的e-QTL定位和遗传调控网络分析[J];江苏医药;2014年02期

8 华琳;郑卫英;闫岩;;传递不平衡在人类基因表达变化中的应用[J];中国优生与遗传杂志;2007年05期

9 崔小缓;张延平;张晓强;李丽娜;蒋兴旺;;GJB2基因条件敲除小鼠耳蜗凋亡相关基因表达差异研究[J];听力学及言语疾病杂志;2014年02期

10 马海涵,廖维宏,伍亚民,初同伟;新生大鼠脊髓损伤修复差异表达基因的筛选[J];第三军医大学学报;2004年01期

相关会议论文 前8条

1 李勇;赵如冰;陈星;;同型半胱氨酸诱发体外培养大鼠胚胎基因表达变化的基因芯片研究[A];中国毒理学会第三届全国学术会议论文（摘要）集[C];2001年

2 张家平;黄跃生;杨宗城;;烧伤早期心肌组织几种炎症相关基因表达变化的实验研究[A];全国烧伤创面处理、感染专题研讨会论文汇编[C];2004年

3 伍亚民;刘媛;王正国;;Hes基因在神经干细胞发育中的作用[A];“基因、进化与生理功能多样性”海内外学术研讨会暨中国生理学会第七届比较生理学学术会议论文摘要[C];2009年

4 马慧敏;吕晓迎;陆慧琴;;基于GenMAPP的Ni~(2+)表达谱芯片实验差异表达基因的功能路径分析[A];中国生物医学工程进展——2007中国生物医学工程联合学术年会论文集（下册）[C];2007年

5 张继红;梁力建;黄洁夫;;Fas基因表达变化在Genistein抑制肝癌增长中的作用[A];第十二届全国肝癌学术会议论文汇编[C];2009年

6 李玲;邬利娅-伊明;赵蕾;于永生;李冬洁;苏定冯;;RAS各组份的基因在SHR心、肾、主动脉中的表达及其意义[A];第九届全国心血管药理学术会议论文集[C];2007年

7 朱莹莹;倪道凤;许彩民;;AD模型大鼠嗅球组织基因表达变化的筛选及目的基因的验证[A];中华医学会第十次全国耳鼻咽喉-头颈外科学术会议论文汇编（下）[C];2007年

8 黄文芳;杨永长;刘华;曾娅莉;周定安;胥国强;刘文;;基因芯片技术筛选辛伐他汀作用K562细胞的差异表达基因[A];中华医学会第七次全国检验医学学术会议资料汇编[C];2008年

相关重要报纸文章 前3条

1 衣晓峰;哈医大一院系列研究阿尔茨海默病关联基因[N];中国医药报;2007年

2 杨骏;肥胖可能与炎症基因有关[N];医药经济报;2004年

3 通讯员 蔡心轶 记者 程守勤;哪些人体基因易受PM2.5影响[N];健康报;2014年

相关博士学位论文 前10条

1 陈红艳;刺槐中参与共生固氮的结瘤相关基因的分离鉴定和功能分析[D];西北农林科技大学;2015年

2 董燕妮;拟南芥和油菜磷脂酶基因pPLAIIIδ的功能分析[D];华中农业大学;2015年

3 任艳萍;转PRL基因小鼠模型的构建与Stat5a的乳腺发育调控机理研究[D];广西大学;2014年

4 施尧;枯草杆菌蛋白酶基因6在须癣毛癣菌致病性中的功能研究[D];中国农业大学;2015年

5 吴幼容;观音竹盐胁迫的生理响应与基因表达分析[D];福建农林大学;2012年

6 张静思;基于基因芯片和生物学分析技术对血管紧张素Ⅱ诱导的高血压急性肾脏损伤相关基因的研究[D];大连医科大学;2015年

7 訾臣;miRNAs对断奶仔猪大肠杆菌抗性的调控作用及机制分析[D];扬州大学;2015年

8 谷溪;miR-124a促进神经突起生长靶基因及其作用机制的研究[D];南方医科大学;2013年

9 张亮;拟南芥Athspr新基因的抗盐性及表达调控研究[D];兰州大学;2014年

10 王海飞;猪外周血单核细胞抗病毒反应的转录组及全基因组DNA甲基化调控研究[D];中国农业大学;2016年

相关硕士学位论文 前10条

1 李紫薇;蒺藜苜蓿E2F/DP基因鉴定及盐胁迫表达分析[D];东北林业大学;2015年

2 栗振义;紫花苜蓿热激蛋白基因MsHSP70的克隆及功能分析[D];中国农业科学院;2015年

3 陈凯丽;绵羊SPLUNC1基因的克隆、表达及活性检测[D];石河子大学;2015年

4 翟曼君;鸡与鹌鹑属间杂交种胚胎早期死亡相关基因的功能研究[D];石河子大学;2015年

5 任晓宇;飞蝗CYP4和CYP303A1基因的分子特性和功能研究[D];山西大学;2014年

6 刘恒生;猪LMNA基因对于肌肉和脂肪发育及分化的调控研究[D];华中农业大学;2015年

7 谢向;小麦组蛋白去乙酰化酶基因TaHD2C功能研究[D];山东大学;2015年

8 刘明丽;斑马鱼低温响应基因顺式调控元件的鉴定及鳞头犬牙南极鱼ATP6V0C基因在HeLa细胞中抗寒研究[D];上海海洋大学;2015年

9 张伟;转录组筛选调控脂肪储存基因[D];中国科学技术大学;2015年

10 孔晔;马铃薯甲虫4个细胞色素P450氧化酶基因的分子克隆及功能验证[D];南京农业大学;2014年

，

本文编号：1465070