基于基因组De novo测序的离子束重组沙漠寡营养细菌的16S rRNA基因研究

发布时间：2018-04-20 09:19

  本文选题：低能N+注入 + 沙漠寡营养细菌(DOB)　； 参考：《基因组学与应用生物学》2017年01期

【摘要】：为了进一步理解低能N+注入在沙漠寡营养细菌(DOB)系统发育与进化中的作用,本研究基于DOB基因组De novo测序数据,应用生物信息学方法对3株离子束重组菌株DOB073、DOB113和DOB981的16S r RNA基因的突变与进化进行了分析。分析表明,3株离子束重组DOB的16S r RNA基因拷贝数均比原始菌株增加了5个,并分别在C1区、V1区、V2区、V4区、V6区、V7区和V9区发生了碱基突变。进化分析显示DOB981的进化速度快于DOB073和DOB113。16S r RNA的保守二级结构预测表明,9个保守二级结构所处碱基位置分别为:80~120、120~240、240~360、360~480、400~520、640~760、760~880、800~920和1 420~1 540。本研究为低能离子注入介导的原核微生物进化提供了直接的分子证据。
[Abstract]:In order to further understand the role of low energy N injection in the development and evolution of desert oligotrophic bacteria (DOB), this study was based on DOB genomic de novo sequencing data. The mutation and evolution of 16s r RNA gene of three ion beam recombination strains DOB073, DOB113 and DOB981 were analyzed by bioinformatics. The results showed that the copy number of 16s r RNA gene of the three ion beam recombinant DOB strains were increased by 5 compared with the original strain, and the base mutations occurred in the V6 region and V9 region in the V4 region of the V4 region and the V6 region in the C1 region. Evolutionary analysis showed that the evolution rate of DOB981 was faster than that of DOB073 and DOB113.16S r RNA. The results showed that the base positions of 9 conserved secondary structures were: 1: 80120120 / 240240240240240240240240240 / 460400 / 5206407606060880800 / 920 and 1 4201 54040 respectively. This study provides direct molecular evidence for the evolution of prokaryotic microorganisms mediated by low energy ion implantation.
【作者单位】： 新疆大学物理科学与技术学院离子束生物技术中心;
【基金】：国家自然科学基金(11275164)资助
【分类号】：Q933

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本文编号：1777181