2015年—2016年度南宁部分地区猪戊型肝炎病毒基因型分析

发布时间：2018-06-06 16:43

  本文选题：戊型肝炎病毒 + 基因型　； 参考：《动物医学进展》2017年03期

【摘要】：为了解广西猪群中戊型肝炎病毒(HEV)基因型,利用套式RT-PCR用对南宁周边猪场采集到的104份新鲜猪粪便进行HEV检测、分离并成功扩增和克隆了11株阳性毒株的ORF2基因部分保守片段。序列测定结果表明,11株HEV ORF2序列自身核苷酸同源性为97.7%~100%,推导编码的氨基酸同源性为97.9%~100%;与4型HEV代表毒株Ch-S-1、Ch-T11、swGX40等的核苷酸同源性为84.6%~90.6%,而与其他各型之间的同源性较低。系统发育进化树结果表明,11株HEV广西株为基因4型,其中,10株HEV为4a亚型,1株毒株为4e亚型。结果表明,广西猪群中流行的HEV均为基因4型,且以4a亚型为优势流行毒株。
[Abstract]:In order to understand the genotype of hepatitis E virus (HEV) in Guangxi swine population, 104 fresh pig feces collected from pig farms around Nanning were detected by nested RT-PCR. The ORF2 gene of 11 positive strains was amplified and cloned successfully. The results of sequencing showed that the nucleotide homology of ORF2 sequence of HEV was 97.70.The deduced amino acid homology was 97.9100.The nucleotide homology with Ch-S-1Ch-T11swGX40 and other HEV strains was 90.6, but lower than that between HEV and other strains of HEV. The results showed that the nucleotide homology of HEV ORF2 was 97.7%, and the deduced amino acid homology was 97.990%, and the nucleotide homology was 84.6% with that of Ch-S-1 Ch-T11swGX40, but the homology was lower. Phylogenetic tree results showed that 11 HEV Guangxi strains were gene 4 type, 10 of them were 4a subtype and 1 strain was 4e subtype. The results showed that the prevalent HEV in Guangxi pigs were all genotypes 4, and 4a subtype was the dominant epidemic strain.
【作者单位】： 广西大学动物科学技术学院动物传染病研究室;
【基金】：国家自然科学基金项目(31372444) 广西大学科研基金项目(XGZ130959)
【分类号】：S852.65

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