基于RNA-Seq技术的京海黄鸡卵巢组织转录本预测及新基因挖掘

发布时间：2018-06-25 07:34

  本文选题：转录组测序 + 京海黄鸡　； 参考：《中国畜牧兽医》2017年02期

【摘要】：鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成,但由于注释方法的局限性,还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法,该研究利用高通量测序技术对8只(高产组4只、低产组4只)300日龄体重一致、饲养条件相同、产蛋数存在差异的京海黄鸡的卵巢组织所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,通过分析RNA-Seq获得的京海黄鸡卵巢组织转录组数据,共发现4 431个新转录本,并将所有新转录本与GO、NR、Swiss-Prot、KEGG数据库进行比对和分析,发现了很多潜在的新基因并进行功能注释,为鸡基因组的进一步完善及功能基因的挖掘提供了数据基础。
[Abstract]:The complete genome sequencing and associated gene mapping of chickens and many species have been declared, but due to the limitations of the annotation method, There are many missing new genes and the error annotation of existing genes. RNA-Seq technique is a transcriptome research method based on the second generation sequencing technology. The cDNA library of ovarian tissue of Jinghai Huang chicken with the same body weight, same feeding conditions and different egg number was sequenced. The transcriptional data of ovarian tissue of Jinghai yellow chicken were analyzed by RNA-Seq. A total of 4,431 new transcripts were found, and all the new transcripts were compared and analyzed with the GONRN Swiss-ProtSwiss-ProtKEGG database. Many potential new genes were identified and annotated. It provides a data base for further improvement of chicken genome and mining of functional genes.
【作者单位】： 扬州大学动物科学与技术学院;江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室;江苏京海集团;
【基金】：基金项目:国家肉鸡产业技术体系(nycytx-42-G1-05) 江苏高校优势学科建设工程 江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室
【分类号】：S831

【参考文献】

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【共引文献】

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本文编号：2065165