RYBP介导白血病细胞凋亡的靶基因预测

发布时间：2018-08-17 15:38

【摘要】：目的探讨RYBP介导白血病细胞凋亡的靶基因。方法利用慢病毒介导的RNA干扰技术,建立多批次RYBP基因稳定沉默的HL60细胞株及空载体对照组(NC);通过二代测序技术对不同批次干扰的上述3对细胞进行mRNA测序及miRNA测序,利用KEGG等生物信息学分析方法 ,预测靶基因。结果成功构建RYBP稳定沉默的HL60细胞株。二代测序筛选出明显差异的mRNA及miRNA(P0.05)。Pathway显著性富集分析发现表达下调的基因与氨基酸合成,癌症转录调节紊乱,氨基酸代谢等相关的KEGG pathway有关,详见后述;沉默RYBP后,SPI1与hsa-miR-214-3p均表达降低(P0.05)。结论RYBP介导白血病细胞凋亡的靶基因可能为:BBC3、BAI1、SESN2、CCNG2、JAK3、STAT4、SPI1、BCL6、CD11b和hsa-miR-214-3p。
[Abstract]:Objective to investigate the target gene of RYBP mediated leukemia cell apoptosis. Methods Lentivirus mediated RNA interference was used to establish HL60 cell lines with stable silencing of multiple batches of RYBP gene and empty vector (NC);. MRNA sequencing and miRNA sequencing of the three pairs of cells with different batches of interference were carried out by second generation sequencing technique. The target gene was predicted by KEGG and other bioinformatics analysis methods. Results RYBP stable silencing HL60 cell line was successfully constructed. The significant enrichment analysis of mRNA and miRNA (P0.05) .Pathway showed that the down-regulated genes were related to the synthesis of amino acids, the disorder of transcription regulation of cancer, the metabolism of amino acids, etc. The expression of SPI1 and hsa-miR-214-3p decreased after silencing RYBP (P0.05). Conclusion the target genes of RYBP mediated leukemic cell apoptosis may be: 1: BBC3 BAI1, SESN2, CCNG2, JAK3, STAT4, SPI1, BCL6, CD11b and hsa-miR-214-3p.
【作者单位】： 广州医科大学附属广州市第一人民医院血液内科;
【基金】：广东省自然科学基金(编号:2014A030313676) 中华医学会临床医学科研专项资金(编号:16010050621) 广州市科技计划项目(编号:201508020254)
【分类号】：R733.7

【参考文献】

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【共引文献】

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【二级参考文献】

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本文编号：2188101