基于SMRT测序技术的16S rRNA基因全长测序及其分析方法

发布时间：2018-09-05 16:37

【摘要】：被称为第三代测序技术的单分子测序是最近几年发展起来的高通量测序技术。其中,由Pacbio Bio Sciences公司开发的单分子实时测序技术(SMRT)是最先商用的技术。SMRT测序技术通过对模板序列循环测序产生环形一致序列(CCS),成功克服第三代测序技术准确率低的弊病。通过SMRT测序技术,科学家可以更深入准确地探究复杂环境微生物的结构和功能。介绍SMRT测序技术在微生物16S rRNA基因测序中的优势和劣势,并就基于SMRT测序技术所得的全长16S rRNA基因序列的质量控制、错误序列排除、聚类和注释分析等重要分析环节进行概述,同时,提出利用SMRT测序技术研究复杂环境微生物可能存在的问题及其解决方法,期望能为研究人员提供参考。
[Abstract]:Single molecular sequencing, known as the third generation sequencing technology, is a high throughput sequencing technology developed in recent years. The monomolecular real-time sequencing technology (SMRT) developed by Pacbio Bio Sciences Company is the first commercial technology. SMRT sequencing technology successfully overcomes the disadvantage of low accuracy of the third generation sequencing technology by cyclic sequencing of template sequence to produce ring uniform sequence (CCS),. With SMRT sequencing, scientists can explore the structure and function of microbes in complex environments more accurately. This paper introduces the advantages and disadvantages of SMRT sequencing technology in microbial 16s rRNA gene sequencing, and summarizes the important analysis links such as quality control, error sequence elimination, clustering and annotation analysis of full-length 16s rRNA gene sequence obtained from SMRT sequencing technology. At the same time, the possible problems and solutions of using SMRT sequencing technology to study microbes in complex environment are put forward, which are expected to provide reference for researchers.
【作者单位】： 乐山职业技术学院;乐山丰野农业科技有限责任公司;乐山市农业局;
【基金】：乐山市科技局重点研究项目(16JSC128)
【分类号】：Q78

【参考文献】

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1 Anthony Rhoads;Kin Fai Au;;PacBio Sequencing and Its Applications[J];Genomics,Proteomics & Bioinformatics;2015年05期

【共引文献】

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4 袁易;王铭杰;张欣欣;;第三代测序技术的主要特点及其在病毒基因组研究中的应用[J];微生物与感染;2016年06期

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10 Yiwen Fang;Melissa J.Fullwood;;Roles, Functions, and Mechanisms of Long Non-coding RNAs in Cancer[J];Genomics,Proteomics & Bioinformatics;2016年01期

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本文编号：2224835