基于显露子串挖掘的基因序列模体识别算法

发布时间：2018-10-13 18:05

【摘要】：染色质免疫共沉淀技术将模体识别问题拓展到了全基因组范围,但因数据量过大,传统的模体识别算法往往运算过慢从而无法很好地解决此问题。为了解决传统算法的缺点,提出一种用于Ch IP-seq数据的替换显露子串寻找问题的算法Fast ESE,通过测试集和控制集的比对找出显露子串并搜索其(l,d)替换实例组成相应的位置概率矩阵,再使用权重信息量对这些子串进行聚类,最终找出集合中的替换显露子串。使用真实的Ch IP-seq数据对该研究算法进行有效性验证,实验结果表明,Fast ESE可以在合理时间内有效解决Ch IP-seq中的模体识别问题。
[Abstract]:Chromatin immune coprecipitation technology extends motif recognition to the whole genome, but because of the large amount of data, the traditional motif recognition algorithm is often too slow to solve the problem. In order to solve the shortcoming of the traditional algorithm, a new algorithm, Fast ESE, which is used to find the replacement exposure substring of Ch IP-seq data, is proposed. By comparing the test set with the control set, Fast ESE, finds the exposed substring and searches for its (LLD) replacement instance to form the corresponding position probability matrix. Then the weight information is used to cluster these sub-strings, and finally the replacement exposed sub-strings in the set are found. The validity of the algorithm is verified by using real Ch IP-seq data. The experimental results show that, Fast ESE can effectively solve the motif recognition problem in Ch IP-seq within a reasonable time.
【作者单位】： 长安大学电子与控制工程学院;长安大学信息工程学院;
【基金】：国家自然科学青年基金(61501058) 陕西省自然科学青年基金(2016JQ6075) 中央高校基本业务费(310832161008)
【分类号】：Q811.4

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本文编号：2269473