芝麻全基因组Hsp70基因的鉴定与生物信息学分析

发布时间：2018-10-31 08:11

【摘要】：利用隐马可链夫模型(HMM)对芝麻全基因组Hsp70基因进行了系统分析,共鉴定出21个Hsp70基因,其中17个属于Dnak基因亚家族,4个属于Hsp110/SSE基因亚家族。根据系统进化树分析和亚细胞定位结果,将芝麻21个Hsp70基因分为6个亚组,其中I亚组3个,定位于叶绿体;II亚组2个,定位于线粒体;III亚组5个,定位于内质网;IV亚组6个,定位于细胞质基质;V亚组4个,属于Hsp110/SSE基因家族;VI亚组1个。芝麻Hsp70基因启动子区域顺式作用元件功能预测结果显示,Hsp70基因参与芝麻的生长发育和逆境胁迫响应等生理过程。
[Abstract]:The whole genome Hsp70 gene of sesame seeds was systematically analyzed by using the hidden Ma Ke chaff model (HMM). A total of 21 Hsp70 genes were identified, of which 17 belonged to the Dnak gene subfamily and 4 belonged to the Hsp110/SSE gene subfamily. According to phylogenetic tree analysis and subcellular localization, 21 Hsp70 genes of Sesame were divided into 6 subgroups, of which 3 were subgroups I, 2 were located in mitochondria, 2 were located in mitochondria, 5 were located in endoplasmic reticulum (ER), 2 in II subgroup and 5 in endoplasmic reticulum (ER). Six subgroups of IV were located in the cytoplasmic matrix, four in subgroup V, belonging to the Hsp110/SSE gene family, and one in the VI subgroup. The predicted function of cis-acting elements in the promoter region of sesame Hsp70 gene showed that Hsp70 gene was involved in the physiological processes such as growth and development of sesame seeds and stress response.
【作者单位】： 江苏省农业科学院经济作物研究所;
【基金】：江苏省农业科技自主创新基金项目[CX(14)2038]
【分类号】：S565.3

【参考文献】

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【共引文献】

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本文编号：2301479