牦牛PPARα、PPARγ、PPARδ基因的多态性与生长性状相关性研究

发布时间：2018-11-12 12:50

【摘要】：肌内脂肪含量是影响牦牛肉质品质的一个重要因素,可直接影响其肉的嫩度和风味。过氧化物酶体增殖激活受体PPARα、PPARγ和PPARδ基因是调控牦牛肌内脂肪沉积的相关候选基因。牦牛生长性状与脂肪沉积之间具有一定的关联系,因此,揭示牦牛PPARα、PPARγ和PPARδ基因的遗传变异特征,及牦牛生长性状显著相关的候选分子标记,为牦牛分子育种积累资料。以192头牦牛血样为材料,通过DNA池测序和PCR-HRM(英文全写,HRM)等技术检测PPARα、PPARγ和PPARδ基因的SNPs。利用DNA混合池、直接测序法和高分辨率溶解曲线对PPARα、PPARγ、PPARδ进行基因分型,分析其在牦牛群体中基因多态性,并对192头牦牛在上述位点的多样性与其生长性状进行关联分析,以期为牦牛遗传资源的保护利用与新品种选育提供科学依据。本研究主要获得了以下结果:1.PPARα基因多态性与生长性状相关性分析牦牛PPARα基因中发现三个SNPs。遗传变异特征分析显示,SNP1(g.44399A/C)、SNP2(g.53261A/G)和SNP3(g.61281T/C)位点属于中度多态性。连锁不平衡和单倍型分析表明,牦牛PPARα基因SNP1(g.44399A/C)多态位点和SNP2(g.53261G/A)多态位点之间为弱连锁,牦牛PPARα基因SNP1(g.44399A/C)多态位点和SNP3(g.61281T/C)多态位点之间为弱连锁,而牦牛PPARα基因SNP2(g.53261G/A)多态位点和SNP3(g.61281T/C)多态位点之间为强连锁,单倍型CAT属于优势单倍型(频率为48.2%)。方差分析表明,单个的SNP与牦牛生长性状有着显著或极显著的关联。牦牛PPARα基因的3个SNPs与其生长性状显著相关。2.PPARγ基因多态性与生长性状性分析牦牛PPARγ基因外显子中仅发现1个SNP。遗传变异特征分析显示,SNP(g.87362T/C)位点属于高度多态性。方差分析表明,该SNP与牦牛生长性状有着显著或极显著的关联。牦牛PPARγ基因SNP与其生长性状显著相关。3.PPARδ基因多态性与生长性状相关性分析牦牛PPARδ基因内含子中发现2个SNPs。遗传变异特征分析显示,SNP1(g.10045A/G)和SNP2(g.10226A/G)位点属于中度多态性。连锁不平衡和单倍型分析表明,牦牛PPARδ基因2个多态位点之间为弱连锁,单倍型AA属于优势单倍型(频率为42.2%)。方差分析表明,单个的SNP与牦牛生长性状有着显著或极显著的关联。牦牛PPARδ基因的2个SNPs均与其生长性状显著相关。
[Abstract]:The content of intramuscular fat is an important factor affecting the quality of yak beef, which can directly affect the tenderness and flavor of yak meat. Peroxisome proliferation-activated receptors (PPAR 伪, PPAR 纬 and PPAR 未) are candidate genes for regulating fat deposition in yak muscle. Therefore, the genetic variation of PPAR 伪, PPAR 纬 and PPAR 未 genes in yak and candidate molecular markers significantly related to growth traits in yak were revealed to accumulate data for yak molecular breeding. The SNPs. of PPAR 伪, PPAR 纬 and PPAR 未 genes were detected by DNA pool sequencing and PCR-HRM, HRM) with 192 yak blood samples. PPAR 伪, PPAR 纬, PPAR 未 were genotyped by DNA mixed cell, direct sequencing and high resolution dissolution curve. The polymorphism of PPAR 伪, PPAR 纬 and PPAR 未 was analyzed in yak population. In order to provide scientific basis for the conservation and utilization of genetic resources of yak and breeding of new varieties. The main results of this study were as follows: the relationship between 1.PPAR 伪 gene polymorphism and growth traits was analyzed. Three SNPs. were found in PPAR 伪 gene of yak. Genetic variation analysis showed that SNP1 (g.44399A/C), SNP2 (g.53261A/G) and SNP3 (g.61281T/C) loci were moderately polymorphic. Linkage disequilibrium and haplotype analysis showed that there was a weak linkage between SNP1 (g.44399A/C) polymorphic loci and SNP2 (g.53261G/A) polymorphic loci in yak PPAR 伪 gene. There was a weak linkage between SNP1 (g.44399A/C) polymorphism and SNP3 (g.61281T/C) polymorphism of PPAR 伪 gene in yak, but strong linkage between SNP2 (g.53261G/A) polymorphism and SNP3 (g.61281T/C) polymorphic locus in PPAR 伪 gene of yak. Haplotype CAT belongs to the dominant haplotype (the frequency is 48.2%). The analysis of variance showed that there was a significant or extremely significant association between individual SNP and yak growth traits. Three SNPs of yak PPAR 伪 gene were significantly correlated with its growth traits. Analysis of 2.PPAR 纬 gene polymorphism and growth traits only one SNP. was found in the exon of PPAR 纬 gene in yak Genetic variation analysis showed that, SNP (g.87362T/C) loci were highly polymorphic. The analysis of variance showed that the SNP had significant or extremely significant association with yak growth traits. Analysis of correlation between 3.PPAR 未 Gene Polymorphism and growth traits two SNPs. were found in PPAR 未 Intron of Yak Genetic variation analysis showed that SNP1 (g.10045A/G) and SNP2 (g.10226A/G) loci were moderately polymorphic. Linkage disequilibrium and haplotype analysis showed that the two polymorphic loci of PPAR 未 gene were weakly linked, and haplotype AA belonged to the dominant haplotype (42.2%). The analysis of variance showed that there was a significant or extremely significant association between individual SNP and yak growth traits. Two SNPs of PPAR 未 gene were significantly correlated with the growth traits of yak.
【学位授予单位】：甘肃农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S823.85

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本文编号：2327153