真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展（英文）

发布时间：2018-11-25 16:09

【摘要】：可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads定位及单碱基多态性位点(SNP)的发掘。本文发现该软件分析可变剪接的新用途,并以禾谷镰刀菌Fusarium graminearum的4个基因为例详细描述该方法在真菌可变剪接位点识别中的应用,这些结果均获得RT-PCR的验证。
[Abstract]:Variable splicing is one of the main mechanisms of protein diversity, and the relocalization of transcriptional reads is an effective method to obtain variable splicing sites. ZOOM software is a reads visualization mapping software which can be run in window system. It is widely used in the next generation genome sequencing (NGS) reads mapping and the discovery of single base polymorphic site (SNP). In this paper, a new application of the software for the analysis of variable splicing was found, and the application of this method to the identification of variable splicing sites of Fusarium graminearum was described in detail with four genes of Fusarium graminearum as an example. These results were verified by RT-PCR.
【作者单位】： 福建农林大学菌物研究中心;福建农林大学生命科学学院;福建农林大学园艺学院;
【基金】：Supported by the National Natural Science Foundation of China(31470107) the National Key Basic Research Program of China(2014CB138302) the China Agriculture Research System(CARS24)
【分类号】：Q78

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本文编号：2356711