蒙古冰草苗期抗旱相关microRNA的差异表达分析及靶基因预测

发布时间：2019-02-16 03:37

【摘要】：为明确蒙古冰草抗旱相关microRNA(miRNA)的表达特征及其靶基因,利用实时荧光定量PCR技术,对前期测序筛选到的4个miRNA(amo-miR21、amo-miR44、amo-miR62、amo-miR82)在干旱胁迫下的苗期差异表达情况进行了定量验证,用Target Finder软件和psRNATarget数据库在线预测其靶基因,并用MegAlign软件对预测的靶基因进行了同源性比对分析。结果表明,干旱胁迫下,蒙古冰草中amo-miR21、amo-miR82和amo-miR62的表达量呈上调趋势,而amo-miR44的表达呈下调趋势,与前期测序结果相符;4个miRNA共预测出32个靶基因,其中,amo-miR44在玉米、水稻和小麦数据库中未发现同源的靶基因,在拟南芥、大麦、蒺藜苜蓿中发现的靶基因相似性较低;而amo-miR21、amo-miR82和amo-miR62的靶基因均与小麦中预测的靶基因存在较高同源性(68.6%~95.6%),推测这3个靶基因是参与干旱逆境胁迫响应的基因。
[Abstract]:In order to identify the expression characteristics and target genes of microRNA (miRNA) related to drought resistance, four miRNA (amo-miR21,amo-miR44,amo-miR62,) were screened by real-time fluorescence quantitative PCR. Amo-miR82) was quantitatively verified in seedling stage of drought stress. Target Finder and psRNATarget database were used to predict the target gene online. The homology of the predicted target gene was analyzed by MegAlign software. The results showed that under drought stress, the expression of amo-miR21,amo-miR82 and amo-miR62 was up-regulated, while the expression of amo-miR44 was down-regulated, which was consistent with the results of previous sequencing. Among the 32 target genes predicted by four miRNA, no homologous target genes were found in maize, rice and wheat databases, but the similarity of target genes in Arabidopsis thaliana, barley and Tribulus terrestris was low. The target genes of amo-miR21,amo-miR82 and amo-miR62 were highly homologous to the target genes predicted in wheat (68.6% or 95.6%), which suggested that the three target genes were involved in drought stress response.
【作者单位】： 内蒙古农业大学农学院;
【基金】：国家自然科学基金项目(31360573)
【分类号】：S543.9

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本文编号：2424003